cif_read — DRIVE pxrd op

• データ種: any → table

• 呼び出し: import fullseye as fs; fs.ledger.cif_read(cif, name=None, default_b=0.5) (実装を直接呼ぶなら import pxrd; pxrd.cif_read(cif, name=None, default_b=0.5)、台帳から引くなら opsdrive.get("cif_read"))

使い方

CIF(結晶構造の標準書式)を読んで、単位格子の中の全原子に展開した「相」を返す。

cif はファイルのパスか CIF の本文(文字列。data_ か _cell_length_a を含むなら本文とみなす)。

読むもの: _cell_length_a/b/c・_cell_angle_alpha/beta/gamma、対称操作のループ(_space_group_symop_operation_xyz か _symmetry_equiv_pos_as_xyz、無ければ恒等だけ)、原子のループ(_atom_site_fract_x/y/z、_atom_site_type_symbol(無ければラベルの先頭の元素記号)、_atom_site_occupancy (既定 1)、_atom_site_U_iso_or_equiv か _atom_site_B_iso_or_equiv(無ければ default_b [Ų]))。数値の不確かさの括弧(4.76050(5))は落とす。対称操作は自前の小さな構文解析で読み、eval しない。

返り値(dict、相): name・cell(a, b, c [Å], α, β, γ [deg])・volume [ų]・atoms(展開後の原子の

list: type・xyz・occ・B)・cell_mass [g/mol]・density [g/cm³]・notes(中性原子で代用したイオンなど)・source(DOI と COD 番号があれば)。powder_reflections と phase_dictionary の入力。

Raises ValueError: 格子定数が無い・数値でない、対称操作が読めない、原子が無い、散乱因子の無い元素。

参考(サンプルデータ・文献)

• サンプルデータ カタログ(DL URL / ライセンス) — 2-D は skimage.data(BSD/public)+ 合成、3-D は実データ源(Stanford/PDS 等)の DL URL。

• 演算子の来歴・参考文献 — この op 族の元になった研究/手法の出典。

• アルゴリズムの正典(著者・年)と用途は上記ファミリ使い方ガイドに記載。

実行できる例(この op を実際に呼ぶ検証済みサンプル)

• poc_pxrd_phase_peel — py -3.11 examples/poc_pxrd_phase_peel.py

型が繋がる次の op(table を入力に取れる)

course_layout · course_occupancy · course_contains · world_build · world_camera · world_move · lidar_scan · rss_longitudinal_same

同カテゴリ(pxrd)

cubic_prototype · powder_reflections · scherrer_size · debye_ring_image · detector_two_theta · detector_calibrate · azimuthal_integrate · diffraction_peaks

*Provenance: pxrd.py — DRIVE operator registry. この per-op ノートは tools/opdocs.py md が自動生成(手編集しない)。*

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