Metadata-Version: 2.4
Name: biopytools
Version: 1.75.0
Summary: A modular Python command-line toolkit for reproducible bioinformatics workflows.
Author-email: Xiang LI <lixiang117423@gmail.com>
License-Expression: MIT
Project-URL: Homepage, https://github.com/lixiang117423/biopytools
Project-URL: Documentation, https://lixiang117423.github.io/article/biopytools-readme/
Project-URL: Repository, https://github.com/lixiang117423/biopytools.git
Project-URL: Issues, https://github.com/lixiang117423/biopytools/issues
Project-URL: Changelog, https://github.com/lixiang117423/biopytools/blob/main/CHANGELOG.md
Project-URL: Paper, https://github.com/lixiang117423/biopytools/blob/main/paper/paper.md
Keywords: bioinformatics,computational biology,command-line,reproducible research,high-performance computing
Classifier: Development Status :: 5 - Production/Stable
Classifier: Environment :: Console
Classifier: Intended Audience :: Science/Research
Classifier: Operating System :: OS Independent
Classifier: Programming Language :: Python :: 3
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.10
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.11
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.12
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.13
Classifier: Topic :: Scientific/Engineering :: Bio-Informatics
Requires-Python: >=3.10
Description-Content-Type: text/markdown
License-File: LICENSE
Requires-Dist: pandas
Requires-Dist: numpy
Requires-Dist: pyfastx>=0.8.4
Requires-Dist: scikit-learn>=1.0.0
Requires-Dist: matplotlib>=3.5.0
Requires-Dist: seaborn>=0.11.0
Requires-Dist: biopython>=1.79
Requires-Dist: click>=8.0.0
Requires-Dist: requests
Requires-Dist: PyYAML>=6.0
Requires-Dist: openpyxl>=3.0
Requires-Dist: scipy>=1.7.0
Requires-Dist: psutil>=5.8.0
Requires-Dist: tqdm>=4.60.0
Provides-Extra: dev
Requires-Dist: pytest>=6.0; extra == "dev"
Requires-Dist: pytest-cov; extra == "dev"
Requires-Dist: black; extra == "dev"
Requires-Dist: isort; extra == "dev"
Requires-Dist: flake8; extra == "dev"
Provides-Extra: test
Requires-Dist: pytest>=7.0; extra == "test"
Requires-Dist: pytest-cov; extra == "test"
Requires-Dist: PyYAML>=6.0; extra == "test"
Requires-Dist: openpyxl>=3.0; extra == "test"
Requires-Dist: tomli>=1.1; python_version < "3.11" and extra == "test"
Provides-Extra: full
Requires-Dist: pysam>=0.22; extra == "full"
Requires-Dist: cyvcf2>=0.30; extra == "full"
Requires-Dist: h5py>=3.6; extra == "full"
Requires-Dist: Pillow>=9.0; extra == "full"
Requires-Dist: statsmodels>=0.13; extra == "full"
Requires-Dist: xlrd>=2.0; extra == "full"
Requires-Dist: zstandard>=0.19; extra == "full"
Provides-Extra: docs
Requires-Dist: mkdocs; extra == "docs"
Requires-Dist: mkdocs-material; extra == "docs"
Requires-Dist: mkdocs-mermaid2-plugin; extra == "docs"
Dynamic: license-file

# BioPyTools

A Python toolkit for bioinformatics analysis and computational biology.

一个用于生物信息学分析和计算生物学的Python工具包。

JOSS submission materials: [manuscript](paper/paper.md),
[references](paper/paper.bib), and [submission checklist](JOSS_CHECKLIST.md).

## 简介 | Overview

BioPyTools 是一个专为生物信息学研究设计的Python工具包，提供了一系列常用的生物数据分析功能。

BioPyTools is a Python toolkit designed for bioinformatics research, providing a series of commonly used biological data analysis functions.

> 当前版本与更新历史见 [CHANGELOG](CHANGELOG.md) | See [CHANGELOG](CHANGELOG.md) for the current version and update history.

## 系统要求 | Requirements

- Python >= 3.10
- NumPy
- Pandas
- Matplotlib >= 3.5.0
- pyfastx >= 0.8.4
- scikit-learn >= 1.0.0
- seaborn >= 0.11.0
- click >= 8.0.0

## 环境配置 | Environment Setup

### 功能域 Conda 环境（超算团队用户|HPC team users）

自 2026-08 起，超算上的软件环境按**功能域**合并为 14 个：

```
align  pop  asm  hic  annot  repeat  rna
protein  phylo  pan  viz  misc  r  busco
```

| 资料<br>Resource | 说明<br>Note |
|---|---|
| [envs/README.md](envs/README.md) | 14 个域环境定义（envs/*.yml）、一键建环境脚本、授权软件注册、冒烟测试 |
| [docs/conda_env_software_map.md](docs/conda_env_software_map.md) | 软件 → Conda 环境速查表（新域环境与保留环境） |
| [scripts/delete_obsolete_envs.sh](scripts/delete_obsolete_envs.sh) | 删除已被域环境取代的旧环境（默认 dry-run） |

快速开始|Quick start:

```bash
# 超算上创建全部 14 个域环境（已存在自动跳过）
bash scripts/build_domains.sh
# 或单个域
mamba env create -f envs/align.yml
```

### 旧环境导出备份（本地|local only, 不入库）

历史环境导出保存在本地 conda_envs_backup/（git 忽略），共 214 个旧环境的 yaml 快照，仅供回溯与故障排查。

### 普通用户 | General users

多数模块可通过 pip 安装与 PATH 中的工具直接使用，无需 conda 域环境。

## 安装方法 | Installation

### 从 PyPI 安装 | Install from PyPI

```bash
pip install biopytools
```

### 从源码安装 | Install from source

```bash
git clone https://github.com/lixiang117423/biopytools.git
cd biopytools
pip install -e .

# or
pip install .
```

## 使用方法 | Usage

### 查看帮助 | Getting Help

```bash
biopytools -h
```

查看所有可用命令 | List all commands:

```bash
biopytools
```

查看特定命令的帮助 | Help for specific command:

```bash
biopytools <命令>-h    # 例如: biopytools fastp -h
```

## 模块文档 | Module Documentation

BioPyTools 提供220+个模块（运行 `biopytools` 查看全部命令），按功能分为以下类别。

BioPyTools provides 220+ modules (run `biopytools` to list all commands), organized by functionality into the following categories.

### 数据下载与质控 | Data Download & QC

- [ena_downloader](./docs/ena_downloader.md) - ENA数据下载工具（`biopytools ena-downloader`）
- [ncbi_datasets](./docs/ncbi_datasets.md) - NCBI taxon基因组批量下载（`biopytools ncbi-datasets`）
- [check_reads](./docs/check_reads.md) - FASTQ完整性检查（`biopytools check-reads`）
- [fof](./docs/fof.md) - FOF文件生成工具（`biopytools fof`）
- [fastp](./docs/fastp.md) - FASTQ数据质量控制（`biopytools fastp`）
- [fastq_gc_filter](./docs/fastq_gc_filter.md) - FASTQ文件GC含量和序列长度过滤（`biopytools fastq-gc-filter`）
- [fastq_stats](./docs/fastq_stats.md) - FASTQ文件统计工具（`biopytools fq-stats`）
- [get_link_from_CNCB](./docs/get_link_from_CNCB.md) - 从CNCB批量获取测序数据下载链接（`biopytools get-link-from-CNCB`）
- [iseq](./docs/iseq.md) - 公共测序数据下载工具（`biopytools iseq`）
- [pair_fastq](./docs/pair_fastq.md) - FASTQ配对修复工具（`biopytools pair-fastq`）
- [sra2fastq](./docs/sra2fastq.md) - SRA转FASTQ转换工具（`biopytools sra2fastq`）
- [wgsim](./docs/wgsim.md) - Wgsim基因组测序数据模拟（`biopytools wgsim`）

### 基因组组装 | Genome Assembly

- [genomeasm](./docs/genomeasm.md) - 三代基因组组装流程（`biopytools genomeasm`）
- [get_plastome](./docs/get_plastome.md) - 叶绿体基因组组装工具（`biopytools get-plastome`）
- [hicanu](./docs/hicanu.md) - HiCanu基因组组装工具（`biopytools hicanu`）
- [hifi_hic](./docs/hifi_hic.md) - 使用HiFi和Hi-C数据进行基因组组装（`biopytools hifi-hic`）
- [hifi_hic_workflow](./docs/hifi_hic_workflow.md) - HiFi+Hi-C基因组组装与挂载完整流程（`biopytools hifi-hic-workflow`）
- [hifiasm](./docs/hifiasm.md) - 运行hifiasm基因组组装（`biopytools hifiasm`）
- [mga](./docs/mga.md) - MGA共识基因组组装(HiFi)（`biopytools mga`）

### 组装评估与QC | Assembly QC

- [assembly_qc](./docs/assembly_qc.md) - 基因组组装质量综合评估（`biopytools assembly-qc`）
- [assembly_qv](./docs/assembly_qv.md) - 装配质量QV值计算（`biopytools assembly-qv`）
- [assembly_stats](./docs/assembly_stats.md) - 基因组装配统计（`biopytools assembly-stats`）
- [busco](./docs/busco.md) - BUSCO质量评估分析工具（`biopytools busco`）
- [centier](./docs/centier.md) - CentIER着丝粒鉴定工具（`biopytools centier`）
- [gap_stat](./docs/gap_stat.md) - 基因组Gap统计工具（`biopytools gap-stat`）
- [hic_qc](./docs/hic_qc.md) - Hi-C数据质量评估工具（`biopytools hic-qc`）
- [lai](./docs/lai.md) - LAI组装质量指数计算工具（`biopytools lai`）

### Hi-C与挂载 | Hi-C & Scaffolding

- [allhic](./docs/allhic.md) - 使用ALLHiC进行染色体挂载（`biopytools allhic`）
- [cphasing](./docs/cphasing.md) - CPhasing基因组分相和挂载工具（`biopytools cphasing`）
- [find_telomere](./docs/find_telomere.md) - 端粒识别分析工具（`biopytools find-telomere`）
- [genome_mount_rate](./docs/genome_mount_rate.md) - 基因组挂载率统计（`biopytools genome-mount-rate`）
- [haphic](./docs/haphic.md) - HapHiC基因组scaffolding工具（`biopytools haphic`）
- [hic_heatmap](./docs/hic_heatmap.md) - Hi-C全基因组热图分析（`biopytools hic-heatmap`）
- [subphaser](./docs/subphaser.md) - SubPhaser异源多倍体亚基因组分离（`biopytools subphaser`）
- [telocomp](./docs/telocomp.md) - TeloComp端粒鉴定工具（`biopytools telocomp`）
- [yahs](./docs/yahs.md) - YaHS Hi-C scaffolding流程（`biopytools yahs`）
- [subgenome_assign](./docs/subgenome_assign.md) - 亚基因组归属(异源多倍体,亲本比对判定)（`biopytools subgenome-assign`）

### 基因组后处理与工具 | Polishing & Utilities

- [agp2table](./docs/agp2table.md) - AGP转表格工具（`biopytools agp2table`）
- [assembly2agp](./docs/assembly2agp.md) - Assembly文件转AGP格式工具（`biopytools assembly2agp`）
- [chr_rename](./docs/chr_rename.md) - 基于minimap2的染色体重命名工具（`biopytools chr-rename`）
- [gap_fill](./docs/gap_fill.md) - TGS-GapCloser Gap填充工具（`biopytools gap-fill`）
- [genebank2fasta](./docs/genebank2fasta.md) - GenBank序列提取工具（`biopytools genebank2fasta`）
- [gffconverter](./docs/gffconverter.md) - GFF文件整理工具（`biopytools renamegff`）
- [gtf2gff](./docs/gtf2gff.md) - GTF到GFF文件转换工具（`biopytools gtf2gff`）
- [promoter_extractor](./docs/promoter_extractor.md) - 启动子提取工具（`biopytools promoter-extractor`）
- [purge_dups](./docs/purge_dups.md) - Purge_Dups基因组去冗余工具（`biopytools purge-dups`）
- [ragtag](./docs/ragtag.md) - RagTag基因组scaffolding工具（`biopytools ragtag`）
- [rename_chromosomes](./docs/rename_chromosomes.md) - 染色体重命名工具（`biopytools rename-chromosomes`）
- [rename_genome_id](./docs/rename_genome_id.md) - 基因组ID重命名工具（`biopytools rename-genome-id`）
- [split_fasta_id](./docs/split_fasta_id.md) - 分割FASTA文件ID（`biopytools split-fasta-id`）
- [subseq](./docs/subseq.md) - 序列子集提取工具（`biopytools subseq`）
- [seq_extract](./docs/seq_extract.md) - 序列提取(seqkit封装,自动识别ID/ID文件/BED)（`biopytools seq-extract`）

### 比对与BAM处理 | Alignment & BAM

- [bam2fastq](./docs/bam2fastq.md) - BAM to FASTQ批量转换工具（`biopytools bam2fastq`）
- [bam_cov](./docs/bam_cov.md) - BAM覆盖度统计（`biopytools bam-cov`）
- [bam_stats](./docs/bam_stats.md) - BAM文件批量统计分析（`biopytools bam-stats`）
- [bam_view](./docs/bam_view.md) - BAM比对可视化工具（`biopytools bam-view`）
- [blast](./docs/blast.md) - BLAST序列比对分析（`biopytools blast`）
- [bwa](./docs/bwa.md) - 全基因组比对工具（`biopytools bwa`）
- [bwa_gatk](./docs/bwa_gatk.md) - 全基因组比对和变异检测（`biopytools bwa-gatk`）
- [coverage](./docs/coverage.md) - BAM覆盖度分析工具（`biopytools coverage`）
- [coverage_filter](./docs/coverage_filter.md) - 基于覆盖度的序列质量过滤（`biopytools coverage-filter`）
- [extract_reads](./docs/extract_reads.md) - 基于contig-reads对应关系提取fastq reads（`biopytools extract-reads`）
- [longestmrna](./docs/longestmrna.md) - 提取最长转录本（`biopytools longest-mrna`）
- [mafft_fasttree](./docs/mafft_fasttree.md) - 系统发育树构建工具（`biopytools mafft-fasttree`）
- [minibwa](./docs/minibwa.md) - Minibwa短读长比对（标准/Hi-C/BS-seq/长读）（`biopytools minibwa`）
- [minimap2](./docs/minimap2.md) - Minimap2比对与区域提取（`biopytools minimap2`）
- [msa](./docs/msa.md) - 多序列比对分析工具（`biopytools msa`）
- [msaviz](./docs/msaviz.md) - MSA可视化工具（自动比对+可视化）（`biopytools msaviz`）
- [parse_gene_dna](./docs/parse_gene_dna.md) - 基因DNA序列提取工具（`biopytools parse-gene-dna`）
- [parse_seq](./docs/parse_seq.md) - 核酸或蛋白序列提取工具（`biopytools parse-seq`）
- [pep2genome](./docs/pep2genome.md) - 蛋白质到基因组比对工具（`biopytools pep2genome`）
- [samplot](./docs/samplot.md) - Samplot结构变异可视化工具（`biopytools samplot`）
- [seq2genome](./docs/seq2genome.md) - 序列到基因组比对工具（支持DNA/蛋白质自动检测）（`biopytools seq2genome`）

### 变异检测与VCF | Variant & VCF

- [annovar](./docs/annovar.md) - ANNOVAR变异注释（`biopytools annovar`）
- [fastq2vcf_gtx](./docs/fastq2vcf_gtx.md) - Fastq到VCF (GTX) 全流程分析（`biopytools fastq2vcf-gtx`）
- [fastq2vcf_parabricks](./docs/fastq2vcf_parabricks.md) - Fastq到VCF (Parabricks) 全流程分析（`biopytools fastq2vcf-parabricks`）
- [filter_snp_indel](./docs/filter_snp_indel.md) - SNP和INDEL过滤工具（`biopytools filter-snp-indel`）
- [gatk_joint](./docs/gatk_joint.md) - GATK Joint Genotyping工具（`biopytools gatk-joint`）
- [geneinfo](./docs/geneinfo.md) - 从GFF文件提取基因信息（`biopytools geneinfo`）
- [gffcompare](./docs/gffcompare.md) - GFF/GTF文件两两比较分析（`biopytools gffcompare`）
- [gtx](./docs/gtx.md) - 运行GTX WGS流程（`biopytools gtx`）
- [gtx_joint](./docs/gtx_joint.md) - GTX Joint Calling命令生成工具（`biopytools gtx-joint`）
- [hap_type](./docs/hap_type.md) - 单倍型可视化工具（`biopytools hap-type`）
- [indelpav](./docs/indelpav.md) - INDEL PAV分析工具（`biopytools indelpav`）
- [insert_detection](./docs/insert_detection.md) - 插入序列位点检测（`biopytools insert-detection`）
- [genome2sv](./docs/genome2sv.md) - 组装间结构变异检测（`biopytools genome2sv`）
- [parabricks](./docs/parabricks.md) - 基于GPU的全基因组流程（`biopytools parabricks`）
- [swave](./docs/swave.md) - Swave结构变异检测工具（`biopytools swave`）
- [vcf2gene](./docs/vcf2gene.md) - VCF变异基因注释工具（`biopytools vcf2gene`）
- [vcf2genotype](./docs/vcf2genotype.md) - VCF基因型提取（`biopytools vcf2genotype`）
- [vcf2pav](./docs/vcf2pav.md) - VCF转PAV矩阵（`biopytools vcf2pav`）
- [vcf_filter](./docs/vcf_filter.md) - VCF文件筛选（`biopytools vcf-filter`）
- [vcf_merger](./docs/vcf_merger.md) - VCF按染色体合并工具（`biopytools vcf-merger`）
- [vcf_renamer](./docs/vcf_renamer.md) - VCF样品名称重命名工具（`biopytools vcf-renamer`）
- [vcf_sample_hete](./docs/vcf_sample_hete.md) - VCF样本基因型统计（`biopytools vcf-sample-hete`）
- [vcf_sampler](./docs/vcf_sampler.md) - VCF文件SNP抽样工具（`biopytools vcf-sampler`）
- [vcf_sequence](./docs/vcf_sequence.md) - 从基因组和VCF提取序列（`biopytools vcf-sequence`）
- [vg](./docs/vg.md) - VG变异图分析工具（construct/index/giraffe/deconstruct）（`biopytools vg`）

### 泛基因组 | Pan-genome

- [cactus](./docs/cactus.md) - Cactus泛基因组构建和分析工具（`biopytools cactus`）
- [minigraph](./docs/minigraph.md) - Minigraph泛基因组图构建和分析工具（`biopytools minigraph`）
- [pan_blocks](./docs/pan_blocks.md) - 泛基因组Block构建工具（`biopytools pan-blocks`）
- [pandepth](./docs/pandepth.md) - PanDepth覆盖度计算工具（`biopytools pandepth`）
- [panman](./docs/panman.md) - Panman泛基因组构建和分析工具（`biopytools panman`）
- [panvar](./docs/panvar.md) - 泛基因组变异分析（`biopytools panvar`）
- [pggb](./docs/pggb.md) - PGGB泛基因组图构建工具（`biopytools pggb`）
- [psvcp](./docs/psvcp.md) - PSVCP线性泛基因组构建（`biopytools psvcp`）

### 注释与功能预测 | Annotation

- [braker](./docs/braker.md) - BRAKER3基因组注释工具（`biopytools braker`）
- [braker4phyto](./docs/braker4phyto.md) - BRAKER3疫霉菌基因组注释（`biopytools braker4phyto`）
- [anno_curate](./docs/anno_curate.md) - GSA提交前注释校正（`biopytools anno-curate`）
- [annorefine](./docs/annorefine.md) - BRAKER+查漏补漏端到端（`biopytools annorefine`）
- [func_anno](./docs/func_anno.md) - 蛋白功能注释（`biopytools func-anno`）
- [deeploc](./docs/deeploc.md) - DeepLoc 2.1蛋白质亚细胞定位预测工具（`biopytools deeploc`）
- [egapx_batch](./docs/egapx_batch.md) - EGAPx批量运行配置生成工具（`biopytools egapx-batch`）
- [eviann](./docs/eviann.md) - EviAnn基因组注释工具（`biopytools eviann`）
- [gff_renamer](./docs/gff_renamer.md) - GFF文件ID规范化工具（`biopytools gff-renamer`）
- [hmmsearch](./docs/hmmsearch.md) - HMMsearch结果处理工具（`biopytools hmmsearch`）
- [interproscan](./docs/interproscan.md) - InterProScan蛋白质功能注释（`biopytools interproscan`）
- [meme_parser](./docs/meme_parser.md) - MEME Motif发现和解析工具（`biopytools meme-parser`）
- [nlr_annotator](./docs/nlr_annotator.md) - NLR基因预测工具（`biopytools nlr-annotator`）
- [signalp](./docs/signalp.md) - SignalP 6.0信号肽预测工具（`biopytools signalp`）
- [tmhmm](./docs/tmhmm.md) - TMHMM跨膜螺旋预测（`biopytools tmhmm`）
- [deeptmhmm](./docs/deeptmhmm.md) - DeepTMHMM跨膜螺旋/信号肽预测（`biopytools deeptmhmm`）
- [transcript_assembly](./docs/transcript_assembly.md) - 转录本从头组装(HISAT2+StringTie)（`biopytools transcript-assembly`）
- [oomycete_anno](./docs/oomycete_anno.md) - 疫霉菌基因组注释(T2T Augustus流程)（`biopytools oomycete-anno`）
- [eggnog_mapper](./docs/eggnog_mapper.md) - eggNOG功能注释(GO/KEGG/COG/CAZy/Pfam)（`biopytools eggnog-mapper`）
- [phobius](./docs/phobius.md) - Phobius跨膜拓扑+信号肽预测（`biopytools phobius`）

### 转座子与重复序列 | TE & Repeats

- [edta](./docs/edta.md) - EDTA转座子注释（`biopytools edta`）
- [hite](./docs/hite.md) - HiTE转座子检测与注释（`biopytools hite`）
- [pathorepeat](./docs/pathorepeat.md) - 病原菌重复序列注释（`biopytools pathorepeat`）
- [panedta](./docs/panedta.md) - PanEDTA泛基因组转座子注释（`biopytools panedta`）
- [panhite](./docs/panhite.md) - panHiTE群体基因组TE分析（`biopytools panhite`）
- [repeat_analyzer](./docs/repeat_analyzer.md) - 重复序列分析模块（`biopytools repeat-analyzer`）
- [repeatmask](./docs/repeatmask.md) - 重复序列屏蔽工具（`biopytools repeatmask`）

### RNA-seq与转录组 | RNA-seq

- [dual_rnaseq](./docs/dual_rnaseq.md) - 互作转录组分析（`biopytools dual-rnaseq`）
- [gene_rnaseq_check](./docs/gene_rnaseq_check.md) - 候选基因RNA-seq转录验证（`biopytools gene-rnaseq-check`）
- [longrnaseq](./docs/longrnaseq.md) - 三代转录组比对工具（`biopytools longrnaseq`）
- [rna_iso](./docs/rna_iso.md) - 全长转录本分析（`biopytools rna-iso`）
- [rnabloom](./docs/rnabloom.md) - RNA-Bloom转录组从头组装工具（`biopytools rnabloom`）
- [rnaseq](./docs/rnaseq.md) - RNA-seq表达定量流程（`biopytools rnaseq`）
- [rnaseq2vcf](./docs/rnaseq2vcf.md) - 转录组变异检测（`biopytools rnaseq2vcf`）
- [rnaseq_val](./docs/rnaseq_val.md) - 转录组验证注释（`biopytools rnaseq-val`）

### 共线性与比较基因组 | Synteny

- [genomesyn](./docs/genomesyn.md) - 基因组共线性分析（`biopytools genomesyn`）
- [genomesyn2](./docs/genomesyn2.md) - GenomeSyn2比较基因组学可视化工具（`biopytools genomesyn2`）
- [jcvi](./docs/jcvi.md) - JCVI共线性分析工具集（`biopytools jcvi`）
- [kaks](./docs/kaks.md) - Ka/Ks计算（`biopytools kaks`）
- [microsynteny](./docs/microsynteny.md) - 微观共线性分析工具（`biopytools microsynteny`）
- [ngenomesyn](./docs/ngenomesyn.md) - NGenomeSyn可视化工具（`biopytools ngenomesyn`）
- [orthofinder](./docs/orthofinder.md) - OrthoFinder泛基因组分析工具包（`biopytools orthofinder`）
- [plotsr](./docs/plotsr.md) - 多基因组共线性可视化工具（`biopytools plotsr`）
- [wgdi](./docs/wgdi.md) - WGDI比较基因组学分析工具（`biopytools wgdi`）
- [aliner](./docs/aliner.md) - a-liner共线性可视化pipeline（FASTA→minimap2→图）（`biopytools aliner`）

### 系统发育 | Phylogenetics

- [iqtree](./docs/iqtree.md) - IQ-TREE系统发育树分析工具（`biopytools iqtree`）
- [reads2tree](./docs/reads2tree.md) - FASTQ目录免组装构建物种树（`biopytools reads2tree`）
- [genome2tree](./docs/genome2tree.md) - 基因组目录免比对物种树（`biopytools genome2tree`）
- [vcf2tree](./docs/vcf2tree.md) - VCF转系统发育树（`biopytools vcf2tree`）
- [vcf2splitstree](./docs/vcf2splitstree.md) - VCF转SplitsTree6距离矩阵（`biopytools vcf2splitstree`）
- [phy2fa](./docs/phy2fa.md) - Phylip转FASTA（`biopytools phy2fa`）
- [trimal](./docs/trimal.md) - 多序列比对自动修剪（`biopytools trimal`）
- [phylo_trim](./docs/phylo_trim.md) - 比对修剪前后树整合分析（`biopytools phylo-trim`）
- [phylo_selector](./docs/phylo_selector.md) - 系统发育树样品选择工具（`biopytools phylo-selector`）
- [raxml](./docs/raxml.md) - RAxML系统发育树（`biopytools raxml`）
- [vcf2nj](./docs/vcf2nj.md) - VCF构建NJ进化树（`biopytools vcf2nj`）
- [vcf2phylip](./docs/vcf2phylip.md) - VCF转phylip格式（`biopytools vcf2phylip`）
- [raxml_ng](./docs/raxml_ng.md) - RAxML-NG系统发育树(最大似然,自适应模型+bootstrap)（`biopytools raxml-ng`）

### 群体遗传 | Population Genetics

- [admixture](./docs/admixture.md) - ADMIXTURE群体结构分析（`biopytools admixture`）
- [dsuite](./docs/dsuite.md) - Dsuite D统计量分析工具（`biopytools dsuite`）
- [fastani](./docs/fastani.md) - 全基因组ANI计算（`biopytools fastani`）
- [easyhap](./docs/easyhap.md) - 区域单倍型分析（`biopytools easyhap`）
- [fst](./docs/fst.md) - Fst遗传分化计算工具（`biopytools fst`）
- [pi](./docs/pi.md) - 核苷酸多样性计算工具（`biopytools pi`）
- [pi4gene](./docs/pi4gene.md) - 基因分组核苷酸多样性计算（`biopytools pi4gene`）
- [pixy](./docs/pixy.md) - Pixy群体遗传学统计工具（`biopytools pixy`）
- [poplddecay](./docs/poplddecay.md) - 连锁不平衡衰减分析工具（`biopytools poplddecay`）
- [smudgescope](./docs/smudgescope.md) - GenomeScope2+Smudgeplot基因组评估工具（`biopytools smudgescope`）
- [treemix](./docs/treemix.md) - TreeMix群体历史与基因流分析（`biopytools treemix`）
- [vcf2pca](./docs/vcf2pca.md) - VCF主成分分析 (PCA)（`biopytools vcf2pca`）

### GWAS与BSA | GWAS & BSA

- [atomm](./docs/atomm.md) - 双物种混合效应模型关联分析（`biopytools atomm`）
- [cim](./docs/cim.md) - R/qtl复合区间作图(CIM)分析（`biopytools cim`）
- [deepbsa](./docs/deepbsa.md) - DeepBSA批量分析工具（`biopytools deepbsa`）
- [gctb](./docs/gctb.md) - GCTB全基因组复杂性状贝叶斯分析（`biopytools gctb`）
- [gemma_gwas](./docs/gemma_gwas.md) - GEMMA GWAS批量分析工具（`biopytools gemma-gwas`）
- [gwas2gene](./docs/gwas2gene.md) - GWAS候选基因筛选工具（`biopytools gwas2gene`）
- [gwas_gec](./docs/gwas_gec.md) - GWAS基因组范围多重检验校正（`biopytools gwas-gec`）
- [gwas_lambda](./docs/gwas_lambda.md) - GWAS Lambda GC计算工具（`biopytools gwas-lambda`）
- [janusx](./docs/janusx.md) - JanusX GWAS和基因组选择分析（`biopytools janusx`）
- [ldblockshow](./docs/ldblockshow.md) - 连锁不平衡热图分析（`biopytools ldblockshow`）
- [ocbsa](./docs/ocbsa.md) - BSA分析工具套件（`biopytools ocbsa`）
- [plinkgwas](./docs/plinkgwas.md) - PLINK GWAS分析（`biopytools plink-gwas`）
- [rmvp](./docs/rmvp.md) - rMVP GWAS批量分析工具（GLM/MLM/FarmCPU）（`biopytools rmvp`）
- [snp_index](./docs/snp_index.md) - SNP index计算和分析工具（`biopytools snp-index`）
- [snp_region_gene](./docs/snp_region_gene.md) - SNP区域基因提取工具（`biopytools snp-region-gene`）
- [tassel_gwas](./docs/tassel_gwas.md) - TASSEL GWAS分析工具（`biopytools tassel-gwas`）
- [vcf2gwas](./docs/vcf2gwas.md) - vcf2gwas GWAS分析工具（`biopytools vcf2gwas`）
- [vcf2deepbsa](./docs/vcf2deepbsa.md) - VCF转DeepBSA输入CSV（`biopytools vcf2deepbsa`）
- [selective_sweep](./docs/selective_sweep.md) - 选择性扫荡检测（`biopytools selective-sweep`）
- [xpclr](./docs/xpclr.md) - XP-CLR跨群体选择信号扫描（`biopytools xpclr`）
- [mixrace](./docs/mixrace.md) - WGS混合小种检测（`biopytools mixrace`）

### 微生物组与k-mer | Microbiome & k-mer

- [kmc](./docs/kmc.md) - KMC k-mer统计和分析工具（`biopytools kmc`）
- [kmeria](./docs/kmeria.md) - K-mer GWAS全流程分析工具（`biopytools kmeria`）
- [kmertools](./docs/kmertools.md) - K-mer工具集 - 建库、查询和分析（`biopytools kmertools`）
- [kraken2](./docs/kraken2.md) - Kraken2宏基因组分类工具（`biopytools kraken2`）
- [mcyc](./docs/mcyc.md) - 甲烷循环基因丰度分析工具（`biopytools mcyc`）
- [ncbi_taxo](./docs/ncbi_taxo.md) - NCBI分类学注释工具（`biopytools ncbi-taxo`）
- [picrust2](./docs/picrust2.md) - PICRUSt2微生物群落功能丰度预测（`biopytools picrust2`）
- [faprotaxtax](./docs/faprotaxtax.md) - FAPROTAX微生物群落生态功能注释（`biopytools faprotaxtax`）
- [qiime2](./docs/qiime2.md) - QIIME2微生物组多样性分析(16S/ITS,ASV/OTU)（`biopytools qiime2`）

### 甲基化 | Methylation

- [bismark](./docs/bismark.md) - 全基因组甲基化分析（`biopytools bismark`）

### 效应子与抗病 | Effectors

- [phyto_effector](./docs/phyto_effector.md) - Phytophthora效应子鉴定(rxlr/crn)（`biopytools phyto-effector`）
- [resistify](./docs/resistify.md) - Resistify NLR分析工具（`biopytools resistify`）
- [predgpi](./docs/predgpi.md) - PredGPI GPI锚定蛋白预测（`biopytools predgpi`）
- [rxlr_scanner](./docs/rxlr_scanner.md) - RxLR效应蛋白扫描工具（`biopytools rxlr-scanner`）
- [indel_marker](./docs/indel_marker.md) - 抗病/感病INDEL共显性标记开发（`biopytools indel-marker`）

### 其他工具 | Other Utilities

- [primer3](./docs/primer3.md) - Primer3引物设计工具（`biopytools primer3`）
- [protein_stats](./docs/protein_stats.md) - Protein Stats理化性质分析工具（`biopytools protein-stats`）
- [gene_density](./docs/gene_density.md) - 基因密度计算（每窗口基因数+基因/Mb）（`biopytools gene-density`）
- [gene_table](./docs/gene_table.md) - 基因信息+序列合并表(基因DNA+CDS+蛋白)（`biopytools gene-table`）
- [insert2locus](./docs/insert2locus.md) - 转基因插入位点提取（`biopytools insert2locus`）
- [needle_identity](./docs/needle_identity.md) - 序列两两identity计算（`biopytools needle-identity`）
- [seq_len](./docs/seq_len.md) - FASTA序列长度统计（`biopytools seq-len`）
- [allelic_genes](./docs/allelic_genes.md) - 已废弃，迁移到 jcvi allelic（`biopytools allelic-genes`）

## 许可证 | License

本项目采用 MIT 许可证 - 详见 [LICENSE](LICENSE) 文件

This project is licensed under the MIT License - see the [LICENSE](LICENSE) file for details.

## 测试 | Testing

```bash
python -m pip install -e ".[dev,test]"
python -m pytest
```

External executables are mocked in the default test suite. End-to-end tests that
invoke real bioinformatics software should run on a compute node.

## 引用 | Citation

Citation metadata are provided in [CITATION.cff](CITATION.cff), with archive
metadata in [.zenodo.json](.zenodo.json). The JOSS manuscript is available at
[paper/paper.md](paper/paper.md). A version-specific archive DOI will be added
after the JOSS release is accepted.

## 贡献 | Contributing

Contribution guidelines are in [CONTRIBUTING.md](CONTRIBUTING.md). Please use the
GitHub issue templates for bug reports and feature requests, and follow
[CODE_OF_CONDUCT.md](CODE_OF_CONDUCT.md) in all project interactions.

## 支持 | Support

Usage questions, bug reports, and feature requests are handled through
[GitHub Issues](https://github.com/lixiang117423/biopytools/issues). See
[SUPPORT.md](SUPPORT.md) for the information needed in a report.

## 作者信息 | Author

**李详 (Xiang Li)**
- Email: lixiang117423@gmail.com
- GitHub: [@lixiang117423](https://github.com/lixiang117423)
- ORCID: [0000-0002-8400-7116](https://orcid.org/0000-0002-8400-7116)
- Affiliation: Yazhouwan National Laboratory, Sanya, Hainan, China

## 致谢 | Acknowledgments

- 感谢所有为本项目做出贡献的开发者 | Thanks to all developers who contributed to this project
- 感谢开源社区的支持 | Thanks to the open source community for support
- AI 辅助开发 | AI-assisted development: Claude Code (Anthropic), GLM 5.2, and OpenAI Codex (GPT-5)

## 问题反馈 | Issues

如果遇到问题或有建议，请在GitHub上提交issue：

If you encounter problems or have suggestions, please submit an issue on GitHub:

https://github.com/lixiang117423/biopytools/issues
