# BLOSUM62 substitution matrix (generated from Biopython substitution_matrices 'BLOSUM62')
# rows = reference residue, cols = query residue; integer scores
    A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
A   4  -1  -2  -2   0  -1  -1   0  -2  -1  -1  -1  -1  -2  -1   1   0  -3  -2   0  -2  -1   0  -4
R  -1   5   0  -2  -3   1   0  -2   0  -3  -2   2  -1  -3  -2  -1  -1  -3  -2  -3  -1   0  -1  -4
N  -2   0   6   1  -3   0   0   0   1  -3  -3   0  -2  -3  -2   1   0  -4  -2  -3   3   0  -1  -4
D  -2  -2   1   6  -3   0   2  -1  -1  -3  -4  -1  -3  -3  -1   0  -1  -4  -3  -3   4   1  -1  -4
C   0  -3  -3  -3   9  -3  -4  -3  -3  -1  -1  -3  -1  -2  -3  -1  -1  -2  -2  -1  -3  -3  -2  -4
Q  -1   1   0   0  -3   5   2  -2   0  -3  -2   1   0  -3  -1   0  -1  -2  -1  -2   0   3  -1  -4
E  -1   0   0   2  -4   2   5  -2   0  -3  -3   1  -2  -3  -1   0  -1  -3  -2  -2   1   4  -1  -4
G   0  -2   0  -1  -3  -2  -2   6  -2  -4  -4  -2  -3  -3  -2   0  -2  -2  -3  -3  -1  -2  -1  -4
H  -2   0   1  -1  -3   0   0  -2   8  -3  -3  -1  -2  -1  -2  -1  -2  -2   2  -3   0   0  -1  -4
I  -1  -3  -3  -3  -1  -3  -3  -4  -3   4   2  -3   1   0  -3  -2  -1  -3  -1   3  -3  -3  -1  -4
L  -1  -2  -3  -4  -1  -2  -3  -4  -3   2   4  -2   2   0  -3  -2  -1  -2  -1   1  -4  -3  -1  -4
K  -1   2   0  -1  -3   1   1  -2  -1  -3  -2   5  -1  -3  -1   0  -1  -3  -2  -2   0   1  -1  -4
M  -1  -1  -2  -3  -1   0  -2  -3  -2   1   2  -1   5   0  -2  -1  -1  -1  -1   1  -3  -1  -1  -4
F  -2  -3  -3  -3  -2  -3  -3  -3  -1   0   0  -3   0   6  -4  -2  -2   1   3  -1  -3  -3  -1  -4
P  -1  -2  -2  -1  -3  -1  -1  -2  -2  -3  -3  -1  -2  -4   7  -1  -1  -4  -3  -2  -2  -1  -2  -4
S   1  -1   1   0  -1   0   0   0  -1  -2  -2   0  -1  -2  -1   4   1  -3  -2  -2   0   0   0  -4
T   0  -1   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -2  -1   1   5  -2  -2   0  -1  -1   0  -4
W  -3  -3  -4  -4  -2  -2  -3  -2  -2  -3  -2  -3  -1   1  -4  -3  -2  11   2  -3  -4  -3  -2  -4
Y  -2  -2  -2  -3  -2  -1  -2  -3   2  -1  -1  -2  -1   3  -3  -2  -2   2   7  -1  -3  -2  -1  -4
V   0  -3  -3  -3  -1  -2  -2  -3  -3   3   1  -2   1  -1  -2  -2   0  -3  -1   4  -3  -2  -1  -4
B  -2  -1   3   4  -3   0   1  -1   0  -3  -4   0  -3  -3  -2   0  -1  -4  -3  -3   4   1  -1  -4
Z  -1   0   0   1  -3   3   4  -2   0  -3  -3   1  -1  -3  -1   0  -1  -3  -2  -2   1   4  -1  -4
X   0  -1  -1  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -2   0   0  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -4
*  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4  -4   1
