ConjointTriad
index
f:\pydpi\protein\conjointtriad.py

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This module is used for calculating the conjoint triad features only from the 
 
protein sequence information. You can get 7*7*7=343 features.You can freely 
 
use and distribute it. If you hava any problem, you could contact with us timely!
 
Reference:
 
Juwen Shen, Jian Zhang, Xiaomin Luo, Weiliang Zhu, Kunqian Yu, Kaixian Chen, 
 
Yixue Li, Huanliang Jiang. Predicting proten-protein interactions based only 
 
on sequences inforamtion. PNAS. 2007 (104) 4337-4341.
 
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
 
Date: 2012.09.18
 
Email: oriental-cds@163.com
 
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Modules
       
string

 
Functions
       
CalculateConjointTriad(proteinsequence)
Calculate the conjoint triad features from protein sequence.
 
Useage:
 
res = CalculateConjointTriad(protein)
 
Input: protein is a pure protein sequence.
 
Output is a dict form containing all 343 conjoint triad features.

 
Data
        AALetter = ['A', 'R', 'N', 'D', 'C', 'E', 'Q', 'G', 'H', 'I', 'L', 'K', 'M', 'F', 'P', 'S', 'T', 'W', 'Y', 'V']