Kvalitetsrapport

Klinisk sekvensering av cancerprover

rapportdatum: 2021-02-02 00:40

Provinformation

ProvID
FS000XXX
Analyspanel
gmck-solid
Analyskod
PAN123456
Analysdatum
2021-01-25 08:53
Bioinformatiskanalys:
BALSAMIC version 6.0.4

Sammanfattning

Prov-id Provtyp Mediansekvensdjup [x] Fold 80 base penalty Fragmentlängd, medel [baspar]
normal KS656 597.0 1.47 125.82
tumor KS454 805.0 1.57 131.28

Täckningsgrad för vald analyspanel

Prov-id Provtyp Täckningsgrad [50X] Täckningsgrad [100X] Täckningsgrad [200X] Täckningsgrad [500X] Täckningsgrad [1000X]
normal KS656 99.84 % 99.5 % 97.72 % 67.94 % 8.52 %
tumor KS454 99.86 % 99.72 % 98.72 % 87.46 % 30.44 %

Förklaringar

Värdena presenterade för Mediansekvensdjup och Täckningsgrad är efter borttagning av duplikata läsningar.

Mediansekvensdjup: Median av sekvenseringsdjup över alla baser inkluderade i analyspanelen.

Fold 80 base penalty: Jämnhet av täckningsgraden över alla gener i analyspanlen. Ett värde mellan 1.0-1.8 visar god jämnhet.

Fragmentlängd, medel: Medelstorlek av provbiblioteken som laddats på sekvenseringsinstrument. <200bp kan tyda på degraderade provmaterial (t.ex. FFPE), innan biblioteksberedning.

Täckningsgrad: Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns, t.ex. 100X.