GetProteinFromUniprot
index
/home/orient/ProPy/GetProteinFromUniprot.py

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This module is used to download the protein sequence from the uniprot (http://www.uniprot.org/
 
website. You can only need input a protein ID or prepare a file (ID.txt) related to ID. You can
 
 obtain a .txt (ProteinSequence.txt) file saving protein sequence you need.  You can freely use 
 
 and distribute it. If you hava  any problem, you could contact with us timely!
 
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
 
Date: 2012.9.3
 
Email: oriental-cds@163.com
 
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Modules
       
string
urllib

 
Functions
       
GetProteinSequence(ProteinID)
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Get the protein sequence from the uniprot website by ID.
 
Usage:
 
result=GetProteinSequence(ProteinID)
 
Input: ProteinID is a string indicating ID such as "P48039".
 
Output: result is a protein sequence.
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GetProteinSequenceFromTxt(path, openfile, savefile)
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Get the protein sequence from the uniprot website by the file containing ID.
 
Usage: 
 
result=GetProteinSequenceFromTxt(path,openfile,savefile)
 
Input: path is a directory path containing the ID file such as "/home/orient/protein/" 
 
openfile is the ID file such as "proteinID.txt"
 
savefile is the file saving the obtained protein sequences such as "protein.txt"
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