seg_membrane_response — EMPROOF `response` op

• データ種: image2d → image2d

• 呼び出し: import fullseye as fs; fs.ledger.seg_membrane_response(image, sigma: 'float' = 1.5, normalize: 'bool' = True) -> 'np.ndarray' (実装を直接呼ぶなら import emproof; emproof.seg_membrane_response(image, sigma: 'float' = 1.5, normalize: 'bool' = True) -> 'np.ndarray'、台帳から引くなら opsemproof.get("seg_membrane_response"))

使い方

EM 断面の暗い線(細胞膜)の応答 [0, ∞)。ガウス平滑した Hessian の固有値 λ1 ≥ λ2 から

`max(λ1 − |λ2|, 0)` (Steger の線検出の閉形式、σ² で尺度正規化)。

暗い線の上では横断方向の 2 階微分が大きく正(λ1)、線に沿う方向は 0(λ2)なので λ1 − |λ2| が立つ。

暗い塊(ミトコンドリア内部・シナプス小胞)は λ1 ≈ λ2 > 0 で打ち消し合って 0 に近い ―― 膜だけを

拾う。`normalize=True で断面の 99.5 percentile を 1 にする(seg_*` の閾値はその尺度で書く)。

scikit-image があるならレジストリの `sk_frangi(fs.apply(img, "sk_frangi", a=0.5, b=0.5)`)も

同じ席に使える(試作はそちらで AUC を測った)。

Parameters

----------

image : (H, W) float

生 EM(明るい = 細胞質、暗い = 膜)。範囲は問わない(勾配の比だけを見る)。

sigma : float

平滑の σ [px]。膜の太さの半分程度(CREMI 4 nm/px なら 1.5〜2.5)。

詳しい使い方ガイド

• emproof ファミリガイド

参考(サンプルデータ・文献)

• サンプルデータカタログ(DL URL / ライセンス) — 2-D は skimage.data(BSD/public)+ 合成、3-D は実データ源(Stanford/PDS 等)の DL URL。

• 演算子の来歴・参考文献 — この op 族の元になった研究/手法の出典。

• アルゴリズムの正典(著者・年)と用途は上記ファミリ使い方ガイドに記載。

実行できる例(この op を実際に呼ぶ検証済みサンプル)

• poc_em_second_opinion — py -3.11 examples/poc_em_second_opinion.py

型が繋がる次の op(`image2d` を入力に取れる)

seg_membrane_chord_score · seg_boundary_membrane_gap

同カテゴリ(`response`)

—

*Provenance: emproof.py — EMPROOF operator registry. この per-op ノートは tools/opdocs.py md が自動生成(手編集しない)。*

seg_membrane_response — EMPROOF response op

使い方