README.md
setup.py
verkkofillet/__init__.py
verkkofillet/__main__.py
verkkofillet/__msettings.py
verkkofillet/_default_func.py
verkkofillet/_run_shell.py
verkkofillet/_version.py
verkkofillet.egg-info/PKG-INFO
verkkofillet.egg-info/SOURCES.txt
verkkofillet.egg-info/dependency_links.txt
verkkofillet.egg-info/top_level.txt
verkkofillet/bin/__init__.py
verkkofillet/bin/_slurm_telomere_analysis.sh
verkkofillet/bin/_sumit_meryl.sh
verkkofillet/bin/changeChrName.sh
verkkofillet/bin/detectTelo.sh
verkkofillet/bin/find_telomere.sh
verkkofillet/bin/generateDotPlot
verkkofillet/bin/getChrNames.sh
verkkofillet/bin/getT2T.sh
verkkofillet/bin/graph_functions.py
verkkofillet/bin/insert_aln_gaps.py
verkkofillet/bin/lock_folder.sh
verkkofillet/bin/make_verkko_fillet_dir.sh
verkkofillet/bin/meryl.sh
verkkofillet/bin/qv.sh
verkkofillet/bin/removeRDNA.sh
verkkofillet/bin/svbyeye.r
verkkofillet/bin/tel_detect.sh
verkkofillet/bin/trimming.sh
verkkofillet/bin/vgp-assembly/__init__.py
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere_analysis.sh
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/FindTelomereBreaks.class
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/FindTelomereBreaks.java
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/FindTelomereWindows.class
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/FindTelomereWindows.java
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/SizeFasta.java
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/Utils$FastaReader.class
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/Utils$FastaRecord.class
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/Utils$Pair.class
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/Utils$ToProtein.class
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/Utils$Translate.class
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/Utils.class
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/Utils.java
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/__init__.py
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/_submit_telomere.sh
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/build.sh
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/find
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/find_telomere
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/find_telomere.c
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/find_telomere.sh
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/telomere.jar
verkkofillet/bin/vgp-assembly/telomere/telomere_analysis.sh
verkkofillet/bin/vgp-assembly/utils/__init__.py
verkkofillet/bin/vgp-assembly/utils/txtColumnSummary.jar
verkkofillet/bin/vgp-assembly/utils/txtContains.jar
verkkofillet/bin/vgp-assembly/utils/txtGrepv.jar
verkkofillet/bin/vgp-assembly/utils/txtVlookup.jar
verkkofillet/data/__init__.py
verkkofillet/data/dataset/__init__.py
verkkofillet/data/dataset/rDNA_compressed.fasta
verkkofillet/data/test_giraffe/__init__.py
verkkofillet/data/test_giraffe/giraffe_before_gap_filling.pkl
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/2025PAC.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/__init__.py
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/chromosomeFlipping.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/detect_intra_tel.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/gapid_10.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/gapid_24.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/giraffe_complete_verkko-genomeassembly.drawio.svg
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/giraffe_complete_verkko-verkko_filletObj.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/nodeClustering.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/unit17.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/unit18.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/unit2.png
verkkofillet/data/test_giraffe/fig/verkko_curation_decision_tree.png
verkkofillet/plotting/__init__.py
verkkofillet/plotting/_baseQC.py
verkkofillet/plotting/_chr_mashmap.py
verkkofillet/plotting/svbyeye.ipynb
verkkofillet/plotting/syntenic.png
verkkofillet/preprocessing/__init__.py
verkkofillet/preprocessing/_chrNaming.py
verkkofillet/preprocessing/_estLoop.py
verkkofillet/preprocessing/_fill_gaps.py
verkkofillet/preprocessing/_find_gaps.py
verkkofillet/preprocessing/_find_intra_telo.py
verkkofillet/preprocessing/_getQV.py
verkkofillet/preprocessing/_highlight_nodes.py
verkkofillet/preprocessing/_read_chr.py
verkkofillet/preprocessing/_read_wirte.py
verkkofillet/preprocessing/_searchNodes.py
verkkofillet/tools/__init__.py
verkkofillet/tools/_asm_stats.py
verkkofillet/tools/_chrAssign.py
verkkofillet/tools/_detect_internal_telomere.py
verkkofillet/tools/_graphAlign.py
verkkofillet/tools/_insert_gap.py
verkkofillet/tools/_kmer.py
verkkofillet/tools/_modiFasta.py
verkkofillet/tools/_refAlign.py
verkkofillet/tools/_run_rm_rDNA.py