LICENSE
README.md
pyproject.toml
muode/__init__.py
muode/annotate.py
muode/antagonism.py
muode/antibiotic.py
muode/bile.py
muode/calibrate.py
muode/cli.py
muode/comets.py
muode/community.py
muode/config.py
muode/density.py
muode/dfba.py
muode/diet.py
muode/ecology.py
muode/environment.py
muode/enzyme.py
muode/eukaryote_draft.py
muode/examples.py
muode/external.py
muode/gapfill.py
muode/inject.py
muode/io_utils.py
muode/kinetics.py
muode/lifecycle.py
muode/markers.py
muode/media.py
muode/organism.py
muode/oxygen.py
muode/perturb.py
muode/ph.py
muode/phage.py
muode/predict.py
muode/provenance.py
muode/qc.py
muode/reconstruct.py
muode/report.py
muode/secretion.py
muode/spatial.py
muode/subsample.py
muode/traits.py
muode/validate.py
muode/viz.py
muode.egg-info/PKG-INFO
muode.egg-info/SOURCES.txt
muode.egg-info/dependency_links.txt
muode.egg-info/entry_points.txt
muode.egg-info/requires.txt
muode.egg-info/top_level.txt
muode/data/diets/dm38.csv
muode/data/diets/dm38_modelseed.csv
muode/data/diets/western_gut.csv
tests/test_abundance_profile.py
tests/test_annotate.py
tests/test_benchmark_clark2021.py
tests/test_benchmark_genomes.py
tests/test_calibrate.py
tests/test_cobra_backend.py
tests/test_comets_export.py
tests/test_density.py
tests/test_diet.py
tests/test_diet_carbon_budget.py
tests/test_diet_flux_bounds.py
tests/test_diet_not_food.py
tests/test_diet_provenance.py
tests/test_dm38_bounds.py
tests/test_ecology.py
tests/test_engine.py
tests/test_environment.py
tests/test_enzyme_pool.py
tests/test_eukaryote_reconstruct.py
tests/test_example_genome_scale.py
tests/test_fmt_scenario.py
tests/test_inject.py
tests/test_kinetics_refine.py
tests/test_media.py
tests/test_multikingdom_demo.py
tests/test_multikingdom_harmonize.py
tests/test_mumax.py
tests/test_no_growth_diagnosis.py
tests/test_nutrient_sensitivity.py
tests/test_oxygen.py
tests/test_parallel.py
tests/test_phage.py
tests/test_provenance.py
tests/test_qc_growth_ceiling.py
tests/test_reconstruct.py
tests/test_report.py
tests/test_secretion.py
tests/test_spatial.py
tests/test_spatial_parallel.py
tests/test_strain_competition_demo.py
tests/test_traits.py
tests/test_units.py
tests/test_validation.py