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Methods defined here:
- GetAllDescriptor(self)
- #################################################################
Calculate all descriptors (608).
Usage:
res=GetAllDescriptor()
res is a dict form.
#################################################################
- GetCharge(self)
- #################################################################
Calculate all charge descriptors (25).
Usage:
res=GetCharge()
res is a dict form.
#################################################################
- GetConnectivity(self)
- #################################################################
Calculate all conenctivity descriptors (44).
Usage:
res=GetConnectivity()
res is a dict form.
#################################################################
- GetConstitution(self)
- #################################################################
Calculate all constitutional descriptors (30).
Usage:
res=GetConstitution()
res is a dict form.
#################################################################
- GetEstate(self)
- #################################################################
Calculate estate descriptors (316).
Usage:
res=GetEstate()
res is a dict form.
#################################################################
- GetFingerprint(self, FPName='topological')
- #################################################################
Calculate all fingerprint descriptors.
see the fingerprint type in FingerprintName
Usage:
res=GetFingerprint(FPName='topological')
res is a tuple form.
#################################################################
- GetGeary(self)
- #################################################################
Calculate all Geary autocorrelation descriptors (32).
Usage:
res=GetGeary()
res is a dict form.
#################################################################
- GetKappa(self)
- #################################################################
Calculate all kappa descriptors (7).
Usage:
res=GetKappa()
res is a dict form.
#################################################################
- GetMOE(self)
- #################################################################
Calculate all MOE-type descriptors (60).
Usage:
res=GetMOE()
res is a dict form.
#################################################################
- GetMolFromCAS(self, ID='')
- #################################################################
Get a molecule by kegg id (e.g., 50-29-3).
Usage:
res=GetMolFromCAS(ID)
Input: ID is a CAS identifier.
Output: res is a SMILES string.
#################################################################
- GetMolFromDrugbank(self, ID='')
- #################################################################
Get a molecule by drugbank id (e.g.,DB00133).
Usage:
res=GetMolFromDrugbank(ID)
Input: ID is a compound identifier in Drugbank.
Output: res is a SMILES string.
#################################################################
- GetMolFromEBI(self, ID='')
- #################################################################
Get a molecule by EBI id.
Usage:
res=GetMolFromEBI(ID)
Input: ID is a compound identifier in EBI.
Output: res is a SMILES string.
#################################################################
- GetMolFromKegg(self, ID='')
- #################################################################
Get a molecule by kegg id (e.g., D02176).
Usage:
res=GetMolFromKegg(ID)
Input: ID is a compound identifier in KEGG.
Output: res is a SMILES string.
#################################################################
- GetMolFromNCBI(self, ID='')
- #################################################################
Get a molecule by NCBI id (e.g., 2244).
Usage:
res=GetMolFromNCBI(ID)
Input: ID is a compound ID (CID) in NCBI.
Output: res is a SMILES string.
#################################################################
- GetMolProperty(self)
- #################################################################
Calculate all molecular properties (6).
Usage:
res=GetMolProperty()
res is a dict form.
#################################################################
- GetMoran(self)
- #################################################################
Calculate all Moran autocorrealtion descriptors (32).
Usage:
res=GetMoran()
res is a dict form.
#################################################################
- GetMoreauBroto(self)
- #################################################################
Calculate all Moreau-Broto autocorrelation descriptors(32).
Usage:
res=GetMoreauBroto()
res is a dict form.
#################################################################
- GetTopology(self)
- #################################################################
Calculate all topological descriptors (25).
Usage:
res=GetTopology()
res is a dict form.
#################################################################
- ReadMolFromFile(self, filename='')
- #################################################################
Read a molecule by SDF or MOL file format.
Usage:
res=ReadMolFromFile(filename)
Input: filename is a file name.
Output: res is a molecule object.
#################################################################
- ReadMolFromInchi(self, inchi='')
- #################################################################
Read a molecule by Inchi string.
Usage:
res=ReadMolFromInchi(inchi)
Input: inchi is a InChi string.
Output: res is a molecule object.
#################################################################
- ReadMolFromMol(self, filename='')
- #################################################################
Read a molecule with mol file format.
Usage:
res=ReadMolFromMol(filename)
Input: filename is a file name.
Output: res is a molecule object.
#################################################################
- ReadMolFromSmile(self, smi='')
- #################################################################
Read a molecule by SMILES string.
Usage:
res=ReadMolFromSmile(smi)
Input: smi is a SMILES string.
Output: res is a molecule object.
#################################################################
- __init__(self)
- #################################################################
constructor of pydrug.
#################################################################
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