[<kbd> Ver el codigo fuente de la pagina en GitHub </kbd>](https://github.com/scverse/gget/blob/main/docs/src/es/dependents.md)

# 💡 Usuarios activos de este sitio web

[![Mapa de calor en forma de mapa mundial que muestra el número de usuarios activos del sitio web de gget por país.](https://github.com/lauraluebbert/lauraluebbert/raw/main/gget_user_map.png)](https://github.com/lauraluebbert/lauraluebbert)

Este mapa se actualiza automáticamente todos los días a las 16:00 UTC.

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# ⬇️ Descargas diarias de *gget*

[![Descargas de gget durante el último año.](https://github.com/lauraluebbert/gget_downloads/raw/main/plots/downloads_gget_daily.png)](https://github.com/lauraluebbert/gget_downloads/tree/main)  
Este mapa se actualiza automáticamente todos los domingos a las 23:55 UTC.
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# 🧑‍🤝‍🧑 Programas dependientes
Las siguientes aplicaciones usan *gget*:
- [gget-mcp](https://mcpindex.net/en/mcpserver/longevity-genie-gget-mcp)
  > "Servidor MCP que proporciona un potente conjunto de herramientas de bioinformática para consultas y análisis genómicos, envolviendo la popular librería **gget**."
  - Otras proyectos que utilizan este u otros servidores MCP de `gget`:
    - [https://mcpservers.org/servers/longevity-genie/holy-bio-mcp](https://mcpservers.org/servers/longevity-genie/holy-bio-mcp)
    - [https://biocontext.ai](https://biocontext.ai/registry/longevity-genie/gget-mcp)
    - [https://mcpmarket.com/zh/tools/skills/gget-bioinformatics-tool](https://mcpmarket.com/zh/tools/skills/gget-bioinformatics-tool)
- [PantheonOS](https://pantheonos.stanford.edu/)  
  Un sistema evolutivo de agentes biológicos multiagente diseñado para conciliar la generalidad con la especificidad de dominio, desarrollado en Stanford.  
  > "Acceso a bases de datos: utilizando las habilidades de **gget**, iSeq y cellxgene para acceder a una variedad de bases de datos, incluyendo SRA, GEO, Ensembl, UniProt, UCSC, Enrichr y CZI cellxgene."
- [Biomni](https://biomni.stanford.edu/environment)  
  Un agente de inteligencia artificial biomédica de propósito general que se está desarrollando en Stanford y Genentech.
- [SCIENCECLAW + INFINITE](https://arxiv.org/pdf/2603.14312)  
  Un marco para investigación científica autónoma desarrollado en MIT.  
  > "Las herramientas se agrupan en familias como literatura [...], genómica (biopython, **gget**) y aprendizaje automático (rdkit, pymol)."
- [PerTurboAgent](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.25.656020v1)  
  Un agente de auto-planificación para potenciar experimentos secuenciales de Perturb-seq.  
  > "Nosotros [...] usamos los paquetes **gget** y blitzgsea para análisis de enriquecimiento de datos"
- [Habilidades científicas para Claude](https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills), desarrolladas por K-Dense-AI
  > " Este repositorio contiene 138 habilidades científicas organizadas en múltiples dominios. Cada habilidad proporciona documentación completa, ejemplos de código y mejores prácticas para trabajar con librerías científicas, bases de datos y herramientas.  
  > 🧬 Bioinformática y Genómica  
  > Herramientas genómicas: **gget**, ..."
- [Therapeutics Data Commons (TDC)](https://tdcommons.ai/)  
  Base de inteligencia artificial para la ciencia terapéutica ([código fuente](https://github.com/mims-harvard/TDC), [artículo en Nat Chem Bio](https://www.nature.com/articles/s41589-022-01131-2)) del laboratorio de Inteligencia Artificial para Medicina y Ciencia de Harvard.
- [BioDiscoveryAgent](https://github.com/snap-stanford/BioDiscoveryAgent)  
  BioDiscoveryAgent es un agente de IA basado en modelos de lenguaje para el diseño en bucle cerrado de experimentos de perturbación genética ([preprint](https://arxiv.org/abs/2405.17631)) del Proyecto de Análisis de Redes de Stanford.
- [DeepChopper](https://ylab-hi.github.io/DeepChopper/)  
  Modelos de lenguaje para identificar lecturas artificiales quiméricas en datos de secuenciación directa de ARN de NanoPore por el laboratorio de Yang en Northwestern.
- [BRAD](https://github.com/Jpickard1/BRAD)  
  Un chatbot impulsado por un modelo de lenguaje para bioinformática ([documentación](https://brad-bioinformatics-retrieval-augmented-data.readthedocs.io/en/latest/index.html), [página principal del proyecto](https://brad-bioinformatics-retrieval-augmented-data.readthedocs.io/_/downloads/en/latest/pdf/)).
- [scPRINT](https://www.jkobject.com/scPRINT/)  
  scPRINT es un modelo transformer grande diseñado para inferir redes génicas (conexiones entre genes que explican el perfil de expresión de la célula) a partir de datos de scRNAseq ([preprint](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.29.605556v1)).
- [AnoPrimer](https://sanjaynagi.github.io/AnoPrimer/landing-page.html)  
  AnoPrimer es un paquete de Python para el diseño de cebadores en *An. gambiae* y *An. funestus*, teniendo en cuenta la variación genética en especímenes de genomas completos secuenciados de la naturaleza en datos de malariagen.
- [AvaTaR](https://github.com/zou-group/avatar)  
  Optimización de Agentes de LLM para Recuperación de Conocimiento Asistida por Herramientas (NeurIPS 2024) por el laboratorio de James Zou en la Universidad de Stanford.
- [GRLDrugProp](https://github.com/Madscba/GRLDrugProp)  
  Aprendizaje de representación de grafos para modelar propiedades de fármacos.
- [MicrobioLink2](https://github.com/korcsmarosgroup/MicrobioLink2)  
  Analiza el impacto de la interacción huésped-microbio en la señalización posterior en células y tejidos humanos.  
- Implementación en Rust de gget: [https://github.com/noamteyssier/ggetrs](https://github.com/noamteyssier/ggetrs)
- [https://github.com/Superbio-ai/getbio](https://github.com/Superbio-ai/getbio)
- [https://github.com/yonniejon/AchillesPrediction](https://github.com/yonniejon/AchillesPrediction)
- [https://github.com/ELELAB/cancermuts](https://github.com/ELELAB/cancermuts)
- [https://github.com/Benoitdw/SNPrimer](https://github.com/Benoitdw/SNPrimer)
- [https://github.com/louisjoecodes/a16z-hackathon-project](https://github.com/louisjoecodes/a16z-hackathon-project)
- [https://github.com/EvX57/BACE1-Drug-Discovery](https://github.com/EvX57/BACE1-Drug-Discovery)
- [https://github.com/vecerkovakaterina/hidden-genes-msc](https://github.com/vecerkovakaterina/hidden-genes-msc)
- [https://github.com/vecerkovakaterina/llm_bioinfo_agent](https://github.com/vecerkovakaterina/llm_bioinfo_agent)
- [https://github.com/greedjar74/upstage_AI_Lab](https://github.com/greedjar74/upstage_AI_Lab)
- [https://github.com/alphavector/all](https://github.com/alphavector/all)

Ver también: [https://github.com/scverse/gget/network/dependents](https://github.com/scverse/gget/network/dependents)

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# 📃 Publicaciones selectas que usan `gget`
- Macrina Lobo et al., [Resolving thyroid lineage cell trajectories merging into a dual endocrine
2 gland in mammals.](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.03.11.710917v1.full.pdf) *bioRxiv* (2026). DOI: 10.64898/2026.03.11.710917
  > "El análisis de enriquecimiento de genes expresados diferencialmente [...] se realizó utilizando **gget enrichr**"
- David Bradley et al., [The fitness cost of spurious phosphorylation.](https://doi.org/10.1038/s44318-024-00200-7) *The EMBO Journal* (2024). DOI: 10.1038/s44318-024-00200-7
  > "Los fosfositios que coinciden con motivos lineales cortos putativos (SLiMs) fueron extraídos usando el recurso **gget elm**"
- Mikael Nilsson et al., [Resolving thyroid lineage cell trajectories merging into a dual endocrine gland in mammals.](https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-5278325/v1) *Nature Portfolio (en revisión)* (2024). DOI: 10.21203/rs.3.rs-5278325/v1
  > "El análisis de enriquecimiento de genes expresados diferencialmente [...] se realizó utilizando **gget enrichr**"
- Avasthi P et al., [Repeat expansions associated with human disease are present in diverse organisms.](https://doi.org/10.57844/arcadia-e367-8b55) *Arcadia* (2024). DOI: 10.57844/arcadia-e367-8b55
  > "Utilizamos el paquete gget usando el comando **gget.blast** [...] para hacer BLAST de nuestras proteínas de interés contra la base de datos de proteínas no redundante de NCBI"
- Ibrahim Al Rayyes et al., [Single-Cell Transcriptomics Reveals the Molecular Logic Underlying Ca2+ Signaling Diversity in Human and Mouse Brain.](https://doi.org/10.1101/2024.04.26.591400) *bioRxiv* (2024). DOI: 10.1101/2024.04.26.591400
  > "El paquete **gget** fue utilizado para realizar los análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes con las bases de datos Reactome_2022 y KEGG_2021_Mouse."
- Beatriz Beamud et al., [Genetic determinants of host tropism in Klebsiella phages.](https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.112048) *Cell Reports* (2023). DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112048
  > "Las proteínas con actividad aparentemente enzimática se confirmó que tenían el dominio β-helicoidal característico usando **gget AlphaFold2**"
- Kimberly Siletti et al., [Transcriptomic diversity of cell types across the adult human brain.](https://doi.org/10.1126/science.add7046) *Science* (2023). DOI: 10.1126/science.add7046
  > "El paquete **gget** (https://github.com/scverse/gget) fue utilizado para realizar todo el análisis de enriquecimiento de ontología génica"
- David R. Blair & Neil Risch. [Dissecting the Reduced Penetrance of Putative Loss-of-Function Variants in Population-Scale Biobanks.](https://doi.org/10.1101/2024.09.23.24314008) *medRxiv* (2024). DOI: 10.1101/2024.09.23.24314008
  > "Información adicional de genes y transcritos (límites exón-intrón, UTR 5' y 3', secuencias de codificación completa y de aminoácidos) se descargó usando **gget**"
- Shanmugampillai Jeyarajaguru Kabilan et al., [Molecular modelling approaches for the identification of potent Sodium-Glucose Cotransporter 2 inhibitors from Boerhavia diffusa for the potential treatment of chronic kidney disease.](https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-4520611/v1) *Journal of Computer-Aided Molecular Design (en revisión)* (2024). DOI: 10.21203/rs.3.rs-4520611/v1
- Joseph M Rich et al., [The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis.](https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11014608/#:~:text=10.1101/2024.04.04.588111) *bioRxiv* (2024). DOI: 10.1101/2024.04.04.588111
- Sanjay C. Nagi et al., [AnoPrimer: Primer Design in malaria vectors informed by range-wide genomic variation.](https://wellcomeopenresearch.org/articles/9-255/v1) *Wellcome Open Research* (2024).
- Yasmin Makki Mohialden et al., [A survey of the most recent Python packages for use in biology.](http://dx.doi.org/10.48047/NQ.2023.21.2.NQ23029) *NeuroQuantology* (2023). DOI: 10.48047/NQ.2023.21.2.NQ23029
- Nicola A. Kearns et al., [Generation and molecular characterization of human pluripotent stem cell-derived pharyngeal foregut endoderm.](https://doi.org/10.1016/j.devcel.2023.08.024) *Cell Reports* (2023). DOI: 10.1016/j.devcel.2023.08.024
- Jonathan Rosenski et al., [Predicting gene knockout effects from expression data.](https://link.springer.com/article/10.1186/s12920-023-01446-6) *BMC Medical Genomics* (2023). DOI: 10.1186/s12920-023-01446-6
- Peter Overby et al., [Pharmacological or genetic inhibition of Scn9a protects beta-cells while reducing insulin secretion in type 1 diabetes.](https://doi.org/10.1101/2023.06.11.544521) *bioRxiv* (2023). DOI: 10.1101/2023.06.11.544521
- Mingze Dong et al., [Deep identifiable modeling of single-cell atlases enables zero-shot query of cellular states.](https://doi.org/10.1101/2023.11.11.566161) *bioRxiv* (2023). DOI: 10.1101/2023.11.11.566161

Ver también: [Google Scholar](https://scholar.google.com/scholar?oi=bibs&hl=en&cites=16153159346512067296,12232900429638659102)
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# 📰 `gget` en las noticias
- [Oreate AI publicación de blog](https://www.oreateai.com/blog/exploring-alphafold2-a-guide-to-github-repositories-and-colab-resources/e9a4355bf08a6cdfe061cb93d3ff61dd): "Exploring AlphaFold2: A Guide to GitHub Repositories and Colab Resources"
- [`gget opentargets` publicación de la plataforma Open Targets](https://blog.opentargets.org/case-study-gget/)
- Documental corto sobre *gget*: [https://youtu.be/cVR0k6Mt97o](https://youtu.be/cVR0k6Mt97o)
- Episodio de podcast para el Prototype Fund Public Interest Podcast sobre la importancia del software de código abierto y su papel en la investigación académica (en alemán): [https://public-interest-podcast.podigee.io/33-pips4e4](https://public-interest-podcast.podigee.io/33-pips4e4)
- Anuncio del Prototype Fund: [https://prototypefund.de/project/gget-genomische-datenbanken](https://prototypefund.de/project/gget-genomische-datenbanken/)

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# 🚂 Tráfico del [repositorio de código de gget](https://github.com/scverse/gget/)
![Gráficos que muestran los clones y las vistas acumuladas del repositorio gget de GitHub.](https://raw.githubusercontent.com/scverse/gget/traffic/plots/gget_cumulative_clones_views.png)
Se actualiza automáticamente cada semana los domingos a las 23:55 (UTC).
