cif_read — DRIVE pxrd op

• 数据种类:any → table

• 调用: import fullseye as fs; fs.ledger.cif_read(cif, name=None, default_b=0.5)(要直接调用实现,import pxrd; pxrd.cif_read(cif, name=None, default_b=0.5);从台账取用则 opsdrive.get("cif_read"))

用法

读取 CIF(晶体结构的标准格式),返回展开到晶胞内全部原子的“物相”。

cif 为文件路径或 CIF 正文(字符串。若含 data_ 或 _cell_length_a 则视为正文)。

读取内容: _cell_length_a/b/c、_cell_angle_alpha/beta/gamma、对称操作的循环(_space_group_symop_operation_xyz 或 _symmetry_equiv_pos_as_xyz,没有则只有恒等操作)、原子的循环(_atom_site_fract_x/y/z、_atom_site_type_symbol(没有则取标签开头的元素符号)、_atom_site_occupancy (默认 1)、_atom_site_U_iso_or_equiv 或 _atom_site_B_iso_or_equiv(没有则为 default_b [Ų]))。去掉数值不确定度的括号(4.76050(5))。对称操作用自带的小型语法解析器读取,不使用 eval。

返回值(dict,相): name、cell(a, b, c [Å], α, β, γ [deg])、volume [ų]、atoms(展开后原子的

list: type、xyz、occ、B)、cell_mass [g/mol]、density [g/cm³]、notes(以中性原子代替的离子等)、source(若有 DOI 和 COD 编号)。是 powder_reflections 和 phase_dictionary 的输入。

Raises ValueError: 没有晶格常数或非数值、无法读取对称操作、没有原子、元素没有散射因子。

参考(示例数据、文献)

• 示例数据目录(下载 URL / 许可证) —— 2-D 用 skimage.data(BSD/公有领域)加合成图,3-D 给出真实数据源(Stanford/PDS 等)的下载 URL。

• 算子来历与参考文献 —— 该算子族所依据的研究/方法出处。

• 算法的正典(作者、年份)与用途见上面的族使用指南。

可运行的示例(实际调用该算子并已验证的样例)

• poc_pxrd_phase_peel — py -3.11 examples/poc_pxrd_phase_peel.py

类型可衔接的下一个算子(可接受 table 作为输入)

course_layout · course_occupancy · course_contains · world_build · world_camera · world_move · lidar_scan · rss_longitudinal_same

同类别(pxrd)

cubic_prototype · powder_reflections · scherrer_size · debye_ring_image · detector_two_theta · detector_calibrate · azimuthal_integrate · diffraction_peaks


*Provenance: pxrd.py — DRIVE 算子登记表。本条目由 tools/opdocs.py md 自动生成(请勿手工编辑)。*

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