LICENSE
MANIFEST.in
README.md
pyproject.toml
src/gparatype/__init__.py
src/gparatype/__main__.py
src/gparatype/blast.py
src/gparatype/calling.py
src/gparatype/cli.py
src/gparatype/diagnostics.py
src/gparatype/engine.py
src/gparatype/evidence.py
src/gparatype/evidence_modes.py
src/gparatype/models.py
src/gparatype/report.py
src/gparatype/targets.py
src/gparatype/utils.py
src/gparatype.egg-info/PKG-INFO
src/gparatype.egg-info/SOURCES.txt
src/gparatype.egg-info/dependency_links.txt
src/gparatype.egg-info/entry_points.txt
src/gparatype.egg-info/requires.txt
src/gparatype.egg-info/top_level.txt
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/FREEZE_README.txt
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/VERSION.txt
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/VERSION_FREEZE.txt
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/canonical_architectures_long.tsv
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/canonical_serovars.tsv
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/checksums.sha256
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/db_manifest.tsv
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/diagnostic_targets.tsv
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/gene_aliases.tsv
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/howell_cds_all.fasta
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/howell_cds_components.tsv
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/provenance.json
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/result_state_specification.tsv
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/serovar_evidence_modes.tsv
src/gparatype/data/GparatypeDB-2026.1-freeze/special_cases.tsv
src/gparatype/v02/__init__.py
src/gparatype/v02/architecture.py
src/gparatype/v02/capsule_locator.py
src/gparatype/v02/constants.py
src/gparatype/v02/database.py
src/gparatype/v02/diagnostic_regions.py
src/gparatype/v02/engine.py
src/gparatype/v02/evidence.py
src/gparatype/v02/homology.py
src/gparatype/v02/hybrid_interpretation.py
src/gparatype/v02/interpretation.py
src/gparatype/v02/models.py
src/gparatype/v02/report.py
src/gparatype/v02/species.py
src/gparatype/v02/validate_db.py
tests/test_public_release.py
tests/test_v02_database.py