tree_morphometry — GRAPH tree op

• Datenarten: table → table

• Aufruf: import fullseye as fs; fs.ledger.tree_morphometry(tree) (die Implementierung direkt: import treemorph; treemorph.tree_morphometry(tree); aus dem Register: opsgraph.get("tree_morphometry"))

Verwendung

> Für diesen Operator gibt es noch keine Übersetzung. Es folgt der Originaltext unverändert.

Counts and lengths of a tree table (from tree_from_swc).

Returns nodes, edges, bifurcations (nodes with two or more children), tips (nodes with no child), cable_length (sum of segment lengths), max_path_length (longest root-to-node path along the tree) and max_radial (largest straight distance from the root).

Identities (checked inside, fail-closed): nodes == edges + 1, and tips == 1 + sum(children - 1) over the nodes that have children — tips are counted from the child counts directly, the right side from the branching nodes, so a bug in either count breaks the equality. A root with one child is not a tip.

Raises ValueError: not a tree table (see tree_from_swc).

Referenzen (Beispieldaten, Literatur)

• Katalog der Beispieldaten (Download-URLs / Lizenzen) — 2-D nutzt skimage.data (BSD/Public Domain) plus synthetische Bilder, 3-D nennt Download-URLs echter Datenquellen (Stanford, PDS, …).

• Herkunft und Literatur der Operatoren — die Quellen der Forschung/Verfahren, auf denen diese Operatorfamilie beruht.

• Der kanonische Algorithmus (Autor, Jahr) und seine Anwendungen stehen im Familienleitfaden oben.

Ausführbare Beispiele (verifizierte Samples, die diesen Operator wirklich aufrufen)

• poc_swc_tree_truth — py -3.11 examples/poc_swc_tree_truth.py

• poc_worm_neurites_grow — py -3.11 examples/poc_worm_neurites_grow.py

• poc_worm_synapses_vs_neurites — py -3.11 examples/poc_worm_synapses_vs_neurites.py

Typkompatible Folge-Operatoren (nehmen table als Eingabe)

graph_edge_consensus · graph_core_persistence · tree_sholl · tree_run_length

Gleiche Kategorie (tree)

tree_from_swc · tree_sholl · tree_run_length


*Provenance: treemorph.py — GRAPH Operator-Registry. Diese Notiz wird von tools/opdocs.py md erzeugt (nicht von Hand bearbeiten).*

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