tree_from_swc — GRAPH `tree` op

• Datenarten: text → table

• Aufruf: import fullseye as fs; fs.ledger.tree_from_swc(swc) (die Implementierung direkt: import treemorph; treemorph.tree_from_swc(swc); aus dem Register: opsgraph.get("tree_from_swc"))

Verwendung

> Für diesen Operator gibt es noch keine Übersetzung. Es folgt der Originaltext unverändert.

Parse an SWC text (or a path to a .swc file) into a checked tree table.

Returns a dict with id (n,), type (n,), xyz (n, 3), radius (n,), parent_index (n,; -1 for the root, otherwise the row of the parent) and root (row of the root). Rows keep the file order. Comment lines (#) and blank lines are skipped.

Raises ValueError: not a string; a data line with fewer than 7 fields or unparsable numbers; no nodes; duplicate ids; zero or more than one root (parent == -1); a parent id that is not smaller than its child's; a parent id that does not exist; non-finite coordinates or radius; a negative radius; more than MAX_TREE_NODES nodes.

Referenzen (Beispieldaten, Literatur)

• Katalog der Beispieldaten (Download-URLs / Lizenzen) — 2-D nutzt skimage.data (BSD/Public Domain) plus synthetische Bilder, 3-D nennt Download-URLs echter Datenquellen (Stanford, PDS, …).

• Herkunft und Literatur der Operatoren — die Quellen der Forschung/Verfahren, auf denen diese Operatorfamilie beruht.

• Der kanonische Algorithmus (Autor, Jahr) und seine Anwendungen stehen im Familienleitfaden oben.

Ausführbare Beispiele (verifizierte Samples, die diesen Operator wirklich aufrufen)

• poc_skeleton_run_length_vs_voi — py -3.11 examples/poc_skeleton_run_length_vs_voi.py

• poc_swc_tree_truth — py -3.11 examples/poc_swc_tree_truth.py

• poc_worm_neurites_grow — py -3.11 examples/poc_worm_neurites_grow.py

• poc_worm_synapses_vs_neurites — py -3.11 examples/poc_worm_synapses_vs_neurites.py

Typkompatible Folge-Operatoren (nehmen `table` als Eingabe)

graph_edge_consensus · graph_core_persistence · tree_morphometry · tree_sholl · tree_run_length

Gleiche Kategorie (`tree`)

tree_morphometry · tree_sholl · tree_run_length

*Provenance: treemorph.py — GRAPH Operator-Registry. Diese Notiz wird von tools/opdocs.py md erzeugt (nicht von Hand bearbeiten).*

tree_from_swc — GRAPH tree op