CHANGELOG.md
LICENSE
README.md
pyproject.toml
opendde/__init__.py
opendde/version.py
opendde/config/__init__.py
opendde/config/config.py
opendde/config/data.py
opendde/config/dependency_url.py
opendde/config/extend_types.py
opendde/config/inference.py
opendde/config/inference_defaults.py
opendde/config/model_base.py
opendde/config/model_manifest.json
opendde/config/model_manifest.py
opendde/config/model_registry.py
opendde/config/schema.py
opendde/data/__init__.py
opendde/data/constants.py
opendde/data/tokenizer.py
opendde/data/utils.py
opendde/data/core/__init__.py
opendde/data/core/ccd.py
opendde/data/core/featurizer.py
opendde/data/core/filter.py
opendde/data/core/parser.py
opendde/data/core/substructure_perms.py
opendde/data/inference/__init__.py
opendde/data/inference/infer_dataloader.py
opendde/data/inference/input_validation.py
opendde/data/inference/json_maker.py
opendde/data/inference/json_parser.py
opendde/data/inference/json_to_feature.py
opendde/data/msa/__init__.py
opendde/data/msa/msa_featurizer.py
opendde/data/msa/msa_service_client.py
opendde/data/msa/msa_utils.py
opendde/data/template/__init__.py
opendde/data/template/template_featurizer.py
opendde/data/template/template_parser.py
opendde/data/template/template_utils.py
opendde/data/tools/__init__.py
opendde/data/tools/common.py
opendde/data/tools/kalign.py
opendde/data/tools/logger.py
opendde/data/tools/rewrite_biotite.py
opendde/data/tools/search.py
opendde/metrics/__init__.py
opendde/metrics/clash.py
opendde/model/__init__.py
opendde/model/checkpoint.py
opendde/model/confidence.py
opendde/model/diffusion.py
opendde/model/embedders.py
opendde/model/generator.py
opendde/model/head.py
opendde/model/msa_sampling.py
opendde/model/opendde.py
opendde/model/pairformer.py
opendde/model/primitives.py
opendde/model/sample_confidence.py
opendde/model/shape_complementarity.py
opendde/model/structural_tokens.py
opendde/model/transformer.py
opendde/model/triangular.py
opendde/model/utils.py
opendde/utils/__init__.py
opendde/utils/download.py
opendde/utils/environment.py
opendde/utils/file_io.py
opendde/utils/geometry.py
opendde/utils/logger.py
opendde/utils/logging_config.py
opendde/utils/seed.py
opendde_mlx.egg-info/PKG-INFO
opendde_mlx.egg-info/SOURCES.txt
opendde_mlx.egg-info/dependency_links.txt
opendde_mlx.egg-info/entry_points.txt
opendde_mlx.egg-info/requires.txt
opendde_mlx.egg-info/top_level.txt
runner/__init__.py
runner/batch_inference.py
runner/cli.py
runner/dumper.py
runner/inference.py
runner/msa_search.py
runner/rna_msa_search.py
runner/template_search.py