AUTHORS.md
LICENSE
README.md
pyproject.toml
src/pharokka_scripts.py
src/pharokka/__init__.py
src/pharokka/citation.py
src/pharokka/cli.py
src/pharokka/create_custom_hmm.py
src/pharokka/custom_db.py
src/pharokka/databases.py
src/pharokka/external_tools.py
src/pharokka/hmm.py
src/pharokka/input_commands.py
src/pharokka/install.py
src/pharokka/multiplot_entry.py
src/pharokka/plot.py
src/pharokka/plot_entry.py
src/pharokka/post_processing.py
src/pharokka/processes.py
src/pharokka/proteins.py
src/pharokka/run.py
src/pharokka/run_pyrodigal_gv.py
src/pharokka/util.py
src/pharokka/version.py
src/pharokka.egg-info/PKG-INFO
src/pharokka.egg-info/SOURCES.txt
src/pharokka.egg-info/dependency_links.txt
src/pharokka.egg-info/entry_points.txt
src/pharokka.egg-info/requires.txt
src/pharokka.egg-info/top_level.txt
tests/test_compat_entrypoints.py
tests/test_external_commands.py
tests/test_golden.py
tests/test_input_commands.py
tests/test_overall.py
tests/test_post_processing.py
tests/test_proteins.py