seg_membrane_response — EMPROOF `response` op

• Datenarten: image2d → image2d

• Aufruf: import fullseye as fs; fs.ledger.seg_membrane_response(image, sigma: 'float' = 1.5, normalize: 'bool' = True) -> 'np.ndarray' (die Implementierung direkt: import emproof; emproof.seg_membrane_response(image, sigma: 'float' = 1.5, normalize: 'bool' = True) -> 'np.ndarray'; aus dem Register: opsemproof.get("seg_membrane_response"))

Verwendung

Antwort [0, ∞) auf die dunklen Linien (Zellmembranen) eines EM-Schnitts. Aus den Eigenwerten λ1 ≥ λ2 der Gauß-geglätteten Hesse-Matrix max(λ1 − |λ2|, 0) (geschlossene Form der Liniendetektion nach Steger, mit σ² skalennormiert).

Auf einer dunklen Linie ist die 2. Ableitung quer dazu groß und positiv (λ1), längs dazu 0 (λ2), daher steigt λ1 − |λ2| an. Dunkle Klumpen (Inneres von Mitochondrien, synaptische Vesikel) haben λ1 ≈ λ2 > 0, was sich zu nahezu 0 aufhebt -- nur Membranen werden erfasst. normalize=True setzt das 99.5-Perzentil des Schnitts auf 1 (die Schwellwerte von seg_* sind auf dieser Skala angegeben). Ist scikit-image vorhanden, kann auch sk_frangi aus der Registry (fs.apply(img, "sk_frangi", a=0.5, b=0.5)) denselben Platz einnehmen (der Prototyp hat die AUC damit gemessen).

Parameters

image : (H, W) float

Rohes EM (hell = Zytoplasma, dunkel = Membran). Beliebiger Bereich (nur Gradientenverhältnisse werden betrachtet).

sigma : float

Glättungs-σ [px]. Etwa die halbe Membrandicke (1.5-2.5 bei CREMI mit 4 nm/px).

Ausführlicher Anwendungsleitfaden

• Leitfaden zur Familie emproof

Referenzen (Beispieldaten, Literatur)

• Katalog der Beispieldaten (Download-URLs / Lizenzen) — 2-D nutzt skimage.data (BSD/Public Domain) plus synthetische Bilder, 3-D nennt Download-URLs echter Datenquellen (Stanford, PDS, …).

• Herkunft und Literatur der Operatoren — die Quellen der Forschung/Verfahren, auf denen diese Operatorfamilie beruht.

• Der kanonische Algorithmus (Autor, Jahr) und seine Anwendungen stehen im Familienleitfaden oben.

Ausführbare Beispiele (verifizierte Samples, die diesen Operator wirklich aufrufen)

• poc_em_second_opinion — py -3.11 examples/poc_em_second_opinion.py

• poc_em_split_merge_score — py -3.11 examples/poc_em_split_merge_score.py

Typkompatible Folge-Operatoren (nehmen `image2d` als Eingabe)

seg_membrane_chord_score · seg_boundary_membrane_gap

Gleiche Kategorie (`response`)

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*Provenance: emproof.py — EMPROOF Operator-Registry. Diese Notiz wird von tools/opdocs.py md erzeugt (nicht von Hand bearbeiten).*

seg_membrane_response — EMPROOF response op