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1""" 

2Provides functions to allow experimentation and ablations on the model and data. 

3""" 

4 

5import warnings 

6from argparse import ArgumentParser 

7from elfragmentador.model import PepTransformerModel 

8 

9 

10def add_experimental_parser_options(parser: ArgumentParser): 

11 parser.add_argument("--ablate_rts", type=bool, default=False) 

12 parser.add_argument("--ablate_nce", type=bool, default=False) 

13 parser.add_argument("--ablate_pos_encoding", type=bool, default=False) 

14 

15 

16def ablate_rts(dataloader): 

17 raise NotImplementedError 

18 

19 

20def test_ablate_rts(): 

21 raise NotImplementedError 

22 

23 

24def ablate_nce(dataloader): 

25 raise NotImplementedError 

26 

27 

28def test_ablate_nce(dataloader): 

29 raise NotImplementedError 

30 

31 

32def ablate_positional_encoding(model: PepTransformerModel): 

33 warnings.warn( 

34 50 * "\n>>>> Dropping positional encodings, make sure you want that <<<<\n" 

35 ) 

36 model.encoder.pos_encoder.pe[:] = 0 

37 return model 

38 raise NotImplementedError