pydrug
index
/home/orient/pydpi/src/pydpi/pydrug.py

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A class used for computing different types of drug descriptors! 
 
You can freely use and distribute it. If you have any problem, 
 
you could contact with us timely.
 
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
 
Date: 2012.09.24
 
Email: oriental-cds@163.com
 
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Modules
       
rdkit.Chem
drug.charge
drug.connectivity
drug.constitution
drug.estate
drug.fingerprint
drug.geary
drug.getmol
drug.kappa
drug.moe
drug.molproperty
drug.moran
drug.moreaubroto
string
drug.topology

 
Classes
       
PyDrug

 
class PyDrug
    #################################################################
PyDrug class used for computing drug descriptors.
#################################################################
 
  Methods defined here:
GetAllDescriptor(self)
#################################################################
Calculate all descriptors (608).
 
Usage:
    
    res=GetAllDescriptor()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetCharge(self)
#################################################################
Calculate all charge descriptors (25).
 
Usage:
    
    res=GetCharge()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetConnectivity(self)
#################################################################
Calculate all conenctivity descriptors (44).
 
Usage:
    
    res=GetConnectivity()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetConstitution(self)
#################################################################
Calculate all constitutional descriptors (30).
 
Usage:
    
    res=GetConstitution()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetEstate(self)
#################################################################
Calculate estate descriptors (316).
 
Usage:
    
    res=GetEstate()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetFingerprint(self, FPName='topological')
#################################################################
Calculate all fingerprint descriptors.
 
see the fingerprint type in FingerprintName
 
Usage:
    
    res=GetFingerprint(FPName='topological')
    
    res is a tuple form.
#################################################################
GetGeary(self)
#################################################################
Calculate all Geary autocorrelation descriptors (32).
 
Usage:
    
    res=GetGeary()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetKappa(self)
#################################################################
Calculate all kappa descriptors (7).
 
Usage:
    
    res=GetKappa()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetMOE(self)
#################################################################
Calculate all MOE-type descriptors (60).
 
Usage:
    
    res=GetMOE()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetMolFromCAS(self, ID='')
#################################################################
Get a molecule by kegg id (e.g., 50-29-3).
 
Usage:
    
    res=GetMolFromCAS(ID)
    
    Input: ID is a CAS identifier.
    
    Output: res is a SMILES string.
#################################################################
GetMolFromDrugbank(self, ID='')
#################################################################
Get a molecule by drugbank id (e.g.,DB00133).
 
Usage:
    
    res=GetMolFromDrugbank(ID)
    
    Input: ID is a compound identifier in Drugbank.
    
    Output: res is a SMILES string.
#################################################################
GetMolFromEBI(self, ID='')
#################################################################
Get a molecule by EBI id.
 
Usage:
    
    res=GetMolFromEBI(ID)
    
    Input: ID is a compound identifier in EBI.
    
    Output: res is a SMILES string.
#################################################################
GetMolFromKegg(self, ID='')
#################################################################
Get a molecule by kegg id (e.g., D02176).
 
Usage:
    
    res=GetMolFromKegg(ID)
    
    Input: ID is a compound identifier in KEGG.
    
    Output: res is a SMILES string.
#################################################################
GetMolFromNCBI(self, ID='')
#################################################################
Get a molecule by NCBI id (e.g., 2244).
 
Usage:
    
    res=GetMolFromNCBI(ID)
    
    Input: ID is a compound ID (CID) in NCBI.
    
    Output: res is a SMILES string.
#################################################################
GetMolProperty(self)
#################################################################
Calculate all molecular properties (6).
 
Usage:
    
    res=GetMolProperty()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetMoran(self)
#################################################################
Calculate all Moran autocorrealtion descriptors (32).
 
Usage:
    
    res=GetMoran()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetMoreauBroto(self)
#################################################################
Calculate all Moreau-Broto autocorrelation descriptors(32).
 
Usage:
    
    res=GetMoreauBroto()
    
    res is a dict form.
#################################################################
GetTopology(self)
#################################################################
Calculate all topological descriptors (25).
 
Usage:
    
    res=GetTopology()
    
    res is a dict form.
#################################################################
ReadMolFromFile(self, filename='')
#################################################################
Read a molecule by SDF or MOL file format.
 
Usage:
    
    res=ReadMolFromFile(filename)
    
    Input: filename is a file name.
    
    Output: res is a molecule object.
#################################################################
ReadMolFromInchi(self, inchi='')
#################################################################
Read a molecule by Inchi string.
 
Usage:
    
    res=ReadMolFromInchi(inchi)
    
    Input: inchi is a InChi string.
    
    Output: res is a molecule object.
#################################################################
ReadMolFromMol(self, filename='')
#################################################################
Read a molecule with mol file format.
 
Usage:
    
    res=ReadMolFromMol(filename)
    
    Input: filename is a file name.
    
    Output: res is a molecule object.
#################################################################
ReadMolFromSmile(self, smi='')
#################################################################
Read a molecule by SMILES string.
 
Usage:
    
    res=ReadMolFromSmile(smi)
    
    Input: smi is a SMILES string.
    
    Output: res is a molecule object.
#################################################################
__init__(self)
#################################################################
constructor of pydrug.
#################################################################

 
Data
        FingerprintName = ['topological', 'Estate', 'FP4', 'atompairs', 'torsions', 'morgan', 'MACCS']
Version = 1.0