# 1. 忽略所有文件和文件夹
*

# 2. 不忽略文件夹（必须，否则 Git 无法进入子目录寻找白名单文件）
!*$/
!**/

# 3. 白名单：允许追踪的后缀与文件
!**/*.nf
!**/*.py
!**/*.config
!**/*.sh
!**/samp*.csv
!**/*.lst
!**/*.ts
!**/*.js
!**/*.toml
!**/*.yml
!**/*.yaml
!**/*.json
!**/*.lock
!**/*.png
!**/*.svg
!**/*.txt
!tests_data/*.bed
!**/.env*
!**/Dockerfile
!**/.gitignore
!**/*.md
!.aiguard_patches
!**/*meta*tsv
!**/*meta*csv
**/.git/

# 4. 显式排除特定的依赖与缓存文件夹（覆盖前面的白名单）
*.log
.nextflow.log*
_site/
.sass-cache/
node_modules/
.nextflow/
__pycache__/
.venv/
venv/
dist/
build/
.pixi/
.pixi-cache/
.mamba-root/
.hf_home/
.ruff_cache/
.pytest_cache/
src/peak2anno/_version.py
.codex/
.agents/
