BatchLens Bio · 0.3.0 · 研究设计复核

先看清设计，再解释差异。

核对实验单位、批次分配及你明确指定的比较。不拟合或校正表达数据。

合成示例 Confounded allocation; original synthetic cell metadata

6声明的生物学单位

6样本

920关联细胞 / 空间点位

仅依据元数据和声明的加性模型。不能证明统计功效、独立性、随机化、无未测量混杂或因果关系。

你指定的比较

不可估计 NON_ESTIMABLE

selected-comparison

condition: regeneration − control

该效应无法与模型中其他项的影响唯一分开。

复核提示 7

优先复核 BL-CONTRAST-001

指定比较在当前模型下不可估计 · selected-comparison

考虑补充交叉分配的样本，或调整科学问题。批次校正无法补回设计中不存在的信息。

查看具体证据

[
  {
    "denominator": "control",
    "id": "selected-comparison",
    "numerator": "regeneration",
    "row_space_residual": 0.7071067811865474,
    "status": "NON_ESTIMABLE",
    "tolerance": 1e-10,
    "vector": [
      0.0,
      1.0,
      0.0
    ]
  },
  [
    [
      -0.0,
      1.0,
      -1.0
    ]
  ]
]

result.json 中的证据位置：

/contrasts/0
/matrix_diagnostics/dependencies

需要关注 BL-CELL-001

达到细胞数阈值的供体不足 · Hepatocyte / control

复核供体覆盖。此计数在每个条件及细胞类型内合并同一供体的样本；阈值是复核提示，不是功效检验。

查看具体证据

[
  {
    "cell_type": "Hepatocyte",
    "cells": 220,
    "dominance_threshold": 0.6,
    "eligible_units": 3,
    "largest_unit_share": 0.9090909090909091,
    "min_cells": 20,
    "min_units": 3,
    "observed_units": 3,
    "supported_units": 1,
    "target_level": "control"
  }
]

result.json 中的证据位置：

/cell_support/2

需要关注 BL-CELL-001

达到细胞数阈值的供体不足 · Hepatocyte / regeneration

复核供体覆盖。此计数在每个条件及细胞类型内合并同一供体的样本；阈值是复核提示，不是功效检验。

查看具体证据

[
  {
    "cell_type": "Hepatocyte",
    "cells": 220,
    "dominance_threshold": 0.6,
    "eligible_units": 3,
    "largest_unit_share": 0.9090909090909091,
    "min_cells": 20,
    "min_units": 3,
    "observed_units": 3,
    "supported_units": 1,
    "target_level": "regeneration"
  }
]

result.json 中的证据位置：

/cell_support/3

需要关注 BL-CELL-002

单个供体占据了较高比例的细胞 · Hepatocyte / control

检查采样和供体贡献，不要据此自动删除供体。

查看具体证据

[
  {
    "cell_type": "Hepatocyte",
    "cells": 220,
    "dominance_threshold": 0.6,
    "eligible_units": 3,
    "largest_unit_share": 0.9090909090909091,
    "min_cells": 20,
    "min_units": 3,
    "observed_units": 3,
    "supported_units": 1,
    "target_level": "control"
  }
]

result.json 中的证据位置：

/cell_support/2

需要关注 BL-CELL-002

单个供体占据了较高比例的细胞 · Hepatocyte / regeneration

检查采样和供体贡献，不要据此自动删除供体。

查看具体证据

[
  {
    "cell_type": "Hepatocyte",
    "cells": 220,
    "dominance_threshold": 0.6,
    "eligible_units": 3,
    "largest_unit_share": 0.9090909090909091,
    "min_cells": 20,
    "min_units": 3,
    "observed_units": 3,
    "supported_units": 1,
    "target_level": "regeneration"
  }
]

result.json 中的证据位置：

/cell_support/3

需要关注 BL-COVER-001

部分条件与批次组合没有样本

检查分配覆盖；空组合本身不等于指定比较不可估计。

查看具体证据

[
  [
    {
      "batch_level": "B1",
      "batch_variable": "batch",
      "samples": 3,
      "target_level": "control",
      "units": 3
    },
    {
      "batch_level": "B2",
      "batch_variable": "batch",
      "samples": 0,
      "target_level": "control",
      "units": 0
    },
    {
      "batch_level": "B1",
      "batch_variable": "batch",
      "samples": 0,
      "target_level": "regeneration",
      "units": 0
    },
    {
      "batch_level": "B2",
      "batch_variable": "batch",
      "samples": 3,
      "target_level": "regeneration",
      "units": 3
    }
  ]
]

result.json 中的证据位置：

/coverage

需要关注 BL-DESIGN-001

设计矩阵存在冗余列

检查依赖关系及每个具体比较。矩阵秩亏不等于所有比较不可估计，不要直接删除批次变量。

查看具体证据

[
  [
    [
      -0.0,
      1.0,
      -1.0
    ]
  ]
]

result.json 中的证据位置：

/matrix_diagnostics/dependencies

条件 × 批次分配

分别统计样本数与独立声明单位数。空组合本身不等于指定比较不可估计。

批次变量	批次	条件	样本	单位
batch	B1	control	3	3
batch	B2	control	0	0
batch	B1	regeneration	0	0
batch	B2	regeneration	3	3

细胞类型内的供体覆盖

在每个条件、细胞类型内合并同一供体的样本计数。阈值用于提示复核，不是功效检验；没有拟合亚组模型。

最少供体数: 3每供体最少细胞数: 20占比阈值: 60%

细胞类型	条件	细胞数	样本表中的供体	观测供体	达到阈值的供体	最高供体占比
Endothelial	control	120	3	3	3	33.3%
Endothelial	regeneration	120	3	3	3	33.3%
Hepatocyte	control	220	3	3	1	90.9%
Hepatocyte	regeneration	220	3	3	1	90.9%
Kupffer	control	120	3	3	3	33.3%
Kupffer	regeneration	120	3	3	3	33.3%

实验单位与重复结构

重复样本和更多细胞不会增加独立实验单位。

单位别名	样本数	条件
unit-0001	1	control
unit-0002	1	control
unit-0003	1	control
unit-0004	1	regeneration
unit-0005	1	regeneration
unit-0006	1	regeneration

细胞类型 / 区域汇总

注释类别	标签	条件	细胞 / 点位	样本	单位
cell_type	Endothelial	control	120	3	3
cell_type	Endothelial	regeneration	120	3	3
cell_type	Hepatocyte	control	220	3	3
cell_type	Hepatocyte	regeneration	220	3	3
cell_type	Kupffer	control	120	3	3
cell_type	Kupffer	regeneration	120	3	3

声明模型与数值证据

Intercept + condition + batch

秩 2 / 3 列 · 6 设计行 · 剩余行自由度 4

变量编码与列依赖

序号	变量	水平 / 类型
0	Intercept	intercept
1	condition	regeneration
2	batch	B2

每个依赖向量对应上述列顺序，并满足 Xv ≈ 0。对每个比较分别检查其是否位于行空间。

[[-0.0, 1.0, -1.0]]

秩容差: 4.2638060825584685e-15

selected-comparison: 残差 0.7071067811865474 / 容差 1e-10

快速检查与高级模式使用同一个比较检查引擎，仅转换已确认的列。

输入映射与来源指纹

{
  "cell_id_uniqueness": "checked",
  "column_mapping": {
    "batch": "batch",
    "cell_id": "cell_id",
    "cell_type": "cell_type",
    "sample": "sample",
    "target": "condition",
    "timepoint": null,
    "unit": "donor"
  },
  "mode": "quick",
  "rows": 920,
  "source_sha256": "24dd5c13d4c8688c847206e9fda8e0840def886a359452a6e33033a51ae9ba6a"
}

完整设计配置

{
  "adjust_for": [
    "batch"
  ],
  "cell_coverage": {
    "dominance": 0.6,
    "min_cells": 20,
    "min_units": 3
  },
  "contrasts": [
    {
      "denominator": "control",
      "id": "selected-comparison",
      "numerator": "regeneration"
    }
  ],
  "design_mode": "independent",
  "sample_id": "sample_id",
  "schema_version": "1.0",
  "target": "condition",
  "unit_id": "unit_id",
  "variables": {
    "batch": {
      "levels": [
        "B1",
        "B2"
      ],
      "reference": "B1",
      "role": "batch",
      "type": "categorical"
    },
    "condition": {
      "levels": [
        "control",
        "regeneration"
      ],
      "reference": "control",
      "role": "target",
      "type": "categorical"
    }
  }
}