#!/bin/bash

rapidtide \
    --spatialfilt -1 \
    --nprocs -1 \
    --passes 1 \
    --nodelayfit \
    --focaldebug \
    --dofinalrefine \
    sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_firstpass

rapidtide \
    --spatialfilt -1 \
    --nprocs -1 \
    --nodelayfit \
    --regressor ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_firstpass_desc-refinedmovingregressor_timeseries.json:filtered_pass1 \
    --initialdelay ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_firstpass_desc-maxtimerefined_map.nii.gz \
    --dofinalrefine \
    --passes 1 \
    sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_secondpass
