connectivity
index
/home/orient/pydpi/drug/connectivity.py

##############################################################################
The calculation of molecular connectivity indices based on its topological
 
structure. You can get 44 molecular connectivity descriptors. You can freely
 
use and distribute it. If you hava  any problem, you could contact with us timely!
 
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
 
Date: 2012.09.18
 
Email: oriental-cds@163.com
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Modules
       
rdkit.Chem
numpy
rdkit.Chem.rdchem

 
Functions
       
CalculateChi0(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 0
 
---->Chi0
 
Usage:
    
    result=CalculateChi0(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi1(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 1 
 
(i.e.,Radich)
 
---->Chi1
 
Usage:
    
    result=CalculateChi1(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi10p(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 10
 
---->Chi10
 
Usage:
    
    result=CalculateChi10p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi2(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 2
 
---->Chi2
 
Usage:
    
    result=CalculateChi2(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi3c(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for cluster
 
---->Chi3c
 
Usage:
    
    result=CalculateChi3c(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi3ch(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for cycles of 3
 
---->Chi3ch
 
Usage:
    
    result=CalculateChi3ch(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi3p(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 3
 
---->Chi3
 
Usage:
    
    result=CalculateChi3p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi4c(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for cluster
 
---->Chi4c
 
Usage:
    
    result=CalculateChi4c(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi4ch(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for cycles of 4
 
---->Chi4ch
 
Usage:
    
    result=CalculateChi4ch(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi4p(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 4
 
---->Chi4
 
Usage:
    
    result=CalculateChi4p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi4pc(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path/cluster
 
---->Chi4pc
 
Usage:
    
    result=CalculateChi4pc(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi5ch(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for cycles of 5
 
---->Chi5ch
 
Usage:
    
    result=CalculateChi5ch(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi5p(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 5
 
---->Chi5
 
Usage:
    
    result=CalculateChi5p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi6ch(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for cycles of 6
 
---->Chi6ch
 
Usage:
    
    result=CalculateChi6ch(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi6p(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 6
 
---->Chi6
 
Usage:
    
    result=CalculateChi6p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi7p(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 7
 
---->Chi7
 
Usage:
    
    result=CalculateChi7p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi8p(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 8
 
---->Chi8
 
Usage:
    
    result=CalculateChi8p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChi9p(mol)
#################################################################
Calculation of molecular connectivity chi index for path order 9
 
---->Chi9
 
Usage:
    
    result=CalculateChi9p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv0(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for
 
path order 0
 
---->Chiv0
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv0(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv1(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for
 
path order 1
 
---->Chiv1
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv1(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv10p(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for 
 
path order 10
 
---->Chiv10
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv10p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv2(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for 
 
path order 2
 
---->Chiv2
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv2(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv3c(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for cluster
 
---->Chiv3c
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv3c(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv3ch(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index 
 
for cycles of 3
 
---->Chiv3ch
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv3ch(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv3p(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for 
 
path order 3
 
---->Chiv3
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv3p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv4c(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for cluster
 
---->Chiv4c
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv4c(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv4ch(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for 
 
cycles of 4
 
---->Chiv4ch
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv4ch(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv4p(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for
 
path order 4
 
---->Chiv4
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv4p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv4pc(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for 
 
path/cluster
 
---->Chiv4pc
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv4pc(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv5ch(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for 
 
cycles of 5
 
---->Chiv5ch
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv5ch(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv5p(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for
 
path order 5
 
---->Chiv5
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv5p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv6ch(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for
 
cycles of 6
 
---->Chiv6ch
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv6ch(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv6p(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for
 
path order 6
 
---->Chiv6
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv6p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv7p(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for
 
path order 7
 
---->Chiv7
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv7p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv8p(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for 
 
path order 8
 
---->Chiv8
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv8p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateChiv9p(mol)
#################################################################
Calculation of valence molecular connectivity chi index for 
 
path order 9
 
---->Chiv9
 
Usage:
    
    result=CalculateChiv9p(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateDeltaChi0(mol)
#################################################################
Calculation of the difference between chi0v and chi0
 
---->dchi0
 
Usage:
    
    result=CalculateDeltaChi0(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateDeltaChi1(mol)
#################################################################
Calculation of the difference between chi1v and chi1
 
---->dchi1
 
Usage:
    
    result=CalculateDeltaChi1(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateDeltaChi2(mol)
#################################################################
Calculation of the difference between chi2v and chi2
 
---->dchi2
 
Usage:
    
    result=CalculateDeltaChi2(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateDeltaChi3(mol)
#################################################################
Calculation of the difference between chi3v and chi3
 
---->dchi3
 
Usage:
    
    result=CalculateDeltaChi3(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateDeltaChi3c4pc(mol)
#################################################################
Calculation of the difference between chi3c and chi4pc
 
---->knotp
 
Usage:
    
    result=CalculateDeltaChi3c4pc(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateDeltaChi4(mol)
#################################################################
Calculation of the difference between chi4v and chi4
 
---->dchi4
 
Usage:
    
    result=CalculateDeltaChi4(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateDeltaChiv3c4pc(mol)
#################################################################
Calculation of the difference between chiv3c and chiv4pc
 
---->knotpv
 
Usage:
    
    result=CalculateDeltaChiv3c4pc(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
CalculateMeanRandic(mol)
#################################################################
Calculation of mean chi1 (Randic) connectivity index.
 
---->mchi1
 
Usage:
    
    result=CalculateMeanRandic(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a numeric value
#################################################################
GetConnectivity(mol)
#################################################################
Get the dictionary of connectivity descriptors for given moelcule mol
 
Usage:
    
    result=GetConnectivity(mol)
    
    Input: mol is a molecule object.
    
    Output: result is a dict form containing all connectivity indices
#################################################################

 
Data
        Version = 1.0
periodicTable = <rdkit.Chem.rdchem.PeriodicTable object>