seg_membrane_chord_score — EMPROOF suspect op

• Data kinds: labels2d × image2d → table

• Call: import fullseye as fs; fs.ledger.seg_membrane_chord_score(labels, membrane, tau: 'float' = 0.2, band: 'int' = 4, min_area: 'int' = 1500, min_segment: 'int' = 20, normalize: 'bool' = True, ignore_zero: 'bool' = True, max_points: 'int' = 400, min_hole: 'int' = 4) -> 'dict' (implementation को सीधे call करना हो तो import emproof; emproof.seg_membrane_chord_score(labels, membrane, tau: 'float' = 0.2, band: 'int' = 4, min_area: 'int' = 1500, min_segment: 'int' = 20, normalize: 'bool' = True, ignore_zero: 'bool' = True, max_points: 'int' = 400, min_hole: 'int' = 4) -> 'dict', registry से लेना हो तो opsemproof.get("seg_membrane_chord_score"))

• GPU: नहीं (केवल CPU reference implementation)

उपयोग

merge का संदेह: label के अंदर से गुज़रने वाली membrane "chord" की लंबाई / label का व्यास। हर label (connected component) के लिए 1 row।

प्रक्रिया: झिल्ली प्रतिक्रिया के साथ पिक्सेल बनाएं > घटक के अंदर ताऊ (सीमा से बैंड पीएक्स के भीतर) 8 जुड़े हुए घटकों में, min_segment px से अधिक या उसके बराबर प्रत्येक झिल्ली घटक के लिए, इसे सीमा की ओर 3 px तक मोटा करें (दूरी ≤ बैंड + 3) कॉर्ड की लंबाई दो सबसे दूर के पिक्सल के बीच की दूरी है जिसे छुआ जा सकता है। स्कोर = अधिकतम तार लंबाई / वर्ग (क्षेत्रफल)। एक झिल्ली जो दो सीमाओं को जोड़ती है (= दो चिपकाई गई कोशिकाओं के बीच की सीमा) का स्कोर ≈ 1 है, और जो टुकड़े सीमा को नहीं छूते हैं वे 0 या छोटे हैं। छेद के साथ झिल्ली घटक (मिन_होल पीएक्स = बंद रिंग = माइटोकॉन्ड्रिया/वेसिकल्स से बड़ा छेद) को स्ट्रिंग उम्मीदवारों से बाहर रखा गया है --- सीमा पर दो बिंदुओं पर चूँकि छूने वाले छल्लों में तारों के समान दो दूर बिंदु'' होते हैं, इसलिए हम पहले उन्हें छिद्रों की उपस्थिति या अनुपस्थिति के आधार पर विभाजित करते हैं। वह झिल्ली जिसे चाप के रूप में काटा गया है इसे खारिज नहीं किया जा सकता है (वास्तविक डेटा में एयूसी 1 तक नहीं पहुंचने का मुख्य कारण)।

CREMI नमूना A (512² के 12 क्रॉस सेक्शन, प्रोटोटाइप), कृत्रिम संलयन घटक बनाम अन्य: AUC 0.83 (tau 0.2)।

कॉलम: लेबल / घटक / क्षेत्र / स्कोर / chord_px / n_segments / cy / cx (स्कोर घटते क्रम में). min_area से कम के घटकों की गणना नहीं की जाती है (छोटे टुकड़े वाले तार हमेशा ऊंचे निकलेंगे क्योंकि वे व्यास के बराबर हैं)।

>>> तालिका = seg_membrane_chord_score(लेबल, seg_membrane_response(कच्चा))

>>> टेबल["लेबल"][:5], टेबल["स्कोर"][:5] # सबसे संदिग्ध

उपयोग की विस्तृत guide

• emproof family guide

संदर्भ (sample data, साहित्य)

• Sample data catalog (DL URL / license) — 2-D के लिए skimage.data (BSD/public) + synthetic, 3-D के लिए real data sources (Stanford/PDS आदि) के DL URL।

• Operators का स्रोत और संदर्भ — इस op family के मूल research/methods के स्रोत।

• Algorithm का मानक स्रोत (लेखक, वर्ष) और उपयोग ऊपर की family usage guide में दिए गए हैं।

चलाए जा सकने वाले उदाहरण (verified samples जो सच में यह op call करते हैं)

• poc_em_second_opinion — py -3.11 examples/poc_em_second_opinion.py

वे अगले ops जिनसे type जुड़ता है (table को input के रूप में लेते हैं)

seg_synapse_partners · seg_wiring_variation · seg_synapse_nri · seg_wiring_exposure

इसी category के (suspect)

seg_boundary_membrane_gap

*Provenance: emproof.py — EMPROOF operator registry. यह per-op note tools/opdocs.py md से अपने-आप generate होता है (हाथ से edit न करें)।*

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