seg_membrane_response — EMPROOF `response` op

• 資料種類:image2d → image2d

• 呼叫: import fullseye as fs; fs.ledger.seg_membrane_response(image, sigma: 'float' = 1.5, normalize: 'bool' = True) -> 'np.ndarray'(要直接呼叫實作,import emproof; emproof.seg_membrane_response(image, sigma: 'float' = 1.5, normalize: 'bool' = True) -> 'np.ndarray';從台帳取用則 opsemproof.get("seg_membrane_response"))

用法

EM 切片中暗線(細胞膜)的響應 [0, ∞)。由高斯平滑後的 Hessian 的特徵值 λ1 ≥ λ2 計算 max(λ1 − |λ2|, 0) (Steger 線偵測的閉合式，以 σ² 做尺度正規化)。

在暗線上,橫斷方向的 2 階導數大且為正(λ1),沿線方向為 0(λ2),因此 λ1 − |λ2| 升起。暗的團塊(粒線體內部、突觸小泡)λ1 ≈ λ2 > 0,相互抵消而接近 0 —— 只拾取膜。normalize=True 把截面的 99.5 percentile 設為 1(seg_* 的閾值依該尺度書寫)。若有 scikit-image,登錄表中的 sk_frangi(fs.apply(img, "sk_frangi", a=0.5, b=0.5))也可用於同一位置(原型用它量了 AUC)。

Parameters

image : (H, W) float

原始 EM(亮 = 細胞質,暗 = 膜)。範圍不限(只看梯度之比)。

sigma : float

平滑的 σ [px]。約為膜厚的一半(CREMI 4 nm/px 時為 1.5~2.5)。

詳細使用指南

• emproof 族使用指南

參考(範例資料、文獻)

• 範例資料目錄(下載 URL / 授權) —— 2-D 用 skimage.data(BSD/公有領域)加合成圖,3-D 給出真實資料源(Stanford/PDS 等)的下載 URL。

• 運算子來歷與參考文獻 —— 該運算子族所依據的研究/方法出處。

• 演算法的正典(作者、年份)與用途見上面的族使用指南。

可執行的範例(實際呼叫該運算子並已驗證的樣例)

• poc_em_second_opinion — py -3.11 examples/poc_em_second_opinion.py

• poc_em_split_merge_score — py -3.11 examples/poc_em_split_merge_score.py

型別可銜接的下一個運算子(可接受 `image2d` 作為輸入)

seg_membrane_chord_score · seg_boundary_membrane_gap

同類別(`response`)

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*Provenance: emproof.py — EMPROOF 運算子登記表。本條目由 tools/opdocs.py md 自動產生(請勿手動編輯)。*

seg_membrane_response — EMPROOF response op

用法