molproperty
index
/home/orient/pydpi/drug/molproperty.py

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Calculation of Molecular physical/chemical properties based on some special 
 
type of approaches(6), including: LogP; LogP2; MR; TPSA, UI and Hy.You can 
 
freely use and distribute it. If you hava  any problem, you could contact 
 
with us timely!
 
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
 
Date: 2012.09.18
 
Email: oriental-cds@163.com
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Modules
       
rdkit.Chem
rdkit.Chem.Crippen
rdkit.Chem.MolSurf
math

 
Functions
       
CalculateHydrophilicityFactor(mol)
#################################################################
Calculation of hydrophilicity factor. The hydrophilicity 
 
index is described in more detail on page 225 of the 
 
Handbook of Molecular Descriptors (Todeschini and Consonni 2000).
 
---->Hy
 
Usage:
    
    result=CalculateHydrophilicityFactor(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateMolLogP(mol)
#################################################################
Cacluation of LogP value based on Crippen method
 
---->LogP
 
Usage:
    
    result=CalculateMolLogP(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateMolLogP2(mol)
#################################################################
Cacluation of LogP^2 value based on Crippen method
 
---->LogP2
 
Usage:
    
    result=CalculateMolLogP2(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateMolMR(mol)
#################################################################
Cacluation of molecular refraction value based on Crippen method
 
---->MR
 
Usage:
    
    result=CalculateMolMR(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateTPSA(mol)
#################################################################
calculates the polar surface area of a molecule based upon fragments
 
Algorithm in:
    
P. Ertl, B. Rohde, P. Selzer
 
Fast Calculation of Molecular Polar Surface Area as a Sum of 
 
Fragment-based Contributions and Its Application to the Prediction
 
of Drug Transport Properties, J.Med.Chem. 43, 3714-3717, 2000
 
Implementation based on the Daylight contrib program tpsa.
 
---->TPSA
 
Usage:
    
    result=CalculateTPSA(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateUnsaturationIndex(mol)
#################################################################
Calculation of unsaturation index.
 
---->UI
 
Usage:
    
    result=CalculateUnsaturationIndex(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateXlogP(mol)
#################################################################
Calculation of Wang octanol water partition coefficient.
 
---->XLogP
 
Usage:
    
    result=CalculateXlogP(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateXlogP2(mol)
#################################################################
Calculation of Wang octanol water partition coefficient (XLogP^2).
 
---->XLogP2
 
Usage:
    
    result=CalculateMolLogP(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
GetMolecularProperty(mol)
#################################################################
Get the dictionary of constitutional descriptors for 
 
given moelcule mol
 
Usage:
    
    result=GetMolecularProperty(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a dict form containing 6 molecular properties.
#################################################################

 
Data
        MolecularProperty = {'Hy': <function CalculateHydrophilicityFactor>, 'LogP': <function CalculateMolLogP>, 'LogP2': <function CalculateMolLogP2>, 'MR': <function CalculateMolMR>, 'TPSA': <function CalculateTPSA>, 'UI': <function CalculateUnsaturationIndex>}
Version = 1.0