restoration op• 数据种类:measurement → voxel
• 调用: import fullseye as fs; fs.ledger.vol_gaussian_psf(sigma, truncate=4.0)(要直接调用实现,import volrestore; volrestore.vol_gaussian_psf(sigma, truncate=4.0);从台账取用则 ops3d.get("vol_gaussian_psf"))
归一化(和为 1)的 3-D 高斯 PSF 核。*sigma* 为标量或逐轴。
逐轴的 *sigma* 为 (sz, sy, sx),单位为 voxel;核在每个轴上覆盖 +-truncate*sigma (奇数尺寸,中心位于中间 voxel)。当仪器 PSF 可很好地近似为 Gaussian 时,它是 vol_richardson_lucy 的便捷搭档。超过 PSF_MAX_ELEMENTS (~256^3) 的核会引发 ValueError —— 那么大的 PSF 是输入错误,而不是仪器。
形状:各轴半径 r = ceil(truncate * sigma),边长 2r + 1(奇数)的 (2rz+1, 2ry+1, 2rx+1) float64 数组。轴顺序为 (z, y, x),将 sigma 以 (sz, sy, sx) 传入时按该顺序对应(各向异性 PSF)。将 3 条 1-D Gaussian exp(-x^2 / (2 sigma^2)) 的外积除以总和,因此总和恰为 1,中心 voxel 为最大值。单位为 voxel(mm 的 PSF 宽度先除以 spacing 再传入)。
参数与验证(ValueError):
• sigma:正的有限标量,或长度为 3 的正有限值。小到 2 次方下溢为 0 的值(小于 ~1.5e-154)会变成 0/0,因此拒绝。
• truncate:正的有限值(默认 4.0 = 单侧 4σ 处截断)。
• 元素数 prod(2r+1) 超过 PSF_MAX_ELEMENTS(2**24)时拒绝(动机是实测中 σ≈300 时差点分配 64 GB)。
用途:vol_richardson_lucy(vol, psf) 的 psf。RL 侧也会重新归一化为总和 1, 因此这里生成的核可以直接传入。
• 示例数据目录(下载 URL / 许可证) —— 2-D 用 skimage.data(BSD/公有领域)加合成图,3-D 给出真实数据源(Stanford/PDS 等)的下载 URL。
• 算子来历与参考文献 —— 该算子族所依据的研究/方法出处。
• deconv_fft_restore — py -3.11 examples_3d/deconv_fft_restore.py
voxel 作为输入)voxel_to_mips · voxel_to_mesh · signed_distance_field · to_points · sobel3d · hessian3d · curvature_maps · edt_jfa
restoration)*Provenance: volrestore.py — 3D 算子登记表。本条目由 tools/opdocs.py md 自动生成(请勿手工编辑)。*
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