{% from "/macros/data_analysis/qc_metrics/qc_metrics.html" import qc_metrics %} {% macro raredisease_qc_metrics(samples) %} {% set metrics = [ {"name": "Kön", "key": "sex", "description": "Kön beräknat genom bioinformatisk analys."}, {"name": "Läspar [M]", "key": "million_read_pairs", "description": "Antal sekvenseringsläsningar i miljoner läspar."}, {"name": "Mappade sekvenser [%]", "key": "mapped_reads", "description": "Procent sekvenser som matchar en eller flera positioner i referensgenomet."}, {"name": "Medelsekvensdjup", "key": "mean_target_coverage", "description": "Medelvärdet av täckningsgraden i baser över genpanelen/genpanelerna angivna under dataanalys."}, {"name": "Täckningsgrad 10x [%]", "key": "pct_10x", "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (10x) över genpanelen/genpanelerna angivna under dataanalys. Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."}, {"name": "Duplikat [%]", "key": "duplicates", "description": "Sekvenseringsläsningar som är duplikat (kopior) och därmed ej unika sekvenser. Hög mängd duplikat kan tyda på dålig komplexitet av sekvenserat bibliotek eller djup sekvensering."}, ] %} {{ qc_metrics(samples=samples, metrics=metrics) }} {% endmacro %}