# BLOSUM90 substitution matrix (generated from Biopython substitution_matrices 'BLOSUM90')
# rows = reference residue, cols = query residue; integer scores
    A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
A   5  -2  -2  -3  -1  -1  -1   0  -2  -2  -2  -1  -2  -3  -1   1   0  -4  -3  -1  -2  -1  -1  -6
R  -2   6  -1  -3  -5   1  -1  -3   0  -4  -3   2  -2  -4  -3  -1  -2  -4  -3  -3  -2   0  -2  -6
N  -2  -1   7   1  -4   0  -1  -1   0  -4  -4   0  -3  -4  -3   0   0  -5  -3  -4   4  -1  -2  -6
D  -3  -3   1   7  -5  -1   1  -2  -2  -5  -5  -1  -4  -5  -3  -1  -2  -6  -4  -5   4   0  -2  -6
C  -1  -5  -4  -5   9  -4  -6  -4  -5  -2  -2  -4  -2  -3  -4  -2  -2  -4  -4  -2  -4  -5  -3  -6
Q  -1   1   0  -1  -4   7   2  -3   1  -4  -3   1   0  -4  -2  -1  -1  -3  -3  -3  -1   4  -1  -6
E  -1  -1  -1   1  -6   2   6  -3  -1  -4  -4   0  -3  -5  -2  -1  -1  -5  -4  -3   0   4  -2  -6
G   0  -3  -1  -2  -4  -3  -3   6  -3  -5  -5  -2  -4  -5  -3  -1  -3  -4  -5  -5  -2  -3  -2  -6
H  -2   0   0  -2  -5   1  -1  -3   8  -4  -4  -1  -3  -2  -3  -2  -2  -3   1  -4  -1   0  -2  -6
I  -2  -4  -4  -5  -2  -4  -4  -5  -4   5   1  -4   1  -1  -4  -3  -1  -4  -2   3  -5  -4  -2  -6
L  -2  -3  -4  -5  -2  -3  -4  -5  -4   1   5  -3   2   0  -4  -3  -2  -3  -2   0  -5  -4  -2  -6
K  -1   2   0  -1  -4   1   0  -2  -1  -4  -3   6  -2  -4  -2  -1  -1  -5  -3  -3  -1   1  -1  -6
M  -2  -2  -3  -4  -2   0  -3  -4  -3   1   2  -2   7  -1  -3  -2  -1  -2  -2   0  -4  -2  -1  -6
F  -3  -4  -4  -5  -3  -4  -5  -5  -2  -1   0  -4  -1   7  -4  -3  -3   0   3  -2  -4  -4  -2  -6
P  -1  -3  -3  -3  -4  -2  -2  -3  -3  -4  -4  -2  -3  -4   8  -2  -2  -5  -4  -3  -3  -2  -2  -6
S   1  -1   0  -1  -2  -1  -1  -1  -2  -3  -3  -1  -2  -3  -2   5   1  -4  -3  -2   0  -1  -1  -6
T   0  -2   0  -2  -2  -1  -1  -3  -2  -1  -2  -1  -1  -3  -2   1   6  -4  -2  -1  -1  -1  -1  -6
W  -4  -4  -5  -6  -4  -3  -5  -4  -3  -4  -3  -5  -2   0  -5  -4  -4  11   2  -3  -6  -4  -3  -6
Y  -3  -3  -3  -4  -4  -3  -4  -5   1  -2  -2  -3  -2   3  -4  -3  -2   2   8  -3  -4  -3  -2  -6
V  -1  -3  -4  -5  -2  -3  -3  -5  -4   3   0  -3   0  -2  -3  -2  -1  -3  -3   5  -4  -3  -2  -6
B  -2  -2   4   4  -4  -1   0  -2  -1  -5  -5  -1  -4  -4  -3   0  -1  -6  -4  -4   4   0  -2  -6
Z  -1   0  -1   0  -5   4   4  -3   0  -4  -4   1  -2  -4  -2  -1  -1  -4  -3  -3   0   4  -1  -6
X  -1  -2  -2  -2  -3  -1  -2  -2  -2  -2  -2  -1  -1  -2  -2  -1  -1  -3  -2  -2  -2  -1  -2  -6
*  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6  -6   1
