Index

A

AtomRef (class in matgl.layers._atom_ref)

Atoms2Graph (class in matgl.ext.ase)

B

BondExpansion (class in matgl.layers._bond) broadcast() (in module matgl.utils.maths)

broadcast_states_to_atoms() (in module matgl.utils.maths) broadcast_states_to_bonds() (in module matgl.utils.maths)

C

calculate() (matgl.ext.ase.M3GNetCalculator method) clear_cache() (in module matgl.config) collate_fn() (in module matgl.graph.data) collate_fn_efs() (in module matgl.graph.data) combine_sbf_shf() (in module matgl.utils.maths) compute_3body() (in module matgl.graph.compute)

compute_energy() (matgl.ext.ase.TrajectoryObserver method) compute_pair_vector_and_distance() (in module matgl.graph.compute) compute_theta_and_phi() (in module matgl.graph.compute) configure_optimizers() (matgl.utils.training.TrainerMixin method) cosine_cutoff() (in module matgl.utils.cutoff) create_line_graph() (in module matgl.graph.compute) CWD (in module matgl.utils.maths)

D

depth (matgl.layers._core.MLP property)

E

edge_update_() (matgl.layers._graph_convolution.M3GNetGraphConv method) (matgl.layers._graph_convolution.MEGNetGraphConv method)

EdgeSet2Set (class in matgl.layers._core) EmbeddingBlock (class in matgl.layers._embedding)

F

fit() (matgl.layers._atom_ref.AtomRef method) forward() (matgl.apps.pes.Potential method) (matgl.layers._activations.SoftExponential method) (matgl.layers._activations.SoftPlus2 method) (matgl.layers._atom_ref.AtomRef method) (matgl.layers._bond.BondExpansion method) (matgl.layers._core.EdgeSet2Set method) (matgl.layers._core.GatedMLP method) (matgl.layers._core.MLP method) (matgl.layers._embedding.EmbeddingBlock method) (matgl.layers._graph_convolution.M3GNetBlock method) (matgl.layers._graph_convolution.M3GNetGraphConv method) (matgl.layers._graph_convolution.MEGNetBlock method) (matgl.layers._graph_convolution.MEGNetGraphConv method) (matgl.layers._readout.ReduceReadOut method) (matgl.layers._readout.Set2SetReadOut method) (matgl.layers._readout.WeightedReadOut method) (matgl.layers._readout.WeightedReadOutPair method) (matgl.layers._three_body.SphericalBesselWithHarmonics method) (matgl.layers._three_body.ThreeBodyInteractions method) (matgl.models._m3gnet.M3GNet method) (matgl.models._megnet.MEGNet method) (matgl.models._wrappers.TransformedTargetModel method) (matgl.utils.maths.GaussianExpansion method) (matgl.utils.training.ModelTrainer method) (matgl.utils.training.PotentialTrainer method)

from_data() (matgl.data.transformer.Normalizer class method) from_dims() (matgl.layers._graph_convolution.M3GNetGraphConv static method) (matgl.layers._graph_convolution.MEGNetGraphConv static method)

G

GatedMLP (class in matgl.layers._core) GaussianExpansion (class in matgl.utils.maths) get_available_pretrained_models() (in module matgl.utils.io) get_element_list() (in module matgl.ext.pymatgen) get_feature_matrix() (matgl.layers._atom_ref.AtomRef method) get_graph() (matgl.ext.ase.Atoms2Graph method) (matgl.ext.pymatgen.Molecule2Graph method) (matgl.ext.pymatgen.Structure2Graph method) (matgl.graph.converters.GraphConverter method)

get_range_indices_from_n() (in module matgl.utils.maths) get_segment_indices_from_n() (in module matgl.utils.maths) GraphConverter (class in matgl.graph.converters)

H

has_cache() (matgl.graph.data.MGLDataset method) (matgl.graph.data.MEGNetDataset method)

I

implemented_properties (matgl.ext.ase.M3GNetCalculator attribute) in_features (matgl.layers._core.MLP property) inverse_transform() (matgl.data.transformer.LogTransformer method) (matgl.data.transformer.Normalizer method) (matgl.data.transformer.Transformer method)

IOMixIn (class in matgl.utils.io)

L

last_linear (matgl.layers._core.MLP property) load() (matgl.graph.data.MGLDataset method) (matgl.graph.data.MEGNetDataset method) (matgl.utils.io.IOMixIn class method)

load_model() (in module matgl.utils.io) LogTransformer (class in matgl.data.transformer) loss_fn() (matgl.utils.training.ModelTrainer method) (matgl.utils.training.PotentialTrainer method)

M

M3GNet (class in matgl.models._m3gnet) M3GNetBlock (class in matgl.layers._graph_convolution) M3GNetCalculator (class in matgl.ext.ase) MGLDataset (class in matgl.graph.data) M3GNetGraphConv (class in matgl.layers._graph_convolution) matgl module matgl.apps module matgl.apps.pes module matgl.config module matgl.data module matgl.data.transformer module matgl.ext module matgl.ext.ase module matgl.ext.pymatgen module matgl.graph module matgl.graph.compute module matgl.graph.converters module matgl.graph.data module matgl.layers module matgl.layers._activations module matgl.layers._atom_ref module matgl.layers._bond module matgl.layers._core module matgl.layers._embedding module matgl.layers._graph_convolution module matgl.layers._readout module matgl.layers._three_body module matgl.models module matgl.models._m3gnet module matgl.models._megnet module

matgl.models._wrappers module matgl.utils module matgl.utils.cutoff module matgl.utils.io module matgl.utils.maths module matgl.utils.training module MEGNet (class in matgl.models._megnet) MEGNetBlock (class in matgl.layers._graph_convolution) MEGNetDataset (class in matgl.graph.data) MEGNetGraphConv (class in matgl.layers._graph_convolution) MGLDataLoader() (in module matgl.graph.data) MLP (class in matgl.layers._core) ModelTrainer (class in matgl.utils.training) module matgl matgl.apps matgl.apps.pes matgl.config matgl.data matgl.data.transformer matgl.ext matgl.ext.ase matgl.ext.pymatgen matgl.graph matgl.graph.compute matgl.graph.converters matgl.graph.data matgl.layers matgl.layers._activations matgl.layers._atom_ref matgl.layers._bond matgl.layers._core matgl.layers._embedding matgl.layers._graph_convolution matgl.layers._readout matgl.layers._three_body matgl.models matgl.models._m3gnet matgl.models._megnet matgl.models._wrappers matgl.utils matgl.utils.cutoff matgl.utils.io matgl.utils.maths matgl.utils.training MolecularDynamics (class in matgl.ext.ase) Molecule2Graph (class in matgl.ext.pymatgen)

N

node_update_() (matgl.layers._graph_convolution.M3GNetGraphConv method) (matgl.layers._graph_convolution.MEGNetGraphConv method)

Normalizer (class in matgl.data.transformer)

O

on_test_model_eval() (matgl.utils.training.TrainerMixin method)

on_train_epoch_end() (matgl.utils.training.TrainerMixin method) out_features (matgl.layers._core.MLP property)

P

polynomial_cutoff() (in module matgl.utils.cutoff) Potential (class in matgl.apps.pes) PotentialTrainer (class in matgl.utils.training) predict_step() (matgl.utils.training.TrainerMixin method)

predict_structure() (matgl.models._megnet.MEGNet method) (matgl.models._wrappers.TransformedTargetModel method) process() (matgl.graph.data.MGLDataset method) (matgl.graph.data.MEGNetDataset method)

R

rbf_j0() (matgl.utils.maths.SphericalBesselFunction static method) ReduceReadOut (class in matgl.layers._readout) relax() (matgl.ext.ase.Relaxer method) Relaxer (class in matgl.ext.ase)

RemoteFile (class in matgl.utils.io) repeat_with_n() (in module matgl.utils.maths) reset_parameters() (matgl.layers._core.EdgeSet2Set method) (matgl.utils.maths.GaussianExpansion method) run() (matgl.ext.ase.MolecularDynamics method)

S

save() (matgl.ext.ase.TrajectoryObserver method) (matgl.graph.data.MGLDataset method) (matgl.graph.data.MEGNetDataset method) (matgl.utils.io.IOMixIn method) save_args() (matgl.utils.io.IOMixIn method) scatter_sum() (in module matgl.utils.maths) Set2SetReadOut (class in matgl.layers._readout) set_atoms() (matgl.ext.ase.MolecularDynamics method) SoftExponential (class in matgl.layers._activations) SoftPlus2 (class in matgl.layers._activations)

spherical_bessel_roots() (in module matgl.utils.maths) spherical_bessel_smooth() (in module matgl.utils.maths) SphericalBesselFunction (class in matgl.utils.maths) SphericalBesselWithHarmonics (class in matgl.layers._three_body) SphericalHarmonicsFunction (class in matgl.utils.maths) state_update_() (matgl.layers._graph_convolution.M3GNetGraphConv method) (matgl.layers._graph_convolution.MEGNetGraphConv method) step() (matgl.utils.training.ModelTrainer method) (matgl.utils.training.PotentialTrainer method) Structure2Graph (class in matgl.ext.pymatgen)

T

test_step() (matgl.utils.training.TrainerMixin method) ThreeBodyInteractions (class in matgl.layers._three_body) TrainerMixin (class in matgl.utils.training) training (matgl.apps.pes.Potential attribute) (matgl.layers._activations.SoftExponential attribute) (matgl.layers._activations.SoftPlus2 attribute) (matgl.layers._atom_ref.AtomRef attribute) (matgl.layers._bond.BondExpansion attribute) (matgl.layers._core.EdgeSet2Set attribute) (matgl.layers._core.GatedMLP attribute) (matgl.layers._core.MLP attribute) (matgl.layers._embedding.EmbeddingBlock attribute) (matgl.layers._graph_convolution.M3GNetBlock attribute) (matgl.layers._graph_convolution.M3GNetGraphConv attribute) (matgl.layers._graph_convolution.MEGNetBlock attribute) (matgl.layers._graph_convolution.MEGNetGraphConv attribute) (matgl.layers._readout.ReduceReadOut attribute) (matgl.layers._readout.Set2SetReadOut attribute) (matgl.layers._readout.WeightedReadOut attribute) (matgl.layers._readout.WeightedReadOutPair attribute) (matgl.layers._three_body.SphericalBesselWithHarmonics attribute) (matgl.layers._three_body.ThreeBodyInteractions attribute) (matgl.models._m3gnet.M3GNet attribute) (matgl.models._megnet.MEGNet attribute) (matgl.models._wrappers.TransformedTargetModel attribute) (matgl.utils.maths.GaussianExpansion attribute)

training_step() (matgl.utils.training.TrainerMixin method) TrajectoryObserver (class in matgl.ext.ase) transform() (matgl.data.transformer.LogTransformer method) (matgl.data.transformer.Normalizer method) (matgl.data.transformer.Transformer method) TransformedTargetModel (class in matgl.models._wrappers) Transformer (class in matgl.data.transformer)

U

unsorted_segment_fraction() (in module matgl.utils.maths)

V

validation_step() (matgl.utils.training.TrainerMixin method)

W

WeightedReadOut (class in matgl.layers._readout)

WeightedReadOutPair (class in matgl.layers._readout)

X

xavier_init() (in module matgl.utils.training)