LICENSE
README.md
pyproject.toml
src/setup.py
src/verkkofillet/__init__.py
src/verkkofillet/__main__.py
src/verkkofillet/__msettings.py
src/verkkofillet/_default_func.py
src/verkkofillet/_run_shell.py
src/verkkofillet.egg-info/PKG-INFO
src/verkkofillet.egg-info/SOURCES.txt
src/verkkofillet.egg-info/dependency_links.txt
src/verkkofillet.egg-info/top_level.txt
src/verkkofillet/bin/insert_aln_gaps.py
src/verkkofillet/plotting/__init__.py
src/verkkofillet/plotting/_baseQC.py
src/verkkofillet/plotting/_chr_mashmap.py
src/verkkofillet/preprocessing/__init__.py
src/verkkofillet/preprocessing/_chrNaming.py
src/verkkofillet/preprocessing/_estLoop.py
src/verkkofillet/preprocessing/_fill_gaps.py
src/verkkofillet/preprocessing/_find_gaps.py
src/verkkofillet/preprocessing/_find_intra_telo.py
src/verkkofillet/preprocessing/_find_inv_chr.py
src/verkkofillet/preprocessing/_getQV.py
src/verkkofillet/preprocessing/_highlight_nodes.py
src/verkkofillet/preprocessing/_read_chr.py
src/verkkofillet/preprocessing/_read_wirte.py
src/verkkofillet/preprocessing/_searchNodes.py
src/verkkofillet/tools/__init__.py
src/verkkofillet/tools/_asm_stats.py
src/verkkofillet/tools/_chrAssign.py
src/verkkofillet/tools/_detect_internal_telomere.py
src/verkkofillet/tools/_graphAlign.py
src/verkkofillet/tools/_insert_gap.py
src/verkkofillet/tools/_kmer.py
src/verkkofillet/tools/_modiFasta.py
src/verkkofillet/tools/_refAlign.py
src/verkkofillet/tools/_run_rm_rDNA.py