PIR and pixel array

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.18.1%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App()%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20time%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%20%20%20%20from%20pir_optics%20import%20PixelIrradianceModel%2C%20PixelArrayModel%0A%20%20%20%20return%20PixelArrayModel%2C%20PixelIrradianceModel%2C%20mo%2C%20plt%2C%20time%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20parameters%0A%20%20%20%20wavelength%20%3D%20mo.ui.number(start%3D0.2%2C%20stop%3D1.0%2C%20step%3D0.005%2C%20value%3D0.365)%0A%20%20%20%20NA%20%3D%20mo.ui.number(start%3D0.01%2C%20stop%3D0.5%2C%20step%3D0.01%2C%20value%3D0.10)%0A%20%20%20%20mirror_pitch%20%3D%20mo.ui.number(start%3D2.0%2C%20stop%3D20.0%2C%20step%3D0.1%2C%20value%3D7.6)%0A%20%20%20%20img_pixel_pitch%20%3D%20mo.ui.number(start%3D5.0%2C%20stop%3D100.0%2C%20step%3D0.1%2C%20value%3D27.0)%0A%20%20%20%20pixel_fill%20%3D%20mo.ui.number(start%3D0.1%2C%20stop%3D1.0%2C%20step%3D0.01%2C%20value%3D0.80)%0A%0A%20%20%20%20%23%20grid%20controls%0A%20%20%20%20nx_ctrl%20%3D%20mo.ui.number(start%3D128%2C%20stop%3D4096%2C%20step%3D1%2C%20value%3D512)%0A%20%20%20%20dx_ctrl%20%3D%20mo.ui.number(start%3D0.05%2C%20stop%3D1.0%2C%20step%3D0.01%2C%20value%3D0.10)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20NA%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dx_ctrl%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20img_pixel_pitch%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mirror_pitch%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nx_ctrl%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pixel_fill%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20wavelength%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20NA%2C%0A%20%20%20%20dx_ctrl%2C%0A%20%20%20%20img_pixel_pitch%2C%0A%20%20%20%20mirror_pitch%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20nx_ctrl%2C%0A%20%20%20%20pixel_fill%2C%0A%20%20%20%20wavelength%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20grid_size%20%3D%20(nx_ctrl.value%20-%201)%20*%20dx_ctrl.value%0A%20%20%20%20grid_size_display%20%3D%20mo.md(f%22%7Bgrid_size%3A.1f%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20indent_size%20%3D%206%0A%0A%20%20%20%20controls%20%3D%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Parameters%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7DWavelength%20(%C2%B5m)%22)%2C%20wavelength%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7DNA%20(image%20side)%22)%2C%20NA%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7DMirror%20pitch%20(%C2%B5m)%22)%2C%20mirror_pitch%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7DImage%20pixel%20pitch%20(%C2%B5m)%22)%2C%20img_pixel_pitch%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7DPixel%20fill%20factor%22)%2C%20pixel_fill%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Grid%20settings%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7Dnx%20(samples%20per%20axis)%22)%2C%20nx_ctrl%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7Ddx%20(%C2%B5m%20per%20sample)%22)%2C%20dx_ctrl%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7Dgrid%20size%20(%C2%B5m)%22)%2C%20grid_size_display%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20controls%2C%20indent_size%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20NA%2C%0A%20%20%20%20PixelIrradianceModel%2C%0A%20%20%20%20controls%2C%0A%20%20%20%20dx_ctrl%2C%0A%20%20%20%20img_pixel_pitch%2C%0A%20%20%20%20indent_size%2C%0A%20%20%20%20mirror_pitch%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20nx_ctrl%2C%0A%20%20%20%20pixel_fill%2C%0A%20%20%20%20plt%2C%0A%20%20%20%20time%2C%0A%20%20%20%20wavelength%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20nx%20%3D%20int(nx_ctrl.value)%0A%20%20%20%20dx%20%3D%20dx_ctrl.value%0A%20%20%20%20pitch%20%3D%20img_pixel_pitch.value%0A%0A%20%20%20%20t0%20%3D%20time.perf_counter()%0A%20%20%20%20model%20%3D%20PixelIrradianceModel(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20wavelength%3Dwavelength.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20NA_image%3DNA.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mirror_pitch%3Dmirror_pitch.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20img_pixel_pitch%3Dpitch%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pixel_fill%3Dpixel_fill.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nx%3Dnx%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dx%3Ddx%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20auto_compute%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20use_cache%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20elapsed%20%3D%20time.perf_counter()%20-%20t0%0A%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%202D%20irradiance%20plot%20---%0A%20%20%20%20fig2d%2C%20ax2d%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(6%2C%205))%0A%20%20%20%20im%20%3D%20ax2d.imshow(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20model.I%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20extent%3D%5Bmodel.x%5B0%5D%2C%20model.x%5B-1%5D%2C%20model.y%5B0%5D%2C%20model.y%5B-1%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20origin%3D%22lower%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cmap%3D%22gray%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20ax2d.set_xlabel(%22x%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax2d.set_ylabel(%22y%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax2d.set_title(%22Single-pixel%20irradiance%20(normalized)%22)%0A%20%20%20%20fig2d.colorbar(im%2C%20ax%3Dax2d%2C%20label%3D%22Normalized%20I%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%202D%20PSF%20---%0A%20%20%20%20fig_psf%2C%20ax_psf%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(6%2C%205))%0A%20%20%20%20im_psf%20%3D%20ax_psf.imshow(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20model.psf%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20extent%3D%5Bmodel.x%5B0%5D%2C%20model.x%5B-1%5D%2C%20model.y%5B0%5D%2C%20model.y%5B-1%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20origin%3D%22lower%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cmap%3D%22gray%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20ax_psf.set_xlabel(%22x%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax_psf.set_ylabel(%22y%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax_psf.set_title(%22PSF%20(normalized)%22)%0A%20%20%20%20fig_psf.colorbar(im_psf%2C%20ax%3Dax_psf%2C%20label%3D%22Normalized%20PSF%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20centerline%20irradiance%20---%0A%20%20%20%20fig1d%2C%20ax1d%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(6%2C%203))%0A%20%20%20%20ax1d.plot(model.x%2C%20model.I%5Bmodel.ny%20%2F%2F%202%2C%20%3A%5D%2C%20%22k%22)%0A%20%20%20%20ax1d.plot(model.x%2C%20model.ideal_pixel%5Bmodel.ny%20%2F%2F%202%2C%20%3A%5D%2C%20%22r%22%2C%20linestyle%3D%22--%22)%0A%20%20%20%20ax1d.set_xlabel(%22x%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax1d.set_ylabel(%22Normalized%20irradiance%22)%0A%20%20%20%20ax1d.set_title(%22Center-line%3A%20irradiance%22)%0A%20%20%20%20ax1d.set_ylim(-0.05%2C%201.05)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20centerline%20PSF%20---%0A%20%20%20%20fig1d_psf%2C%20ax1d_psf%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(6%2C%203))%0A%20%20%20%20ax1d_psf.plot(model.x%2C%20model.psf%5Bmodel.ny%20%2F%2F%202%2C%20%3A%5D%2C%20%22k%22)%0A%20%20%20%20ax1d_psf.set_xlabel(%22x%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax1d_psf.set_ylabel(%22Normalized%20PSF%22)%0A%20%20%20%20ax1d_psf.set_title(%22Center-line%3A%20PSF%22)%0A%20%20%20%20ax1d_psf.set_ylim(-0.05%2C%201.05)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20layout%3A%20controls%20on%20top%2C%20plots%20below%20---%0A%20%20%20%20top_row%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20controls%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Diagnostics%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7DComputation%20time%3A%20%7Belapsed*1000%3A.3f%7D%20ms%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7DMax%20normalized%20edge%20irradiance%3A%20%7Bmodel.max_edge_I%3A.3e%7D%22)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20two_d_row%20%3D%20mo.hstack(%5Bfig2d%2C%20fig_psf%5D)%0A%20%20%20%20centerline_row%20%3D%20mo.hstack(%5Bfig1d%2C%20fig1d_psf%5D)%0A%0A%20%20%20%20PIR_layout%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20top_row%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%202D%20plots%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20two_d_row%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Center-line%20plots%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20centerline_row%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%20PIR_layout%2C%20model%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Pixel%20array%20size%0A%20%20%20%20N_pixels_x%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D3%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20M_pixels_y%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D3%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%23%20grid%20controls%0A%20%20%20%20nx_pixel_array_grid_ctrl%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D128%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D4096%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D512%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20dx_pixel_array_grid_ctrl%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0.05%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D0.01%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0.25%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20M_pixels_y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20N_pixels_x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dx_pixel_array_grid_ctrl%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nx_pixel_array_grid_ctrl%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20M_pixels_y%2C%0A%20%20%20%20N_pixels_x%2C%0A%20%20%20%20dx_pixel_array_grid_ctrl%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20nx_pixel_array_grid_ctrl%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20grid_size_pixel_array%20%3D%20(nx_pixel_array_grid_ctrl.value%20-%201)%20*%20dx_pixel_array_grid_ctrl.value%0A%20%20%20%20grid_size_pixel_array_display%20%3D%20mo.md(f%22%7Bgrid_size_pixel_array%3A.1f%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20indent_size_pixel_array%20%3D%206%0A%0A%20%20%20%20pixel_array_controls%20%3D%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Pixel%20array%20size%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%7Bindent_size_pixel_array%20*%20'%26nbsp%3B'%7DN%20pixels%20(x)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20N_pixels_x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%7Bindent_size_pixel_array%20*%20'%26nbsp%3B'%7DM%20pixels%20(y)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20M_pixels_y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Pixel%20array%20grid%20settings%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%7Bindent_size_pixel_array%20*%20'%26nbsp%3B'%7Dnx%20(samples%20per%20axis)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20nx_pixel_array_grid_ctrl%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%7Bindent_size_pixel_array%20*%20'%26nbsp%3B'%7Ddx%20(%C2%B5m%20per%20sample)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dx_pixel_array_grid_ctrl%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%7Bindent_size_pixel_array%20*%20'%26nbsp%3B'%7Dgrid%20size%20(%C2%B5m)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20grid_size_pixel_array_display%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(pixel_array_controls%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20M_pixels_y%2C%0A%20%20%20%20N_pixels_x%2C%0A%20%20%20%20PixelArrayModel%2C%0A%20%20%20%20dx_pixel_array_grid_ctrl%2C%0A%20%20%20%20indent_size%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20model%2C%0A%20%20%20%20nx_pixel_array_grid_ctrl%2C%0A%20%20%20%20pixel_array_controls%2C%0A%20%20%20%20plt%2C%0A%20%20%20%20time%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20N%20%3D%20int(N_pixels_x.value)%0A%20%20%20%20M%20%3D%20int(M_pixels_y.value)%0A%20%20%20%20nx_pixel_array_grid%20%3D%20int(nx_pixel_array_grid_ctrl.value)%0A%0A%20%20%20%20t1%20%3D%20time.perf_counter()%0A%20%20%20%20pa_model%20%3D%20PixelArrayModel(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PIR%3Dmodel%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_pixels_x%3DN%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_pixels_y%3DM%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20use_image_pixel_pitch%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nx%3Dnx_pixel_array_grid%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dx%3Ddx_pixel_array_grid_ctrl.value%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20elapsed1%20%3D%20time.perf_counter()%20-%20t1%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%202D%20irradiance%20plot%20---%0A%20%20%20%20fig2d_px_array%2C%20ax2d_px_array%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(6%2C%205))%0A%20%20%20%20im_px_array%20%3D%20ax2d_px_array.imshow(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pa_model.I%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20extent%3D%5Bpa_model.x%5B0%5D%2C%20pa_model.x%5B-1%5D%2C%20pa_model.y%5B0%5D%2C%20pa_model.y%5B-1%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20origin%3D%22lower%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cmap%3D%22gray%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20ax2d_px_array.set_xlabel(%22x%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax2d_px_array.set_ylabel(%22y%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax2d_px_array.set_title(%22Single-pixel%20irradiance%20(normalized)%22)%0A%20%20%20%20fig2d_px_array.colorbar(im_px_array%2C%20ax%3Dax2d_px_array%2C%20label%3D%22Normalized%20I%22)%0A%0A%20%20%20%20%23%20---%20centerline%20irradiance%20---%0A%20%20%20%20fig1d_px_array%2C%20ax1d_px_array%20%3D%20plt.subplots(figsize%3D(6%2C%203))%0A%20%20%20%20ax1d_px_array.plot(pa_model.x%2C%20pa_model.I%5Bpa_model.ny%20%2F%2F%202%2C%20%3A%5D%2C%20%22k%22)%0A%20%20%20%20ax1d_px_array.plot(pa_model.x%2C%20pa_model.ideal_pixel_array%5Bpa_model.ny%20%2F%2F%202%2C%20%3A%5D%2C%20%22r%22%2C%20linestyle%3D%22%3A%22)%0A%20%20%20%20ax1d_px_array.set_xlabel(%22x%20(%C2%B5m)%22)%0A%20%20%20%20ax1d_px_array.set_ylabel(%22Normalized%20irradiance%22)%0A%20%20%20%20ax1d_px_array.set_title(%22Center-line%3A%20irradiance%22)%0A%20%20%20%20ax1d_px_array.set_ylim(-0.05%2C%20None)%3B%0A%0A%20%20%20%20px_array_layout%20%3D%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20mo.md(%22%23%23%23%20Predicted%20pixel%20array%20irradiance%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pixel_array_controls%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%23%20Diagnostics%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%7Bindent_size%20*%20'%26nbsp%3B'%7DComputation%20time%3A%20%7Belapsed1*1000%3A.3f%7D%20ms%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%5Bfig2d_px_array%2C%20fig1d_px_array%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(px_array_layout%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20from%20importlib.resources%20import%20files%0A%20%20%20%20import%20pir_optics%0A%0A%20%20%20%20def%20load_markdown_file()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Load%20markdown%20file%20and%20return%20as%20marimo%20markdown%20object.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20content%20%3D%20files(pir_optics).joinpath(%22docs%2FPIR_theory_summary.md%22).read_text()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.md(content)%0A%20%20%20%20return%20(load_markdown_file%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(PIR_layout%2C%20load_markdown_file%2C%20mo%2C%20px_array_layout)%3A%0A%0A%0A%20%20%20%20tabs%20%3D%20mo.ui.tabs(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22PIR%20Theory%22%3A%20load_markdown_file()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Pixel%20Impulse%20Response%22%3A%20PIR_layout%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Pixel%20Array%20Irradiance%22%3A%20px_array_layout%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20tabs%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A