seg_boundary_membrane_gap — EMPROOF `suspect` op

• 数据种类:labels2d × image2d → table

• 调用: import fullseye as fs; fs.ledger.seg_boundary_membrane_gap(labels, membrane, tau: 'float' = 0.2, min_len: 'int' = 60, normalize: 'bool' = True, ignore_zero: 'bool' = True) -> 'dict'(要直接调用实现,import emproof; emproof.seg_boundary_membrane_gap(labels, membrane, tau: 'float' = 0.2, min_len: 'int' = 60, normalize: 'bool' = True, ignore_zero: 'bool' = True) -> 'dict';从台账取用则 opsemproof.get("seg_boundary_membrane_gap"))

用法

疑似分割：相邻两个标签的边界像素中，膜响应低于 tau 的比例。每个相邻对一行。

细胞的分界处必定有膜(暗线)。没有膜而标签却变化的边界,是把 1 个细胞切成 2 个的分割痕迹(seg_inject_split 的直线正是如此)。统计 4 邻域中不同标签相接的像素,边界的膜响应取两侧中较强的一方。在 CREMI sample A 的原型上,人工分割 vs 其他:AUC 0.99(tau 0.2,边界长 ≥ 60)。

列:label_a / label_b(a < b)/ length / gap_fraction / membrane_mean(按 gap_fraction 降序)。短于 min_len px 的边界不计(几个像素的接触无法判断有无膜)。

>>> table = seg_boundary_membrane_gap(labels, seg_membrane_response(raw))

>>> table["label_a"][0], table["label_b"][0], table["gap_fraction"][0] # 最可疑的一对

详细使用指南

• emproof 族使用指南

参考(示例数据、文献)

• 示例数据目录(下载 URL / 许可证) —— 2-D 用 skimage.data(BSD/公有领域)加合成图,3-D 给出真实数据源(Stanford/PDS 等)的下载 URL。

• 算子来历与参考文献 —— 该算子族所依据的研究/方法出处。

• 算法的正典(作者、年份)与用途见上面的族使用指南。

可运行的示例(实际调用该算子并已验证的样例)

• poc_em_second_opinion — py -3.11 examples/poc_em_second_opinion.py

类型可衔接的下一个算子(可接受 `table` 作为输入)

seg_synapse_partners · seg_wiring_variation · seg_synapse_nri · seg_wiring_exposure

同类别(`suspect`)

seg_membrane_chord_score

*Provenance: emproof.py — EMPROOF 算子登记表。本条目由 tools/opdocs.py md 自动生成(请勿手工编辑)。*

seg_boundary_membrane_gap — EMPROOF suspect op

用法