真实静息态样例 rest01
此样例经数据提供者授权用于演示，包含一个被试的 150 个时间点、100 个 Schaefer 脑区，TR 为 2 秒、TE 为 23 ms。姓名、编号、出生日期、检查日期、机构、设备编号、源路径和 DICOM UID 均未放入样例；解剖显示掩膜仅包含脑组织。
一条命令运行
安装后，在网页点击“打开真实样例”即可运行本例，自动附上方法与来源记录。命令行用法如下；原有 brainfc demo / create_demo() 保留合成默认值以兼容已有脚本。
brainfc demo --kind rest01 --output rest01-demo
目录必须不存在。运行不需要联网、图谱下载或原始 DICOM。结束后打开 rest01-demo/result/report.html，可操作三维网络、矩阵和同步八视图；完整数值和处理记录位于同一目录。
Python 接口
from brainfc import Config, extract_connectome
from brainfc.demo import create_demo
spec = create_demo("rest01-input", kind="rest01")
config = Config(**spec.pop("config"))
result = extract_connectome(**spec, config=config)
result.provenance["synthetic"] = False
result.save("rest01-result")
rest01-input/example.json 记录该样例的上游方法、质控、文献和未执行步骤。命令行会将这份说明一并放入输出报告；Python 调用者可按需要加入 result.provenance。
已经执行的处理
- DICOM 转 NIfTI；逐序列核对 TR、TE 和读出参数，修正经过对照实验证实的问题。
- SynthStrip 脑组织提取；移除非脑组织和面部信息，重建不含自由文本或扩展字段的 NIfTI 头。
- ANTsPy BOLDRigid 逐帧头动校正；T1 N4 偏场校正；BOLD 刚体配准至 T1，T1 经 SyN 配准至 MNI152NLin6Asym。
- 同一标准空间提取 Schaefer-100 ROI 均值；由 T1 组织分类估计白质和脑脊液混杂信号。
- 运行样例时由 BrainFC 删除前 5 帧、回归 12 个运动矩阵/偏移项及白质/脑脊液信号，联合去趋势和 0.01–0.08 Hz 滤波，应用 FD 阈值，再计算 Pearson 相关和 Fisher-z。
FD 使用 ANTs generalized FD（fdOffset=50 mm），不能与 Power FD 的数值不加区分地比较。本样例阈值为 0.5 mm。未使用全局信号回归。
计算保留 145 个时间点。100 个脑区均有有效体素，单个脑区最低覆盖率为 51.8%；ROI 均值仅基于其有效覆盖部分，部分覆盖脑区的结果需要结合影像质控解读。
未执行切片时序校正和磁敏感畸变校正。 场图单位/缩放尚未核实，没有猜测后强行使用。因此，本例是具有完整方法记录的演示流程，不是 fMRIPrep 输出，也不是临床参考数据。
数据内容与脱敏范围
| 文件 |
内容 |
timeseries.tsv / timeseries.json |
空间处理后的 150 × 100 ROI 均值与 TR；尚未时间去噪 |
rois.tsv |
Schaefer ROI 名称、网络和标准空间坐标 |
confounds.tsv |
运动项、FD、白质/脑脊液信号 |
reference_mask.nii.gz |
标准空间脑组织显示掩膜，不含面部和颅外组织 |
example.json |
方法、参数、质控和处理范围 |
privacy-review.json |
发布核查范围和七个样例文件的 SHA-256；打包时校验 |
包内不包含原始 DICOM、检查报告、个体 T1/BOLD 影像或影像压缩包。唯一的影像文件是仅取值 0/1 的脑组织显示掩膜，不含原始扫描灰度。去除身份字段和面部并不等于消除神经影像的一切个体特征；本样例仍保留真实脑信号，用于软件演示，不用于诊断或群体结论。具体范围见发布前隐私核查。
参数冲突的原因、对照实验及复用脚本见 UIH 参数核验。方法来源：SynthStrip、ANTsPy、Schaefer 图谱。