tree_sholl — GRAPH tree op

• 데이터 종류: table → table

• 호출: import fullseye as fs; fs.ledger.tree_sholl(tree, radii=None, n_radii=50, plane=None, center=None)(구현을 직접 호출하려면 import treemorph; treemorph.tree_sholl(tree, radii=None, n_radii=50, plane=None, center=None), 원장에서 가져오려면 opsgraph.get("tree_sholl"))

사용법

> 이 연산자의 설명은 아직 번역이 없습니다. 원문을 그대로 싣습니다.

Sholl analysis: segments crossing spheres (3-D) or circles (a projection) around the root.

`radii are the shell radii (ascending, positive); if omitted, n_radii` shells at

the mid-points of equal steps up to the largest distance from the centre (never exactly

on a node's distance). A shell passing exactly through a node is ambiguous under

rounding — a rotation may move that node by one ulp to either side. `plane=None` measures in 3-D;

`plane="xy" | "xz" | "yz"` drops the third axis first — what a single image sees.

`center` defaults to the root position.

A segment (parent-child) crosses radius `r` when its end points lie strictly on

opposite sides of `r (the endpoint rule). Returns radii, crossings` (int array),

`max_crossings, radius_at_max and integral` — the exact area under the whole

continuous Sholl curve, computed from the segments' intervals (independent of where

the shells are placed).

Identities: in 3-D the crossings are invariant, integer for integer, under any rotation

about the centre; and `integral equals sum |d_child - d_parent|` (the tests also

check that the mid-point sum of the sampled crossings converges to it — a second

implementation).

Raises `ValueError: not a tree table; plane` not one of None/xy/xz/yz;

radii not 1-D, not finite, not positive or not strictly increasing; `n_radii < 1`.

참고(샘플 데이터·문헌)

• 샘플 데이터 카탈로그(DL URL / 라이선스) —— 2-D 는 skimage.data(BSD/public)+ 합성, 3-D 는 실데이터 소스(Stanford/PDS 등)의 DL URL.

• 연산자의 내력·참고문헌 —— 이 연산자 족의 바탕이 된 연구/기법의 출처.

• 알고리즘의 정전(저자·연도)과 용도는 위의 패밀리 사용 가이드에 적혀 있습니다.

실행 가능한 예제(이 연산자를 실제로 호출하는 검증된 샘플)

• poc_swc_tree_truth — py -3.11 examples/poc_swc_tree_truth.py

• poc_worm_neurites_grow — py -3.11 examples/poc_worm_neurites_grow.py

타입이 이어지는 다음 연산자(table 를 입력으로 받는 것)

graph_edge_consensus · graph_core_persistence · tree_morphometry · tree_run_length

같은 카테고리(tree)

tree_from_swc · tree_morphometry · tree_run_length

*Provenance: treemorph.py — GRAPH 연산자 레지스트리. 이 op 노트는 tools/opdocs.py md 가 자동 생성합니다(직접 편집하지 마세요).*

© 2026 Kazufumi Furuse — Fullseye operator documentation. Licensed under Apache-2.0.