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pyproject.toml
setup.py
src/TCRembedding/__init__.py
src/TCRembedding/version.py
src/TCRembedding/ATMTCR/__init__.py
src/TCRembedding/ATMTCR/attention.py
src/TCRembedding/ATMTCR/data_io_tf.py
src/TCRembedding/ATMTCR/data_loader.py
src/TCRembedding/ATMTCR/data_process.py
src/TCRembedding/ATMTCR/embedding.py
src/TCRembedding/ATMTCR/Data/testdata_ATM-TCR.csv
src/TCRembedding/ATMTCR/Models/original.ckpt
src/TCRembedding/ATMTCR/data/testdata_ATM-TCR.csv
src/TCRembedding/ATMTCR/data/blosum/BLOSUM45
src/TCRembedding/ATMTCR/data/blosum/BLOSUM50
src/TCRembedding/ATMTCR/data/blosum/BLOSUM62
src/TCRembedding/ATMTCR/data/blosum/BLOSUM80
src/TCRembedding/ATMTCR/models/original.ckpt
src/TCRembedding/DeepRC/__init__.py
src/TCRembedding/DeepRC/architectures.py
src/TCRembedding/DeepRC/data_process.py
src/TCRembedding/DeepRC/embedding.py
src/TCRembedding/DeepRC/get_feature.py
src/TCRembedding/DeepRC/Data/testdata_DeepRC.csv
src/TCRembedding/DeepRC/data/testdata_DeepRC.csv
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR.py
src/TCRembedding/DeepTCR/__init__.py
src/TCRembedding/DeepTCR/embedding.py
src/TCRembedding/DeepTCR/Data/McPAS-TCR.csv
src/TCRembedding/DeepTCR/Data/combine_vdj_mcpas.py
src/TCRembedding/DeepTCR/Data/vdj_mcpas.csv
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/DeepTCR.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/__init__.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/functions/Layers.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/functions/__init__.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/functions/act_fun.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/functions/data_processing.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/functions/plot_func.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/functions/utils_s.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/functions/utils_u.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/phenograph/__init__.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/phenograph/bruteforce_nn.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/phenograph/classify.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/phenograph/cluster.py
src/TCRembedding/DeepTCR/DeepTCR/phenograph/core.py
src/TCRembedding/DeepTCR/Test_Model/Data.pkl
src/TCRembedding/DeepTCR/Test_Model/VAE_features.pkl
src/TCRembedding/DeepTCR/Test_Model/beta_features.pkl
src/TCRembedding/DeepTCR/Test_Model/kernel.pkl
src/TCRembedding/DeepTCR/data/McPAS-TCR.csv
src/TCRembedding/DeepTCR/data/combine_vdj_mcpas.py
src/TCRembedding/DeepTCR/data/vdj_mcpas.csv
src/TCRembedding/DeepTCR/encode/Data.pkl
src/TCRembedding/ERGOII/Loader.py
src/TCRembedding/ERGOII/Models.py
src/TCRembedding/ERGOII/Sampler.py
src/TCRembedding/ERGOII/Trainer.py
src/TCRembedding/ERGOII/__init__.py
src/TCRembedding/ERGOII/data_loader.py
src/TCRembedding/ERGOII/embedding.py
src/TCRembedding/ERGOII/merge.py
src/TCRembedding/ERGOII/Data/testdata_ERGO-II.csv
src/TCRembedding/ERGOII/data/testdata_ERGO-II.csv
src/TCRembedding/ESM/__init__.py
src/TCRembedding/ESM/embedding.py
src/TCRembedding/ESM/Data/IEDB_uniqueTCR_top10_filter.fasta
src/TCRembedding/ESM/Data/IEDB_uniqueTCR_top10_filter.tcr
src/TCRembedding/ESM/Data/IEDB_uniqueTCR_top10_filter.tsv
src/TCRembedding/ESM/data/IEDB_uniqueTCR_top10_filter.fasta
src/TCRembedding/ESM/data/IEDB_uniqueTCR_top10_filter.tcr
src/TCRembedding/ESM/data/IEDB_uniqueTCR_top10_filter.tsv
src/TCRembedding/ESM/esm/__init__.py
src/TCRembedding/ESM/esm/axial_attention.py
src/TCRembedding/ESM/esm/constants.py
src/TCRembedding/ESM/esm/data.py
src/TCRembedding/ESM/esm/modules.py
src/TCRembedding/ESM/esm/multihead_attention.py
src/TCRembedding/ESM/esm/pretrained.py
src/TCRembedding/ESM/esm/rotary_embedding.py
src/TCRembedding/ESM/esm/version.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/__init__.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/features.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/gvp_encoder.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/gvp_modules.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/gvp_transformer.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/gvp_transformer_encoder.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/gvp_utils.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/multichain_util.py
src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/transformer_decoder.py
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src/TCRembedding/ESM/esm/inverse_folding/util.py
src/TCRembedding/ESM/esm/model/__init__.py
src/TCRembedding/ESM/esm/model/esm1.py
src/TCRembedding/ESM/esm/model/esm2.py
src/TCRembedding/ESM/esm/model/msa_transformer.py
src/TCRembedding/GIANA/__init__.py
src/TCRembedding/GIANA/embedding.py
src/TCRembedding/GIANA/giana.py
src/TCRembedding/GIANA/Data/testdata_GIANA.csv
src/TCRembedding/GIANA/data/testdata_GIANA.csv
src/TCRembedding/ImRex/__init__.py
src/TCRembedding/ImRex/config.py
src/TCRembedding/ImRex/embedding.py
src/TCRembedding/ImRex/Data/__init__.py
src/TCRembedding/ImRex/Data/control_cdr3_source.py
src/TCRembedding/ImRex/Data/data.py
src/TCRembedding/ImRex/Data/data_source.py
src/TCRembedding/ImRex/Data/ppi_source.py
src/TCRembedding/ImRex/Data/testdata_ImRex.csv
src/TCRembedding/ImRex/Data/vdjdb_source.py
src/TCRembedding/ImRex/bio/__init__.py
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src/TCRembedding/ImRex/bio/peptide.py
src/TCRembedding/ImRex/bio/peptide_feature.py
src/TCRembedding/ImRex/bio/util.py
src/TCRembedding/ImRex/data/__init__.py
src/TCRembedding/ImRex/data/control_cdr3_source.py
src/TCRembedding/ImRex/data/data.py
src/TCRembedding/ImRex/data/data_source.py
src/TCRembedding/ImRex/data/ppi_source.py
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src/TCRembedding/ImRex/data/vdjdb_source.py
src/TCRembedding/ImRex/definitions/__init__.py
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src/TCRembedding/ImRex/embedding/positive_data.csv
src/TCRembedding/ImRex/processing/__init__.py
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src/TCRembedding/ImRex/processing/filter.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/grouped_batch_generator.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/grouper.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/image_generator.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/image_padding.py
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src/TCRembedding/ImRex/processing/joiner.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/labeler.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/negative_sampler.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/padded_batch_generator.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/padded_dataset_generator.py
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src/TCRembedding/ImRex/processing/ppi_lit_generator.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/reverser.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/sampler.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/separated_input_dataset_generator.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/shaped_batch_sampler.py
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src/TCRembedding/ImRex/processing/stream.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/swapper.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/tee.py
src/TCRembedding/ImRex/processing/zipper.py
src/TCRembedding/LuuEtAl/__init__.py
src/TCRembedding/LuuEtAl/embedding.py
src/TCRembedding/LuuEtAl/Data/testdata_Luu_et_al.csv
src/TCRembedding/LuuEtAl/data/testdata_Luu_et_al.csv
src/TCRembedding/NetTCR2_0/__init__.py
src/TCRembedding/NetTCR2_0/embedding.py
src/TCRembedding/NetTCR2_0/Data/testdata_NetTCR-2.0.csv
src/TCRembedding/NetTCR2_0/data/testdata_NetTCR-2.0.csv
src/TCRembedding/SETE/__init__.py
src/TCRembedding/SETE/embedding.py
src/TCRembedding/SETE/Data/testdata_SETE.csv
src/TCRembedding/SETE/data/testdata_SETE.csv
src/TCRembedding/TCRGP/__init__.py
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src/TCRembedding/TCRGP/tcrgp.py
src/TCRembedding/TCRGP/Data/aaindex2.txt
src/TCRembedding/TCRGP/Data/testdata_TCRGP.csv
src/TCRembedding/TCRGP/data/aaindex2.txt
src/TCRembedding/TCRGP/data/testdata_TCRGP.csv
src/TCRembedding/TCRanno/__init__.py
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src/TCRembedding/TCRanno/Data/testdata_TCRanno.csv
src/TCRembedding/TCRanno/data/testdata_TCRanno.csv
src/TCRembedding/TCRpeg/__init__.py
src/TCRembedding/TCRpeg/embedding.py
src/TCRembedding/TCRpeg/Data/testdata_TCRpeg.csv
src/TCRembedding/TCRpeg/data/testdata_TCRpeg.csv
src/TCRembedding/TCRpeg/tcrpeg/TCRpeg.py
src/TCRembedding/TCRpeg/tcrpeg/__init__.py
src/TCRembedding/TCRpeg/tcrpeg/classification.py
src/TCRembedding/TCRpeg/tcrpeg/evaluate.py
src/TCRembedding/TCRpeg/tcrpeg/model.py
src/TCRembedding/TCRpeg/tcrpeg/process_data.py
src/TCRembedding/TCRpeg/tcrpeg/utils.py
src/TCRembedding/TCRpeg/tcrpeg/word2vec.py
src/TCRembedding/TITAN/__init__.py
src/TCRembedding/TITAN/embedding.py
src/TCRembedding/TITAN/Data/testdata_TITAN.csv
src/TCRembedding/TITAN/TITAN_model/model_params.json
src/TCRembedding/TITAN/TITAN_model/protein_language.pkl
src/TCRembedding/TITAN/TITAN_model/token_count.json
src/TCRembedding/TITAN/TITAN_model/tokenizer_config.json
src/TCRembedding/TITAN/TITAN_model/vocab.json
src/TCRembedding/TITAN/data/testdata_TITAN.csv
src/TCRembedding/Word2Vec/KmerHelper.py
src/TCRembedding/Word2Vec/KmerPairModelCreator.py
src/TCRembedding/Word2Vec/SequenceModelCreator.py
src/TCRembedding/Word2Vec/SequenceType.py
src/TCRembedding/Word2Vec/__init__.py
src/TCRembedding/Word2Vec/embedding.py
src/TCRembedding/Word2Vec/Data/testdata_Word2Vec.csv
src/TCRembedding/Word2Vec/data/testdata_Word2Vec.csv
src/TCRembedding/catELMo/__init__.py
src/TCRembedding/catELMo/embedding.py
src/TCRembedding/catELMo/Data/testdata_catELMo.csv
src/TCRembedding/catELMo/data/testdata_catELMo.csv
src/TCRembedding/clusTCR/__init__.py
src/TCRembedding/clusTCR/embedding.py
src/TCRembedding/clusTCR/tools.py
src/TCRembedding/clusTCR/Data/testdata_clusTCR.csv
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src/TCRembedding/clusTCR/profiles/__init__.py
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src/TCRembedding/clusTCR/profiles/profile.py
src/TCRembedding/clusTCR/profiles/properties.py
src/TCRembedding/clusTCR/profiles/z_scores.py
src/TCRembedding/iSMART/__init__.py
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src/TCRembedding/iSMART/iSMARTf3.py
src/TCRembedding/iSMART/substitution_matrices.py
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src/TCRembedding/iSMART/data/testdata_iSMART.csv
src/TCRembedding/pMTnet/__init__.py
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src/TCRembedding/pMTnet/Data/testdata_pMTnet.csv
src/TCRembedding/pMTnet/data/testdata_pMTnet.csv
src/TCRembedding/pMTnet/library/Atchley_factors.csv
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