Stan Math Library  2.6.3
probability, sampling & optimization
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lkj_corr_cholesky_log.hpp
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1 #ifndef STAN_MATH_PRIM_MAT_PROB_LKJ_CORR_CHOLESKY_LOG_HPP
2 #define STAN_MATH_PRIM_MAT_PROB_LKJ_CORR_CHOLESKY_LOG_HPP
3 
48 
49 namespace stan {
50  namespace math {
51 
52  // LKJ_Corr(L|eta) [ L Cholesky factor of correlation matrix
53  // eta > 0; eta == 1 <-> uniform]
54  template <bool propto,
55  typename T_covar, typename T_shape>
56  typename boost::math::tools::promote_args<T_covar, T_shape>::type
57  lkj_corr_cholesky_log(const Eigen::Matrix
58  <T_covar, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& L,
59  const T_shape& eta) {
60  static const char* function("stan::math::lkj_corr_cholesky_log");
61 
62  using boost::math::tools::promote_args;
65  using stan::math::sum;
66 
67  typename promote_args<T_covar, T_shape>::type lp(0.0);
68  check_positive(function, "Shape parameter", eta);
69  check_lower_triangular(function, "Random variable", L);
70 
71  const unsigned int K = L.rows();
72  if (K == 0)
73  return 0.0;
74 
76  lp += do_lkj_constant(eta, K);
78  const int Km1 = K - 1;
79  Eigen::Matrix<T_covar, Eigen::Dynamic, 1> log_diagonals =
80  L.diagonal().tail(Km1).array().log();
81  Eigen::Matrix<T_covar, Eigen::Dynamic, 1> values(Km1);
82  for (int k = 0; k < Km1; k++)
83  values(k) = (Km1 - k - 1) * log_diagonals(k);
84  if ( (eta == 1.0) &&
86  lp += sum(values);
87  return(lp);
88  }
89  values += (2.0 * eta - 2.0) * log_diagonals;
90  lp += sum(values);
91  }
92 
93  return lp;
94  }
95 
96  template <typename T_covar, typename T_shape>
97  inline
98  typename boost::math::tools::promote_args<T_covar, T_shape>::type
99  lkj_corr_cholesky_log(const Eigen::Matrix
100  <T_covar, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& L,
101  const T_shape& eta) {
102  return lkj_corr_cholesky_log<false>(L, eta);
103  }
104 
105  }
106 }
107 #endif
fvar< T > sum(const std::vector< fvar< T > > &m)
Return the sum of the entries of the specified standard vector.
Definition: sum.hpp:20
Metaprogramming struct to detect whether a given type is constant in the mathematical sense (not the ...
Definition: is_constant.hpp:22
Template metaprogram to calculate whether a summand needs to be included in a proportional (log) prob...
boost::math::tools::promote_args< T_covar, T_shape >::type lkj_corr_cholesky_log(const Eigen::Matrix< T_covar, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic > &L, const T_shape &eta)
bool check_positive(const char *function, const char *name, const T_y &y)
Return true if y is positive.
bool check_lower_triangular(const char *function, const char *name, const Eigen::Matrix< T_y, Dynamic, Dynamic > &y)
Return true if the specified matrix is lower triangular.
T_shape do_lkj_constant(const T_shape &eta, const unsigned int &K)

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