moe
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/home/orient/pydpi/drug/moe.py

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This module mainly implements the calculation of MOE-type descriptors, which 
 
include LabuteASA, TPSA, slogPVSA, MRVSA, PEOEVSA, EstateVSA and VSAEstate, 
 
respectively (59).
 
If you have any question about these indices please contact me via email.
 
My email adress is orientalcds@gmail.com 
 
Created on Tue May 24 10:29:47 2011
 
@author: Dongsheng Cao
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Modules
       
rdkit.Chem
rdkit.Chem.EState.EState_VSA
rdkit.Chem.MolSurf

 
Functions
       
CalculateEstateVSA(mol, bins=None)
#################################################################
MOE-type descriptors using Estate indices and surface area 
 
contributions.
 
estateBins=[-0.390,0.290,0.717,1.165,1.540,1.807,2.05,4.69,9.17,15.0] 
 
You can specify your own bins to compute some descriptors
 
Usage:
    
    result=CalculateEstateVSA(mol)
    
    Input: mol is a molecule object
    
    Output: result is a dict form 
#################################################################
CalculateLabuteASA(mol)
#################################################################
Calculation of Labute's Approximate Surface Area (ASA from MOE)
 
Usage:
    
    result=CalculateLabuteASA(mol)
    
    Input: mol is a molecule object
    
    Output: result is a dict form 
#################################################################
CalculatePEOEVSA(mol, bins=None)
#################################################################
MOE-type descriptors using partial charges and surface 
 
area contributions.
 
chgBins=[-.3,-.25,-.20,-.15,-.10,-.05,0,.05,.10,.15,.20,.25,.30]
 
You can specify your own bins to compute some descriptors
 
Usage:
    
    result=CalculatePEOEVSA(mol)
    
    Input: mol is a molecule object
    
    Output: result is a dict form 
#################################################################
CalculateSLOGPVSA(mol, bins=None)
#################################################################
MOE-type descriptors using LogP contributions and surface 
 
area contributions.
 
logpBins=[-0.4,-0.2,0,0.1,0.15,0.2,0.25,0.3,0.4,0.5,0.6]
 
You can specify your own bins to compute some descriptors.
 
Usage:
    
    result=CalculateSLOGPVSA(mol)
    
    Input: mol is a molecule object
    
    Output: result is a dict form 
#################################################################
CalculateSMRVSA(mol, bins=None)
#################################################################
MOE-type descriptors using MR contributions and surface 
 
area contributions.
 
mrBins=[1.29, 1.82, 2.24, 2.45, 2.75, 3.05, 3.63,3.8,4.0]
 
You can specify your own bins to compute some descriptors.
 
Usage:
    
    result=CalculateSMRVSA(mol)
    
    Input: mol is a molecule object
    
    Output: result is a dict form 
#################################################################
CalculateTPSA(mol)
#################################################################
Calculation of topological polar surface area based on fragments.
 
Implementation based on the Daylight contrib program tpsa.
 
Usage:
    
    result=CalculateTPSA(mol)
    
    Input: mol is a molecule object
    
    Output: result is a dict form 
#################################################################
CalculateVSAEstate(mol, bins=None)
#################################################################
MOE-type descriptors using Estate indices and surface 
 
area contributions.
 
vsaBins=[4.78,5.00,5.410,5.740,6.00,6.07,6.45,7.00,11.0] 
 
You can specify your own bins to compute some descriptors
 
Usage:
    
    result=CalculateVSAEstate(mol)
    
    Input: mol is a molecule object
    
    Output: result is a dict form 
#################################################################
GetMOE(mol)
#################################################################
The calculation of MOE-type descriptors (ALL).
 
Usage:
    
    result=GetMOE(mol)
    
    Input: mol is a molecule object
    
    Output: result is a dict form 
#################################################################

 
Data
        Version = 1.0