# BLOSUM50 substitution matrix (generated from Biopython substitution_matrices 'BLOSUM50')
# rows = reference residue, cols = query residue; integer scores
    A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
A   5  -2  -1  -2  -1  -1  -1   0  -2  -1  -2  -1  -1  -3  -1   1   0  -3  -2   0  -2  -1  -1  -5
R  -2   7  -1  -2  -4   1   0  -3   0  -4  -3   3  -2  -3  -3  -1  -1  -3  -1  -3  -1   0  -1  -5
N  -1  -1   7   2  -2   0   0   0   1  -3  -4   0  -2  -4  -2   1   0  -4  -2  -3   4   0  -1  -5
D  -2  -2   2   8  -4   0   2  -1  -1  -4  -4  -1  -4  -5  -1   0  -1  -5  -3  -4   5   1  -1  -5
C  -1  -4  -2  -4  13  -3  -3  -3  -3  -2  -2  -3  -2  -2  -4  -1  -1  -5  -3  -1  -3  -3  -2  -5
Q  -1   1   0   0  -3   7   2  -2   1  -3  -2   2   0  -4  -1   0  -1  -1  -1  -3   0   4  -1  -5
E  -1   0   0   2  -3   2   6  -3   0  -4  -3   1  -2  -3  -1  -1  -1  -3  -2  -3   1   5  -1  -5
G   0  -3   0  -1  -3  -2  -3   8  -2  -4  -4  -2  -3  -4  -2   0  -2  -3  -3  -4  -1  -2  -2  -5
H  -2   0   1  -1  -3   1   0  -2  10  -4  -3   0  -1  -1  -2  -1  -2  -3   2  -4   0   0  -1  -5
I  -1  -4  -3  -4  -2  -3  -4  -4  -4   5   2  -3   2   0  -3  -3  -1  -3  -1   4  -4  -3  -1  -5
L  -2  -3  -4  -4  -2  -2  -3  -4  -3   2   5  -3   3   1  -4  -3  -1  -2  -1   1  -4  -3  -1  -5
K  -1   3   0  -1  -3   2   1  -2   0  -3  -3   6  -2  -4  -1   0  -1  -3  -2  -3   0   1  -1  -5
M  -1  -2  -2  -4  -2   0  -2  -3  -1   2   3  -2   7   0  -3  -2  -1  -1   0   1  -3  -1  -1  -5
F  -3  -3  -4  -5  -2  -4  -3  -4  -1   0   1  -4   0   8  -4  -3  -2   1   4  -1  -4  -4  -2  -5
P  -1  -3  -2  -1  -4  -1  -1  -2  -2  -3  -4  -1  -3  -4  10  -1  -1  -4  -3  -3  -2  -1  -2  -5
S   1  -1   1   0  -1   0  -1   0  -1  -3  -3   0  -2  -3  -1   5   2  -4  -2  -2   0   0  -1  -5
T   0  -1   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -2  -1   2   5  -3  -2   0   0  -1   0  -5
W  -3  -3  -4  -5  -5  -1  -3  -3  -3  -3  -2  -3  -1   1  -4  -4  -3  15   2  -3  -5  -2  -3  -5
Y  -2  -1  -2  -3  -3  -1  -2  -3   2  -1  -1  -2   0   4  -3  -2  -2   2   8  -1  -3  -2  -1  -5
V   0  -3  -3  -4  -1  -3  -3  -4  -4   4   1  -3   1  -1  -3  -2   0  -3  -1   5  -4  -3  -1  -5
B  -2  -1   4   5  -3   0   1  -1   0  -4  -4   0  -3  -4  -2   0   0  -5  -3  -4   5   2  -1  -5
Z  -1   0   0   1  -3   4   5  -2   0  -3  -3   1  -1  -4  -1   0  -1  -2  -2  -3   2   5  -1  -5
X  -1  -1  -1  -1  -2  -1  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -1   0  -3  -1  -1  -1  -1  -1  -5
*  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5  -5   1
