seg_membrane_response — EMPROOF `response` op

• 数据种类:image2d → image2d

• 调用: import fullseye as fs; fs.ledger.seg_membrane_response(image, sigma: 'float' = 1.5, normalize: 'bool' = True) -> 'np.ndarray'(要直接调用实现,import emproof; emproof.seg_membrane_response(image, sigma: 'float' = 1.5, normalize: 'bool' = True) -> 'np.ndarray';从台账取用则 opsemproof.get("seg_membrane_response"))

用法

EM 切片中暗线(细胞膜)的响应 [0, ∞)。由高斯平滑后的 Hessian 的特征值 λ1 ≥ λ2 计算 max(λ1 − |λ2|, 0) (Steger 线检测的闭式，用 σ² 做尺度归一化)。

在暗线上,横断方向的 2 阶导数大且为正(λ1),沿线方向为 0(λ2),因此 λ1 − |λ2| 升起。暗的团块(线粒体内部、突触小泡)λ1 ≈ λ2 > 0,相互抵消而接近 0 —— 只拾取膜。normalize=True 把截面的 99.5 percentile 设为 1(seg_* 的阈值按该尺度书写)。若有 scikit-image,注册表中的 sk_frangi(fs.apply(img, "sk_frangi", a=0.5, b=0.5))也可用于同一位置(原型用它测了 AUC)。

Parameters

image : (H, W) float

原始 EM(亮 = 细胞质,暗 = 膜)。范围不限(只看梯度之比)。

sigma : float

平滑的 σ [px]。约为膜厚的一半(CREMI 4 nm/px 时为 1.5~2.5)。

详细使用指南

• emproof 族使用指南

参考(示例数据、文献)

• 示例数据目录(下载 URL / 许可证) —— 2-D 用 skimage.data(BSD/公有领域)加合成图,3-D 给出真实数据源(Stanford/PDS 等)的下载 URL。

• 算子来历与参考文献 —— 该算子族所依据的研究/方法出处。

• 算法的正典(作者、年份)与用途见上面的族使用指南。

可运行的示例(实际调用该算子并已验证的样例)

• poc_em_second_opinion — py -3.11 examples/poc_em_second_opinion.py

• poc_em_split_merge_score — py -3.11 examples/poc_em_split_merge_score.py

类型可衔接的下一个算子(可接受 `image2d` 作为输入)

seg_membrane_chord_score · seg_boundary_membrane_gap

同类别(`response`)

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*Provenance: emproof.py — EMPROOF 算子登记表。本条目由 tools/opdocs.py md 自动生成(请勿手工编辑)。*

seg_membrane_response — EMPROOF response op

用法