LICENSE
MANIFEST.in
README.md
pyproject.toml
backend/Makefile
backend/bedidx.c
backend/countmut_core.c
backend/countmut_core.h
backend/countmut_core_main.c
backend/countmut_expr.c
backend/countmut_expr.h
backend/ketopt.h
backend/khash.h
backend/kseq.h
backend/ksort.h
backend/kstdint.h
backend/kstring.h
backend/lua/Makefile
backend/lua/src/Makefile
backend/lua/src/lapi.c
backend/lua/src/lapi.h
backend/lua/src/lauxlib.c
backend/lua/src/lauxlib.h
backend/lua/src/lbaselib.c
backend/lua/src/lcode.c
backend/lua/src/lcode.h
backend/lua/src/lcorolib.c
backend/lua/src/lctype.c
backend/lua/src/lctype.h
backend/lua/src/ldblib.c
backend/lua/src/ldebug.c
backend/lua/src/ldebug.h
backend/lua/src/ldo.c
backend/lua/src/ldo.h
backend/lua/src/ldump.c
backend/lua/src/lfunc.c
backend/lua/src/lfunc.h
backend/lua/src/lgc.c
backend/lua/src/lgc.h
backend/lua/src/linit.c
backend/lua/src/liolib.c
backend/lua/src/ljumptab.h
backend/lua/src/llex.c
backend/lua/src/llex.h
backend/lua/src/llimits.h
backend/lua/src/lmathlib.c
backend/lua/src/lmem.c
backend/lua/src/lmem.h
backend/lua/src/loadlib.c
backend/lua/src/lobject.c
backend/lua/src/lobject.h
backend/lua/src/lopcodes.c
backend/lua/src/lopcodes.h
backend/lua/src/lopnames.h
backend/lua/src/loslib.c
backend/lua/src/lparser.c
backend/lua/src/lparser.h
backend/lua/src/lprefix.h
backend/lua/src/lstate.c
backend/lua/src/lstate.h
backend/lua/src/lstring.c
backend/lua/src/lstring.h
backend/lua/src/lstrlib.c
backend/lua/src/ltable.c
backend/lua/src/ltable.h
backend/lua/src/ltablib.c
backend/lua/src/ltm.c
backend/lua/src/ltm.h
backend/lua/src/lua.c
backend/lua/src/lua.h
backend/lua/src/luac.c
backend/lua/src/luaconf.h
backend/lua/src/lualib.h
backend/lua/src/lundump.c
backend/lua/src/lundump.h
backend/lua/src/lutf8lib.c
backend/lua/src/lvm.c
backend/lua/src/lvm.h
backend/lua/src/lzio.c
backend/lua/src/lzio.h
countmut/__init__.py
countmut/backend.py
countmut/bam_tags.py
countmut/cli.py
countmut/core.py
countmut/model.py
countmut/utils.py
countmut.egg-info/PKG-INFO
countmut.egg-info/SOURCES.txt
countmut.egg-info/dependency_links.txt
countmut.egg-info/entry_points.txt
countmut.egg-info/requires.txt
countmut.egg-info/top_level.txt
countmut/_core/countmut_core
tests/test_cli.py
tests/test_core.py
tests/test_correctness.py
tests/test_router.py
tests/test_unified.py
tests/test_utils.py