charge
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/home/orient/pydpi/drug/charge.py

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The calculation of Charge descriptors based on Gasteiger/Marseli partial 
 
charges(25). You can freely use and distribute it. If you hava  any problem, 
 
you could contact with us timely!
 
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
 
Date: 2012.09.18
 
Email: oriental-cds@163.com
 
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Modules
       
rdkit.Chem
rdkit.Chem.rdPartialCharges
numpy

 
Functions
       
CalculateAllMaxNCharge(mol)
#################################################################
Most negative charge on all atoms
 
-->Qmin
 
Usage:
 
    result=CalculateAllMaxNCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateAllMaxPCharge(mol)
#################################################################
Most positive charge on ALL atoms
 
-->Qmax
 
Usage:
 
    result=CalculateAllMaxPCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateAllSumSquareCharge(mol)
#################################################################
The sum of square charges on all atoms
 
-->Qass
 
Usage:
 
    result=CalculateAllSumSquareCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateCMaxNCharge(mol)
#################################################################
Most negative charge on C atoms
 
-->QCmin
 
Usage:
 
    result=CalculateCMaxNCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateCMaxPCharge(mol)
#################################################################
Most positive charge on C atoms
 
-->QCmax
 
Usage:
 
    result=CalculateCMaxPCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateCSumSquareCharge(mol)
#################################################################
The sum of square charges on all C atoms
 
-->QCss
 
Usage:
 
    result=CalculateCSumSquareCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateHMaxNCharge(mol)
#################################################################
Most negative charge on H atoms
 
-->QHmin
 
Usage:
 
    result=CalculateHMaxNCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateHMaxPCharge(mol)
#################################################################
Most positive charge on H atoms
 
-->QHmax
 
Usage:
 
    result=CalculateHMaxPCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateHSumSquareCharge(mol)
#################################################################
The sum of square charges on all H atoms
 
-->QHss
 
Usage:
 
    result=CalculateHSumSquareCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateLocalDipoleIndex(mol)
#################################################################
Calculation of local dipole index (D)
 
-->LDI
 
Usage:
 
    result=CalculateLocalDipoleIndex(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateMeanAbsoulteCharge(mol)
#################################################################
The average absolute charge
 
-->Mac
 
Usage:
 
    result=CalculateMeanAbsoulteCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateMeanNCharge(mol)
#################################################################
The average negative charge
 
-->Mnc
 
Usage:
 
    result=CalculateMeanNCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateMeanPCharge(mol)
#################################################################
The average postive charge
 
-->Mpc
 
Usage:
 
    result=CalculateMeanPCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateNMaxNCharge(mol)
#################################################################
Most negative charge on N atoms
 
-->QNmin
 
Usage:
 
    result=CalculateNMaxNCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateNMaxPCharge(mol)
#################################################################
Most positive charge on N atoms
 
-->QNmax
 
Usage:
 
    result=CalculateNMaxPCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateNSumSquareCharge(mol)
#################################################################
The sum of square charges on all N atoms
 
-->QNss
 
Usage:
 
    result=CalculateNSumSquareCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateOMaxNCharge(mol)
#################################################################
Most negative charge on O atoms
 
-->QOmin
 
Usage:
 
    result=CalculateOMaxNCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateOMaxPCharge(mol)
#################################################################
Most positive charge on O atoms
 
-->QOmax
 
Usage:
 
    result=CalculateOMaxPCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateOSumSquareCharge(mol)
#################################################################
The sum of square charges on all O atoms
 
-->QOss
 
Usage:
 
    result=CalculateOSumSquareCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateRelativeNCharge(mol)
#################################################################
The partial charge of the most negative atom divided
 
by the total negative charge.
 
-->Rnc
 
Usage:
 
    result=CalculateRelativeNCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateRelativePCharge(mol)
#################################################################
The partial charge of the most positive atom divided by
 
the total positive charge.
 
-->Rpc
 
Usage:
 
    result=CalculateRelativePCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateSubmolPolarityPara(mol)
#################################################################
Calculation of submolecular polarity parameter(SPP)
 
-->SPP
 
Usage:
 
    result=CalculateSubmolPolarityPara(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateTotalAbsoulteCharge(mol)
#################################################################
The total absolute charge
 
-->Tac
 
Usage:
 
    result=CalculateTotalAbsoulteCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateTotalNCharge(mol)
#################################################################
The total negative charge
 
-->Tnc
 
Usage:
 
    result=CalculateTotalNCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
CalculateTotalPCharge(mol)
#################################################################
The total postive charge
 
-->Tpc
 
Usage:
 
    result=CalculateTotalPCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a numeric value.
#################################################################
GetCharge(mol)
#################################################################
Get the dictionary of constitutional descriptors for given moelcule mol
 
Usage:
 
    result=GetCharge(mol)
 
    Input: mol is a molecule object.
 
    Output: result is a dict form containing all charge descriptors.
#################################################################

 
Data
        Version = 1.0
iter_step = 12