Metadata-Version: 2.1
Name: pycodon
Version: 0.1.0
Summary: read DNA sequences
Home-page: https://github.com/tikeeva/pycodon
Author: ['ETikeeva', 'DMalakhova', 'DZanadvornykh']
Author-email: tikeeva_es@mail.ru
License: MIT
Description: # pycodon
        Проект группы студентов КФУ лаборатории Хемоинформатика и молекулярное моделирование.
        
        Проект дает возможность проводить операции с последовательностями ДНК и РНК in pythonic way. 
        ## Установка
        Для установки запустите следующую команду 
        ```bash
        pip install pycodon
        ```
        ## Описание проекта
        
        Пока разработано два класса: `Sequence` и `Metasequence`.
        
        
        **Metasequence** - класс, экземпляр которого содержит в себе все последовательности нуклеотидов с учетом их неоднозначности, причем в графовом виде. Экземпляр Metasequence подходит как для ДНК, так и для РНК.
        
        *Методы Metasequence*
        
        1. Создание всех возможных последовательностей посредством обработки неоднозначных нуклеотидов:
        ```python
        metaseq.make_sequences()
        ```
        
        2. Поиск позиций неоднозначных нуклетидов
        ```python
        metaseq.ambiguous_nucleotides()
        ```
        
        3. Расчет длины последовательности:
        ```python
        metaseq.count_nucleotides()
        ```
        
        **Sequence** - класс, экземпляр которого является строко-подобным, содержит в себе строго одну последовательность нуклеотидов, исключая неоднозначности, что позволяет расширить функционал строк с учетом необходимости проведения различных модернизаций: транскрипций, трансляций, расчета рамок считывания и т.д. 
        
        *Методы Sequence*
        
        1. Транскрипция последовательности, как из ДНК в РНК, так и наоброт:
        ```python
        seq.transcription()
        ```
        
        2. Расчет количества каждого нуклеотида в последовательности:
        ```python
        seq.nucleotide_counter
        ```
        
        
        3. Поиск рамки считывания ДНК последовательности:
        ```python
        seq.make_frames()
        ```
        4. Трансляция последовательности в белок:
        ```python
        seq.protein
        ```
        
        5. Длина белковой последовательности:
        ```python
        seq.aminoacids()
        ```
        Для чтения файлов используйте функцию
        ```python
        from pycodon import read_file
        
        read_file('path/to/file')
        ```
Platform: UNKNOWN
Classifier: License :: OSI Approved :: MIT License
Classifier: Programming Language :: Python :: 3.8
Requires-Python: >=3.8.0
Description-Content-Type: text/markdown
