vol_nearest_seed_vector — 3D medial op

• 数据种类:voxel → flow_dense

• 调用: import fullseye as fs; fs.ledger.vol_nearest_seed_vector(vol_binary, spacing=None)(要直接调用实现,import volops; volops.vol_nearest_seed_vector(vol_binary, spacing=None);从台账取用则 ops3d.get("vol_nearest_seed_vector"))

用法

> 该算子的说明尚无译文,以下照原文给出。

各 voxel から最近の seed voxel への変位ベクトル `(3, D, H, W)(flow_dense`、成分 dz, dy, dx [voxel])。

seed = 非零 voxel(`> 0.5 で二値化)。seed の上では 0。vol_distance_transform` が返すのは距離の値だけで、

「どの voxel が最近か」は落ちる —— 骨格からの半径(表面 → 骨格の変位)、膜までの肉厚、ESDF の勾配、

ラベルのボロノイ分割はこの向きが要る(2026-09-21、コネクトーム基盤の穴)。`spacing (sz, sy, sx)` を渡すと

最近傍の判定は物理距離で行う(返す変位は voxel 単位のまま —— `|v * spacing|` が物理距離)。

厳密解: Maurer, Qi & Raghavan (IEEE TPAMI 2003) の線形時間 EDT(`scipy.ndimage.distance_transform_edt(return_indices=True)`)。

同距離の seed が複数あるときはその実装の順序で 1 つ(順序に意味を持たせないこと)。seed が 1 つも無いと

ValueError(全 voxel が無限遠 —— 黙って 0 を返さない)。

>>> v = np.zeros((5, 5, 5)); v[2, 2, 0] = 1

>>> d = vol_nearest_seed_vector(v); d.shape, tuple(d[:, 2, 2, 4])

((3, 5, 5, 5), (0.0, 0.0, -4.0))

参考(示例数据・文献)

• 示例数据目录(下载 URL / 许可证) —— 2-D 用 skimage.data(BSD/公有领域)加合成图,3-D 给出真实数据源(Stanford/PDS 等)的下载 URL。

• 算子来历与参考文献 —— 该算子族所依据的研究/方法出处。

可运行的示例(实际调用该算子并已验证的样例)

• nearest_seed_partition — py -3.11 examples_3d/nearest_seed_partition.py

类型可衔接的下一个算子(可接受 flow_dense 作为输入)

fuse_to_voxel

同类别(medial)

distance_ridge · skeletonize_vol · medial_axis_points · topology_signature · medial_match · skeleton_junctions3d · skeleton_endpoints3d · skeleton_prune3d

*Provenance: volops.py — 3D 算子登记表。本条目由 tools/opdocs.py md 自动生成(请勿手工编辑)。*

© 2026 Kazufumi Furuse — Fullseye operator documentation. Licensed under Apache-2.0.