脑网络工具目录

检索日期：2026-09-10。按官方页面和作者仓库整理；此表不代表所有工具均已安装验证。许可字段以锁定版本的实际 LICENSE 为准，附带组件、图谱、数据分别核查。仅 phase 标为核心的组件进入首版依赖。

分析界面

项目 用途 许可核查 接入安排
CONN fMRI连接完整流程 MIT 参考
DPABI / DPARSF / DPABISurf 体积与表面处理、统计 LGPL-2.1; bundled modules separately 格式兼容
GRETNA 脑图构建及指标 GPL; version verify 参考
GraphVar 图统计与机器学习GUI GPL; version verify 参考
BRAPH 2 图、多层网络、学习GUI Custom; redistribution/integration restricted 仅功能参考
BrainNetClass 脑网络构建分类 Not confirmed 研究目录
GIFT ICA与动态功能连接 Distribution license requires verification 后续
BrainVoyager 商业影像分析GUI Proprietary 仅功能参考

可视化与平台

项目 用途 许可核查 接入安排
BrainNet Viewer 脑表面节点和连接 GPL-3.0 导出兼容
Surf Ice 脑表面绘图 BSD style 后续
brainGL 桌面脑图形 MIT 参考
Workbench CIfTI/GIfTI表面与体积 GPL-2.0 后续
FSLeyes MRI本地查看 Apache-2.0 后续
3D Slicer 医学影像桌面 Slicer BSD style 后续
MRtrix3 扩散和结构连接 MPL-2.0 后续
NiiVue 网页解剖查看 BSD-2-Clause 核心网页
BrainBrowser 网页脑影像 AGPL-3.0 备选
Papaya 网页切片查看 BSD style; nonclinical notice 备选
vtk.js 通用三维浏览器渲染 BSD-3-Clause 备选
Cytoscape.js 普通图交互与布局 MIT 备选
Plotly.js FC热图与统计图 MIT 核心网页
brainlife 网页上传、计算、溯源 Warehouse MIT; Apps separate 架构参考
CBRAIN 机构HPC网页平台 GPL-3.0 后续
Neurodesk 容器神经影像桌面 MIT; tools separate 部署参考
NeuroVault 统计图分享 MIT; datasets separate 后续

图与超图

项目 用途 许可核查 接入安排
Nilearn 时序/连接/脑图 BSD-3-Clause 核心
NiBabel 影像格式 MIT 核心依赖
NetworkX 普通图 BSD-3-Clause 核心
python-igraph 高性能图计算 GPL-2.0 备选
bctpy BCT脑图指标 GPL-3.0+ 参考/可选
brainconn 脑图指标 GPL-3.0+; no longer actively maintained 历史参考
netneurotools 脑网络统计和零模型 BSD-3-Clause 后续
NBS 队列连接成分置换检验 GPL; version verify 后续
BrainSpace 连接梯度 BSD-3-Clause 后续
BrainStat 脑空间统计 BSD-3-Clause; bundled terms separate 后续
neuromaps 空间映射与注释 CC-BY-NC-SA-4.0 许可受限可选
XGI 原生超图结构/统计 BSD-3-Clause 核心
HyperNetX 属性超图与HIF BSD-3-Clause 后续
Hypergraphx 高阶模体/时间多层超图 BSD-3-Clause 后续
TopoNetX 单纯/胞腔/组合复形 MIT 后续
TopoEmbedX 高阶结构嵌入 MIT 后续
GUDHI 持久同调 Current master MIT; pin release/submodules 后续
ripser.py 持久同调 MIT 后续
giotto-tda 拓扑学习流程 AGPL-3.0 可选
hoi 高阶信息估计 BSD-3-Clause 后续
THOI Gaussian-copula高阶信息 MIT 后续
IDTxl 信息流网络估计 GPL-3.0 可选
JIDT 信息动力学 GPL-3.0 可选
HOI-Lenses 多框架高阶脑功能比较作者代码 Not confirmed 研究目录

后续学习模型

项目 用途 许可核查 接入安排
PyG 图与HypergraphConv MIT 后续优先
DGL 图学习框架 Apache-2.0 备选
DeepHypergraph HGNN/HGNN+/HyperGCN/UniGNN Apache-2.0 后续
TopoModelX 拓扑神经网络 MIT 后续
BrainGB 脑网络学习基准；BrainNN是内部模块 MIT 后续
NeuroGraph 静态/动态图基准 MIT 后续
NeuroSTORM 多类脑影像学习输入 Apache-2.0 LICENSE; README discrepancy 后续
BrainGNN ROI-aware图模型 Not confirmed 研究目录
Brain Network Transformer 脑网络Transformer MIT 后续
FBNetGen 时序可学习构图 Not confirmed 研究目录
BrainNetCNN 矩阵卷积 CC-BY-NC-SA-4.0 许可受限可选
RethinkingBCA 传统及图模型比较 Not confirmed 研究目录
HGST ROI超图；ADHD/MDD Research/education only 许可受限可选
HUNet 受试者群体超图 MIT 后续
HCAE 形态ROI多视图超图 MIT per README 研究目录
junifer 预处理影像特征提取 Verify pinned release 后续
julearn 规范机器学习 Verify pinned release 后续
PHOTONAI 机器学习流程 Verify pinned release 后续
CPM 连接组预测 Not confirmed 研究目录

原始影像处理

项目 用途 许可核查 接入安排
BIDS Validator 数据规范校验 MIT 后续
PyBIDS BIDS索引 MIT 后续
dcm2niix DICOM转NIfTI BSD/MIT/public-domain components 后续
Clinica ADNI/OASIS转换 MIT 后续
MRIQC 影像质量控制 Apache-2.0 后续
fMRIPrep BIDS预处理 Apache-2.0; dependencies separate 后续
XCP-D 去噪和ROI/FC衍生物 BSD-3-Clause 后续
C-PAC 连接组处理 LGPL-3.0-or-later 后续
AFNI EPI处理及QC Mixed public-domain/CC-BY/third-party 后续
FSL 影像分析组件 Noncommercial/custom; components differ 许可分别处理
FreeSurfer 皮层重建 Custom 后续
ANTs 配准 Apache-2.0 后续
Nipype 工作流接口 Apache-2.0 后续
Pydra 工作流执行 Apache-2.0 后续
ADNI_fMRI_protocol ADNI GO/2/3处理流程 GPL-3.0 研究目录

四病数据来源

ADNI 是队列名称。个体级数据和衍生物依各自协议使用，不随工具再分发。ROI超图、受试者群体超图、形态网络与fMRI网络须分别记录；超图表征不自动证明不可约高阶关系。