LICENSE
README.md
pyproject.toml
rectify/__init__.py
rectify/__main__.py
rectify/cli.py
rectify/config.py
rectify/slurm.py
rectify/core/__init__.py
rectify/core/ag_mispriming.py
rectify/core/analyze_command.py
rectify/core/atract_detector.py
rectify/core/bam_processor.py
rectify/core/correct_command.py
rectify/core/export_command.py
rectify/core/indel_corrector.py
rectify/core/netseq_refiner.py
rectify/core/polya_model.py
rectify/core/polya_trimmer.py
rectify/core/preprocess.py
rectify/core/processing_stats.py
rectify/core/run_command.py
rectify/core/spikein_filter.py
rectify/core/train_polya_command.py
rectify/core/validate_command.py
rectify/core/analyze/__init__.py
rectify/core/analyze/clustering.py
rectify/core/analyze/deconvolution.py
rectify/core/analyze/deseq2.py
rectify/core/analyze/go_enrichment.py
rectify/core/analyze/heatmap.py
rectify/core/analyze/motif_discovery.py
rectify/core/analyze/pca.py
rectify/core/analyze/shift_analysis.py
rectify/core/analyze/summary.py
rectify/data/__init__.py
rectify/data/saccharomyces_cerevisiae_netseq_pan.tsv.gz
rectify/data/saccharomyces_cerevisiae_netseq_wt.tsv.gz
rectify/data/genomes/saccharomyces_cerevisiae/S288C_reference_sequence_R64-5-1_20240529.fsa.gz
rectify/data/genomes/saccharomyces_cerevisiae/go_annotations.tsv.gz
rectify/data/genomes/saccharomyces_cerevisiae/saccharomyces_cerevisiae_R64-5-1_20240529.gff.gz
rectify/data/motif_databases/scerevisiae_tf_motifs.meme
rectify/utils/__init__.py
rectify/utils/alignment.py
rectify/utils/chromosome.py
rectify/utils/genome.py
rectify/utils/stats.py
rectify_rna.egg-info/PKG-INFO
rectify_rna.egg-info/SOURCES.txt
rectify_rna.egg-info/dependency_links.txt
rectify_rna.egg-info/entry_points.txt
rectify_rna.egg-info/requires.txt
rectify_rna.egg-info/top_level.txt
tests/test_ag_mispriming.py
tests/test_analyze.py
tests/test_atract.py
tests/test_config.py
tests/test_indel_correction.py
tests/test_netseq_refiner.py
tests/test_parallel_processing.py
tests/test_polya_trimming.py
tests/test_slurm.py