Stan Math Library  2.9.0
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cov_matrix_free.hpp
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1 #ifndef STAN_MATH_PRIM_MAT_FUN_COV_MATRIX_FREE_HPP
2 #define STAN_MATH_PRIM_MAT_FUN_COV_MATRIX_FREE_HPP
3 
6 #include <cmath>
7 #include <stdexcept>
8 
9 namespace stan {
10 
11  namespace math {
12 
35  template <typename T>
36  Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1>
37  cov_matrix_free(const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& y) {
38  using std::log;
39  int K = y.rows();
40  if (y.cols() != K)
41  throw std::domain_error("y is not a square matrix");
42  if (K == 0)
43  throw std::domain_error("y has no elements");
44  for (int k = 0; k < K; ++k)
45  if (!(y(k, k) > 0.0))
46  throw std::domain_error("y has non-positive diagonal");
47  Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, 1> x((K * (K + 1)) / 2);
48  // FIXME: see Eigen LDLT for rank-revealing version -- use that
49  // even if less efficient?
50  Eigen::LLT<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> >
51  llt(y.rows());
52  llt.compute(y);
53  Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> L = llt.matrixL();
54  int i = 0;
55  for (int m = 0; m < K; ++m) {
56  for (int n = 0; n < m; ++n)
57  x(i++) = L(m, n);
58  x(i++) = log(L(m, m));
59  }
60  return x;
61  }
62 
63  }
64 
65 }
66 
67 #endif
fvar< T > log(const fvar< T > &x)
Definition: log.hpp:15
void domain_error(const char *function, const char *name, const T &y, const char *msg1, const char *msg2)
Throw a domain error with a consistently formatted message.
Eigen::Matrix< T, Eigen::Dynamic, 1 > cov_matrix_free(const Eigen::Matrix< T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic > &y)
The covariance matrix derived from the symmetric view of the lower-triangular view of the K by K spec...

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