Metadata-Version: 2.1
Name: unipack
Version: 0.1.0
Summary: Add your description here
Requires-Python: >=3.10
Description-Content-Type: text/markdown
Requires-Dist: matplotlib>=3.9.2

# UniProt et Collection

## Utilisation

### Création d'objets
Les deux fichier sont stockés dans code_python
- **uniprot.py** : Contient la classe `Uniprot`, ses méthodes ainsi que la fonction permettant de créer l'objet a partir d'un chemin.
- **uniprot_collection.py** : Contient la classe `Collection`, ses méthodes ainsi que la fonction permettant de créer l'objet a partir d'un chemin.

#### À partir d'un fichier contenant une seule entrée UniProt :
Utilisez la fonction `from_file_to_uniprot` pour créer un objet **Uniprot** :
```python
from code_python.uniprot import from_file_to_uniprot

uniprot_objet = from_file_to_uniprot("path_to_uniprot_file.txt")
```

#### À partir d'un fichier contenant plusieurs entrées UniProt :
Utilisez la fonction `from_file_to_collection` pour créer un objet **Collection** :
```python
from code_python.uniprot_collection import from_file_to_collection

collection_objet = from_file_to_collection("path_to_uniprot_collection_file.txt")
```

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### Classes et Méthodes

#### **Classe `Uniprot`**
Représente une entrée UniProt individuelle.

| Méthode                  | Description                                                                                  |
|--------------------------|----------------------------------------------------------------------------------------------|
| `fasta_dump()`           | Génère un fichier FASTA contenant l'ID, l'organisme, le nom du gène, et la séquence.         |
| `molecular_weight()`     | Calcule et retourne la masse moléculaire de la protéine.                                      |
| `average_hydrophobicity()` | Calcule et retourne l'hydrophobicité moyenne de la protéine.                               |
| `print_attributes()`     | Affiche les attributs (ID, séquence, etc.) de l'objet.                     |

#### **Classe `Collection`**
Représente une collection d'objets UniProt.

| Méthode                     | Description                                                                                     |
|-----------------------------|-------------------------------------------------------------------------------------------------|
| `add(arg)`                  | Ajoute un nouvel objet `Uniprot` a partir d'un chemin de fichier.                          |
| `delet(uniprot_id)`         | Supprime un objet `Uniprot` de la collection à partir de son ID.                               |
| `sort_by_lenght()`          | Trie les objets `Uniprot` par longueur de séquence.                                            |
| `filter_for_hydrophobic(min_hydro)` | Filtre les objets dont l'hydrophobicité moyenne dépasse une valeur minimale.              |
| `__add__(collection_2)`     | Combine deux collections, en éliminant les doublons.                                           |
| `go_view()`                 | Renvoie une liste unique des termes GO (Gene Ontology) présents dans la collection.            |
| `draw_ABRL(uniprot_id)`     | Crée un graphique de l'abondance relative des acides aminés pour un objet donné.               |
| `print_attributes()`        | Affiche les attributs de chaque objet `Uniprot` de la collection.|

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