LICENSE
README.md
pyproject.toml
src/phaselab/__init__.py
src/phaselab.egg-info/PKG-INFO
src/phaselab.egg-info/SOURCES.txt
src/phaselab.egg-info/dependency_links.txt
src/phaselab.egg-info/entry_points.txt
src/phaselab.egg-info/requires.txt
src/phaselab.egg-info/top_level.txt
src/phaselab/chem/__init__.py
src/phaselab/chem/binding.py
src/phaselab/chem/reaction.py
src/phaselab/chem/screening.py
src/phaselab/chromatin/__init__.py
src/phaselab/chromatin/accessibility.py
src/phaselab/chromatin/atac_integration.py
src/phaselab/chromatin/integration.py
src/phaselab/chromatin/methylation.py
src/phaselab/chromatin/nucleosome.py
src/phaselab/chromatin/tissue_models.py
src/phaselab/circadian/__init__.py
src/phaselab/circadian/kuramoto.py
src/phaselab/circadian/multi_tissue.py
src/phaselab/circadian/sms_model.py
src/phaselab/context/__init__.py
src/phaselab/context/chromatin.py
src/phaselab/context/histone.py
src/phaselab/context/methylation.py
src/phaselab/context/stack.py
src/phaselab/core/__init__.py
src/phaselab/core/coherence.py
src/phaselab/core/constants.py
src/phaselab/core/hamiltonians.py
src/phaselab/crispr/__init__.py
src/phaselab/crispr/base_editing.py
src/phaselab/crispr/binding_landscape.py
src/phaselab/crispr/coherence_utils.py
src/phaselab/crispr/crispor_integration.py
src/phaselab/crispr/design.py
src/phaselab/crispr/editors.py
src/phaselab/crispr/enhanced_pipeline.py
src/phaselab/crispr/enhancer.py
src/phaselab/crispr/enumerate.py
src/phaselab/crispr/interference.py
src/phaselab/crispr/knockout.py
src/phaselab/crispr/multi_evidence.py
src/phaselab/crispr/multiguide.py
src/phaselab/crispr/offtarget_geometry.py
src/phaselab/crispr/pam_scan.py
src/phaselab/crispr/pipeline.py
src/phaselab/crispr/prime_editing.py
src/phaselab/crispr/quantum_discriminator.py
src/phaselab/crispr/region.py
src/phaselab/crispr/scoring.py
src/phaselab/crispr/transcriptional_phase.py
src/phaselab/delivery/__init__.py
src/phaselab/delivery/aav.py
src/phaselab/delivery/immunogenicity.py
src/phaselab/drug/__init__.py
src/phaselab/drug/chronotherapy.py
src/phaselab/drug/pharmacokinetics.py
src/phaselab/drug/variability.py
src/phaselab/fusion/__init__.py
src/phaselab/fusion/calibration.py
src/phaselab/fusion/evidence.py
src/phaselab/fusion/fuser.py
src/phaselab/integrations/__init__.py
src/phaselab/integrations/crispor/__init__.py
src/phaselab/integrations/crispor/client.py
src/phaselab/integrations/crispor/offtarget_ir.py
src/phaselab/integrations/crispor/parsers.py
src/phaselab/integrations/crispor/pipeline.py
src/phaselab/io/__init__.py
src/phaselab/io/export.py
src/phaselab/io/report.py
src/phaselab/landscapes/__init__.py
src/phaselab/landscapes/amplification.py
src/phaselab/landscapes/classification.py
src/phaselab/landscapes/coherence.py
src/phaselab/landscapes/core.py
src/phaselab/landscapes/io.py
src/phaselab/microbio/__init__.py
src/phaselab/microbio/crispri.py
src/phaselab/microbio/drug.py
src/phaselab/microbio/fitness.py
src/phaselab/microbio/tnseq.py
src/phaselab/omics/__init__.py
src/phaselab/omics/atac.py
src/phaselab/omics/chip.py
src/phaselab/omics/expression.py
src/phaselab/predictors/__init__.py
src/phaselab/predictors/adapters.py
src/phaselab/predictors/protocol.py
src/phaselab/predictors/stack.py
src/phaselab/protein/__init__.py
src/phaselab/protein/binding.py
src/phaselab/protein/dynamics.py
src/phaselab/protein/folding.py
src/phaselab/protein/mutscan.py
src/phaselab/quantum/__init__.py
src/phaselab/quantum/backend.py
src/phaselab/quantum/coherence.py
src/phaselab/quantum/config.py
src/phaselab/quantum/gpu.py
src/phaselab/quantum/grouping.py
src/phaselab/quantum/vqe.py
src/phaselab/spatial/__init__.py
src/phaselab/spatial/integration.py
src/phaselab/spatial/regulatory.py
src/phaselab/spatial/targeting.py
src/phaselab/spatial/validation.py
src/phaselab/surf/__init__.py
src/phaselab/surf/coherence.py
src/phaselab/surf/parser.py
src/phaselab/surf/pipeline.py
src/phaselab/surf/visualization.py
src/phaselab/targets/PTEN.yaml
src/phaselab/targets/RAI1.yaml
src/phaselab/targets/SCN2A.yaml
src/phaselab/targets/__init__.py
src/phaselab/targets/config.py
src/phaselab/therapy/__init__.py
src/phaselab/therapy/dosage.py
src/phaselab/therapy/efficacy.py
src/phaselab/trials/__init__.py
src/phaselab/trials/sms/__init__.py
src/phaselab/trials/sms/base_editing_trial.py
src/phaselab/trials/sms/circadian_simulation.py
src/phaselab/trials/sms/core.py
src/phaselab/trials/sms/crispra_trial.py
src/phaselab/trials/sms/crispri_trial.py
src/phaselab/trials/sms/delivery_assessment.py
src/phaselab/trials/sms/knockout_trial.py
src/phaselab/trials/sms/pipeline.py
src/phaselab/trials/sms/prime_editing_trial.py
tests/test_circadian.py
tests/test_claim_levels.py
tests/test_context.py
tests/test_core.py
tests/test_crispr.py
tests/test_enhanced_pipeline.py
tests/test_expanded_crispr.py
tests/test_fusion.py
tests/test_predictors.py
tests/test_quantum_module.py
tests/test_sms_trials.py
tests/test_v050_modules.py