Index

A

assembly (py_crispr_analyser.utils.Metadata attribute)

C

check_file_header() (in module py_crispr_analyser.utils)

create_metadata() (in module py_crispr_analyser.index)

F

find_off_targets() (in module py_crispr_analyser.align)

find_off_targets_cpu() (in module py_crispr_analyser.align) find_off_targets_kernel() (in module py_crispr_analyser.align)

G

gather() (in module py_crispr_analyser.gather)

get_file_metadata() (in module py_crispr_analyser.utils) get_guides() (in module py_crispr_analyser.utils)

I

index() (in module py_crispr_analyser.index)

M

match_pam() (in module py_crispr_analyser.gather) Metadata (class in py_crispr_analyser.utils) module py_crispr_analyser py_crispr_analyser.align py_crispr_analyser.gather py_crispr_analyser.index py_crispr_analyser.search py_crispr_analyser.utils

N

number_of_sequences (py_crispr_analyser.utils.Metadata attribute)

O

offset (py_crispr_analyser.utils.Metadata attribute)

P

parse_c_string() (in module py_crispr_analyser.utils) parse_record() (in module py_crispr_analyser.index) print_metadata() (in module py_crispr_analyser.utils) print_off_targets() (in module py_crispr_analyser.align) py_crispr_analyser module py_crispr_analyser.align module

py_crispr_analyser.gather module py_crispr_analyser.index module py_crispr_analyser.search module py_crispr_analyser.utils module

R

reverse_complement() (in module py_crispr_analyser.utils) reverse_complement_binary() (in module py_crispr_analyser.align) run() (in module py_crispr_analyser.align) (in module py_crispr_analyser.gather) (in module py_crispr_analyser.index) (in module py_crispr_analyser.search)

S

search() (in module py_crispr_analyser.search) sequence_length (py_crispr_analyser.utils.Metadata attribute)

sequence_to_binary_encoding() (in module py_crispr_analyser.utils) species_id (py_crispr_analyser.utils.Metadata attribute) species_name (py_crispr_analyser.utils.Metadata attribute)