seg_synapse_nri — EMPROOF wiring op

• Data kinds: labels2d × labels2d × table → table

• Call: import fullseye as fs; fs.ledger.seg_synapse_nri(a, b, synapses, spacing=None, background=0) (implementation को सीधे call करना हो तो import segcompare; segcompare.seg_synapse_nri(a, b, synapses, spacing=None, background=0), registry से लेना हो तो opsemproof.get("seg_synapse_nri"))

उपयोग

truth a के सापेक्ष candidate b की neural reconstruction integrity (Reilly et al. 2018)।

> नीचे का विस्तृत विवरण मूल text में है — सारांश और headings का अनुवाद हो चुका है।

NRI scores the pairs of synapse ends that a reconstruction keeps together. Over the 2n ends (synapses as in seg_synapse_partners; ends on background in the truth are dropped, ends on background in the candidate are singletons), a pair of ends that lies in one truth neuron and one candidate object is a true positive; a pair in one truth neuron but different candidate objects is a false negative (a split); a pair in one candidate object but different truth neurons is a false positive (a merge). nri = 2TP / (2TP + FP + FN) with the pair precision and recall.

Identity (checked inside, fail-closed): with n_ij the contingency table of the ends, TP = sum C(n_ij, 2), TP + FN = sum C(s_i, 2), TP + FP = sum C(t_j, 2), so NRI is exactly 1 - adapted_rand_error of seg_rand taken over the ends (the - N form of the pair counts is 2 C(n, 2)). Both are computed and must agree to 1e-12. Returns nri, precision, recall, tp, fp, fn, n_ends.

Raises ValueError: as seg_wiring_variation; fewer than 2 ends.

उपयोग की विस्तृत guide

• emproof family guide

संदर्भ (sample data, साहित्य)

• Sample data catalog (DL URL / license) — 2-D के लिए skimage.data (BSD/public) + synthetic, 3-D के लिए real data sources (Stanford/PDS आदि) के DL URL।

• Operators का स्रोत और संदर्भ — इस op family के मूल research/methods के स्रोत।

• Algorithm का मानक स्रोत (लेखक, वर्ष) और उपयोग ऊपर की family usage guide में दिए गए हैं।

चलाए जा सकने वाले उदाहरण (verified samples जो सच में यह op call करते हैं)

• poc_em_wiring_errors — py -3.11 examples/poc_em_wiring_errors.py

वे अगले ops जिनसे type जुड़ता है (table को input के रूप में लेते हैं)

seg_synapse_partners · seg_wiring_variation · seg_wiring_exposure

इसी category के (wiring)

seg_synapse_partners · seg_wiring_variation · seg_wiring_exposure


*Provenance: segcompare.py — EMPROOF operator registry. यह per-op note tools/opdocs.py md से अपने-आप generate होता है (हाथ से edit न करें)।*

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