*.xlsx
*.docx
*.doc
*.pdf
*.png
*.csv
*.parquet
*.feather

*.*_cache

.snakemake/**
.snakemake/


# Python
__pycache__/
*.py[cod]
*$py.class
*.so
.Python
build/
develop-eggs/
dist/
downloads/
eggs/
.eggs/
lib/
lib64/
parts/
sdist/
var/
wheels/
*.egg-info/
.installed.cfg
*.egg

# 虚拟环境
venv/
env/
ENV/
.venv

# Jupyter Notebook
.ipynb_checkpoints
*.ipynb_checkpoints/

# IDE
.vscode/
.idea/
*.swp
*.swo
*~

# 数据文件（根据实际情况调整）
# data/raw/*.csv
# data/processed/*.csv
# data/derived/*.csv
# 注意：中间过程数据（data/intermediate/）已纳入版本控制
# 因为数据量较小（几百行），便于完整记录处理过程

# 结果文件（可选，根据需要调整）
# results/**/*.png
# results/**/*.csv
# results/**/*.json

# 日志文件
*.log
logs/

# 系统文件
.DS_Store
Thumbs.db

# 临时文件
*.tmp
*.temp

# R 环境
.Rhistory
.RData
.Ruserdata
renv/
packrat/
*.Rproj
.Rproj.user/

# 研究资料（通常文件较大，建议排除）
resources/papers/*.pdf
resources/scales/*.pdf
resources/scales/*.docx
resources/images/*.png
resources/images/*.jpg
resources/images/*.pdf
resources/misc/*.pdf
resources/misc/*.docx
# 但保留 README 和 .gitkeep 文件
!resources/**/README.md
!resources/**/.gitkeep

