tem op• Data kinds: image2d → table
• Call: import fullseye as fs; fs.ledger.tem_ctf_estimate(image, pixel_A=1.0, kv=300.0, cs_mm=2.7, amplitude_contrast=0.07, phase_shift_deg=0.0, defocus_min_A=3000.0, defocus_max_A=50000.0, k_min=0.03333333333333333, k_max=None, tile=None, overlap=0.5, astigmatism=True, min_rings=3, min_peak_z=8.0, on_fail='raise') (implementation को सीधे call करना हो तो import temsim; temsim.tem_ctf_estimate(image, pixel_A=1.0, kv=300.0, cs_mm=2.7, amplitude_contrast=0.07, phase_shift_deg=0.0, defocus_min_A=3000.0, defocus_max_A=50000.0, k_min=0.03333333333333333, k_max=None, tile=None, overlap=0.5, astigmatism=True, min_rings=3, min_peak_z=8.0, on_fail='raise'), registry से लेना हो तो opsoptics.get("tem_ctf_estimate"))
micrograph के power spectrum के Thon rings से defocus (और astigmatism) का अनुमान (table)।
> नीचे का विस्तृत विवरण मूल text में है — सारांश और headings का अनुवाद हो चुका है।
手順: (1) タイルの平均のパワースペクトル(tem_power_spectrum と同じ)→ 振幅スペクトル √PS。
(2) 動径平均を k について等間隔に取り、k² について不等間隔の標本に Lomb–Scargle(mathspectral)を掛けて
リングの周期 1/(λΔf) から初期値。(3) 背景 = u = k² の上でリング 1 周期の移動平均、振れ幅で割って平坦にする。
(4) Δf を格子で掃き(位相が k_max で π/8 ずつ動く刻み)、CTF² との正規化相互相関(CTFFIND4 の採点の考え方)が
最大の所を有界の 1 次元探索で詰める。(5) astigmatism=True なら 2-D の環の上で (Δf_u, Δf_v, θ) を Nelder–Mead で詰める(決まった 4 方向から出発、乱数なし)。(6) 不確かさ = タイルを 8 組に分けた jackknife の標準誤差(Δf の平均)。
拒否(on_fail="raise" で ValueError、"report" で accepted=False の表): 相関の最大が掃いた格子の中央値から MAD の min_peak_z 倍に届かない(リングが雑音に埋もれた)、帯域 [k_min, k_max] に零点が min_rings 個無い(周期が決まらない)、最大が探索範囲の端(範囲の外にある疑い)。
返り値: defocus_A(平均)/ defocus_u_A ≥ defocus_v_A / astig_angle_deg(Δf_u の軸、0〜180)/ defocus_sigma_A(jackknife)/ score(2-D の相関)/ score_1d / peak_z / n_rings / fit_resolution_A(局所の相関が 0.3 を下回る最初の周波数の逆数)/ initial_lomb_A / accepted / reason / 曲線 k と flat(平坦にした動径平均)と model。
optics के सभी ops गणना से पहले input की जाँच करते हैं (कुछ भी चुपचाप पास नहीं होता):
• Unit argument के नाम में ही लिखी होती है — _mm / _um / _deg / _mrad। mm और µm की गड़बड़ी crash नहीं करती, बल्कि "सही दिखने वाला पर गलत उत्तर" देती है, इसलिए नाम से इसे रोका जाता है। मान के आकार से unit का अनुमान बिल्कुल नहीं लगाया जाता।
• String से ValueError — float('50') सफल हो जाता है, इसलिए बिना parse किया config value length के रूप में निकल जाता (मापा गया: thin_lens('50', '200') सही दिखने वाला 66.667 mm लौटा रहा था)। bool को भी True == 1 वाले implicit promotion के रूप में अस्वीकार किया जाता है।
• complex / masked array से ValueError (केवल real-valued slots; imaginary part को चुपचाप छोड़ना या mask हटाना अस्वीकार)। हर input पर NaN/Inf से ValueError।
• शून्य से भाग और उससे जुड़े मामलों को नाम लेकर अस्वीकार किया जाता है: focal length 0, radius of curvature 0, refractive index <= 0, पूरी तरह opaque aperture (सब 0, इसलिए normalisation 0/0), ऐसा PSF जिसका योग <= 0 हो, S0 = 0 वाला Stokes vector, और front focal point पर रखा object (image अनंत पर)।
• केवल 2 ops non-finite value लौटाते हैं, और वह भी contract के रूप में लिखा हुआ: depth_of_field hyperfocal distance से आगे far_mm = inf (hyperfocal distance की परिभाषा यही है) और gaussian_beam waist पर wavefront_radius_mm = inf (plane wavefront की radius of curvature)। दोनों साथ में एक finite साथी (far_is_infinite / curvature_per_mm) भी लौटाते हैं। इसके अलावा कोई भी चुपचाप आया NaN/Inf अंदर ही पकड़ा जाता है और ValueError देता है — "float64 overflow हुआ" और "उत्तर अनंत है" अलग-अलग दावे हैं, इसलिए पहले को दूसरे का चेहरा पहनाकर नहीं लौटाया जाता।
• Size की सीमा: generate होने वाले grid के लिए optics.MAX_GRID (4096), दिए गए field/PSF/aperture के लिए optics.MAX_FIELD_ELEMENTS (2^24), ABCD element chain के लिए optics.MAX_SYSTEM_ELEMENTS (1024), Zernike के लिए MAX_ZERNIKE_TERMS (512) / MAX_ZERNIKE_ORDER (40) / MAX_ZERNIKE_BASIS (2^25)। छोटे argument से बहुत बड़ा internal allocation होने वाले रास्तों (मापा गया: n_max=40 × 4096² पर 108 GB) को fail-closed ढंग से बंद किया गया है।
• भौतिक रूप से असंभव states भी अस्वीकार: degree of polarisation > 1 वाला Stokes vector, ऋणात्मक transmittance, ऋणात्मक intensity, और n-|m| odd जैसे अमान्य Zernike indices।
• Sample data catalog (DL URL / license) — 2-D के लिए skimage.data (BSD/public) + synthetic, 3-D के लिए real data sources (Stanford/PDS आदि) के DL URL।
• Operators का स्रोत और संदर्भ — इस op family के मूल research/methods के स्रोत।
• Algorithm का मानक स्रोत (लेखक, वर्ष) और उपयोग ऊपर की family usage guide में दिए गए हैं।
• poc_tem_ctf_thon_rings — py -3.11 examples/poc_tem_ctf_thon_rings.py
table को input के रूप में लेते हैं)abcd_matrix · wavefront_stats · sfr_from_edge · paraxial_trace · seidel_coefficients · spot_stats · tolerance_analysis · wavefront_from_opd
tem)tem_wavelength · tem_scherzer · tem_ctf · tem_ctf_profile · tem_projected_potential · tem_amorphous_film · tem_image_weak_phase · tem_multislice
*Provenance: temsim.py — OPTICS operator registry. यह per-op note tools/opdocs.py md से अपने-आप generate होता है (हाथ से edit न करें)।*
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