/data/home/kpoitou/miniconda3/bin/conda init
source .bashrc

# Pour Amr Finder plus
conda activate /data/home/kpoitou/miniconda3/envs/amrfinder/
fichier test :
cp /data/home/kpoitou/big_projet/test_dna.fa .
amrfinder -n test_dna.fa            #n car seq de NT
amrfinder -n sequence.fasta -o output.txt --database /path/to/amrfinder_database --plus

# Pour VirSorter

conda activate /data/home/kpoitou/miniconda3/envs/virsorter/

# modifier -f test_dna.fa pour changer le fichier à analyser
# modifier --wdir /data/home/kpoitou/virsorter_output pour changer le dossier de sortie des résultats 
wrapper_phage_contigs_sorter_iPlant.pl -f test_dna.fa --db 1 --wdir /data/home/kpoitou/virsorter_output --ncpu 4 --data-dir /data/home/kpoitou/project_tools/virsorter-data

# Pour geNomad
conda activate /data/home/kpoitou/miniconda3/envs/genomad/


# pour en savoir plus sur le fonctionnement de geNomad
https://portal.nersc.gov/genomad/pipeline.html

# pour utiliser geNomad
https://portal.nersc.gov/genomad/quickstart.html

# genomad end-to-end [OPTIONS] INPUT OUTPUT DATABASE

So, to run the full geNomad pipeline (end-to-end command), taking a nucleotide FASTA file (GCF_009025895.1.fna.gz) and the database (project_tools/genomad_db) as input, we will execute the following command:

genomad end-to-end --cleanup --splits 4 GCF_009025895.1.fna.gz genomad_output project_tools/genomad_db

The results will be written inside the genomad_output directory.

# Pour le calcul de nutritivité
conda activate /data/home/kpoitou/miniconda3/envs/cai/



