Metadata-Version: 2.4
Name: VedatMSA
Version: 1.0.1
Summary: MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması
Author: Vedat Ersoy
License-Expression: MIT
Project-URL: Homepage, https://github.com/ersoy0710-tech/VedatMSA
Keywords: bioinformatics,MSA,MUSCLE,alignment
Requires-Python: >=3.8
Description-Content-Type: text/markdown

# VedatMSA

MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması (Multiple Sequence Alignment)

Vedat Ersoy — İstanbul Rumeli Üniversitesi Yazılım Mühendisliği

## Kurulum

```bash
pip install VedatMSA
```

## Kullanım

```python
from vedatmsa import muscle

diziler = [
    ("Insan",  "ATCGATCGTTGCA"),
    ("Fare",   "ATCGTTCGTTGCA"),
    ("Tavuk",  "ATCGAACGTTGTA"),
]

sonuc = muscle(diziler, verbose=True)

for isim, hizalanmis in sonuc:
    print(f"{isim:10} {hizalanmis}")
```

## Algoritma

MUSCLE 3 aşamada çalışır:

1. **Aşama 1** — k-mer mesafe matrisi + UPGMA ağacı + progressive alignment
2. **Aşama 2** — Hizalanmış dizilerle yeni mesafe matrisi + yeni ağaç + tekrar hizalama  
3. **Aşama 3** — Refinement: hizalamayı bölerek iteratif iyileştirme
