LICENSE
README.md
pyproject.toml
requirements.txt
src/pgmap/__init__.py
src/pgmap/cli.py
src/pgmap/py.typed
src/pgmap.egg-info/PKG-INFO
src/pgmap.egg-info/SOURCES.txt
src/pgmap.egg-info/dependency_links.txt
src/pgmap.egg-info/entry_points.txt
src/pgmap.egg-info/requires.txt
src/pgmap.egg-info/top_level.txt
src/pgmap/alignment/__init__.py
src/pgmap/alignment/grna_cached_aligner.py
src/pgmap/alignment/pairwise_aligner.py
src/pgmap/counter/__init__.py
src/pgmap/counter/counter.py
src/pgmap/io/__init__.py
src/pgmap/io/barcode_reader.py
src/pgmap/io/counts_writer.py
src/pgmap/io/fastx_reader.py
src/pgmap/io/library_reader.py
src/pgmap/model/__init__.py
src/pgmap/model/paired_read.py
src/pgmap/model/trim_coordinate.py
src/pgmap/model/trim_strategy.py
src/pgmap/trimming/__init__.py
src/pgmap/trimming/read_trimmer.py